李善長就生活在這種複雜的派係紛爭之中。可他卻未能恰當地處理好各種矛盾，以至於樹敵太多，引起皇帝懷疑，造成了個人悲劇。有一次，太祖到汴梁（今河南開封）大會諸將，李善長和禦史中丞劉基在南京留守，李善長的親信李彬犯法，李善長向劉基求情，劉基置之不理，請示太祖恩準後，就殺掉了李彬。浙東地主集團本來是淮西集團的眼中釘，再加上這件事，結怨就更深了。
李善長與淮西派同僚也未能團結一致。早在太祖還做吳王時，李善長和徐達分別任右相國和左相國，他們因爭議出兵吳地一事而爭執不下，結果太祖聽從了徐達的策略，出師大捷。自此，兩人便不能和睦相處。湯和同李善長關係也不融洽。李善長有次借了湯和的士卒營建府邸，被湯和告了密狀，使太祖對李善長更加不放心了。當有人狀告李善長對胡惟庸私通北元一事匿而不報時，不少大臣紛紛上書，彈劾李善長，這更加快了李善長被殺的進程。可以說，李善長的冤死，也是明初各官僚集團間鬥爭的結果。
由此可見，李善長之死並不是偶然的。但是，李善長的死畢竟是冤枉的。因為，盡管他被以勾結胡黨謀逆之罪受誅，但卻無足夠的證據來證實這一罪名。距胡惟庸黨案發生已十年了，早已白發蒼蒼的李善長，怎麼有精力再去謀叛朝廷？他難道不願和家人一起過太平生活嗎？可最終太祖卻以殺大臣弭災為借口處死了他，真是荒唐透頂！況且，李善長家口七十餘人都隨著被殺，豈不是太冤枉了嗎？從李善長冤死一案，就可以很清楚地看到，明初的政治鬥爭是何等的殘酷！
許多正直的大臣深知李善長之冤。其中一位名叫王國用的人，為人剛正不阿，直言敢諫。當時他官任虞部郎中，他分條陳述了李善長冤死的理由，並由明初名臣解縉代筆謄寫了一份奏折，呈給了太祖，訴說了李善長一案的冤情。
奏折的大意是說：“人們喜愛自己的兒子，一定比喜愛其兄弟的孩子更深，這是人之常情。李善長與胡惟庸的關係，不過是侄子那輩的親戚。假使李善長輔佐胡惟庸謀成大業，也不過是開國第一大功臣而已，能當上太師或國公。他家的男人不過能娶公主為妻，女人也不過被封為妃子罷了。況且李善長又怎麼不知道不可以僥幸心理謀求成功的道理？當年元朝鼎盛之時，想要謀求大業的人多得無法計算，可結果呢，沒有一個不被斬盡殺絕的。這些事情都是李善長經常看到的。人要是年紀大了，精力自然趕不上從前了，誰不想生活得安逸一些呢？苟且偷生，得過且過的想法，李善長是有的。他怎麼會被那些亡命之徒誘惑呢？況且，他的兒子還在侍奉陛下您，陛下您想，凡是做這種反叛朝廷事情的人，必定與您有深仇大恨，或是因形勢突變所致，都是迫不得已而為之。假若李善長父子去謀叛您，以求脫逃災禍，那麼他們必定不會像往常一樣起居自若。誰都沒有發覺他們有絲毫的行為不軌的跡象，若說他們有意背叛陛下您，是很難讓臣民信服的。如果說天象顯示出發生變亂，朝中大臣須應災，這種以殺人應驗天象的說法，怎麼能認為是上天的意思呢！如今李善長已不幸被殺身亡，臣在這裏懇求陛下您能明察此事，願您能在將來再處置這種事情時，以李善長的事作為借鑒。李善長被冤殺了，天下誰不這樣說：‘為國家立下汗馬功勞的李善長，他最後的下場又怎樣呢？’我擔心天下會大亂，中國將陷入四分五裂的境地。願陛下您能多為大明的江山社稷想想啊！”
這份奏折呈上後，一直未有回音。其實，太祖心裏清楚，李善長不會謀反的，殺他的確沒有充足的理由。太祖殺李善長隻是出於當時政治上的考慮，說李善長私通胡黨謀叛隻是借口罷了。可是，太祖對王國用也找不出充足的理由指責他，再說人家講得句句在理，也是為了大明的江山社稷著想。因而，太祖就裝著什麼都不知道，沒再給王國用任何答複。這份奏折也就被一直扣壓在宮中了。從此以後，這樁震驚朝野的大冤案就再也無人提起了。
成名欲隱退誣陷去官俸
——劉基之冤在明朝的開國功臣當中，有所謂“明初四先生”之稱，其中最著名的是劉基和宋濂。宋濂以文章博知著稱於世，劉基則以謀略出眾為曆代所傳頌。明朝的開國皇帝朱元璋將劉基稱之為自己的張子房（張良）。僅此一點即可看出，劉基在朱元璋眾謀士中的地位是何等之高。劉基功成身退，欲求自保。但是，他卻受到誣陷，被削去官俸，憂鬱而死，其子也被逼跳井身亡。
生逢元末孤臣忠心
劉基劉基（公元1311—1375年）浙江青田人，字伯溫。劉基家是當地望族，他的曾祖父名劉濠，在宋朝末年任翰林掌書。宋朝被元滅亡後，青田人林融起兵反元，浙江的許多士大夫參與其事。這次起義被元軍鎮壓下去以後，元廷遣官窮查餘黨，當地許多士大夫受到株連。元朝使者帶著被株連者的名單，準備大肆誅殺。這個使者在劉濠家借宿，劉濠對使者盛宴款待，令其喝得酩酊大醉。半夜時，劉濠放火燒了房子，使者所攜帶的名單也隨之被大火燒掉。於是，名單上被株連的人都因此而幸免於難。