秦孝公二十一年（公元前341年），著名的馬陵之戰發生了。這一年，魏國進攻韓國，韓國向齊國求救。於是，齊國派田忌為將軍，孫臏為軍師，統率大軍攻魏救韓。魏國也派名將龐涓和太子申帶兵十萬迎擊齊軍。孫臏采用退兵減灶的策略，誘敵深入。齊軍在撤退的第一天造了十萬個灶，第二天減到五萬，第三天減到三萬，以迷惑魏軍。龐涓接連追趕了三天，見齊軍灶數越來越少，以為齊軍傷亡過半，便丟下步兵，隻帶一部分精銳部隊輕裝前進，兼程追趕。孫臏計算了魏軍的行程，在馬陵（今山東鄄城東北）設下埋伏。馬陵道路狹窄，澗深穀險，當魏軍夜間到達時，齊軍萬箭齊發，全殲魏軍。結果，龐涓自殺，太子申被俘。從此，魏國開始衰落下去。
第二年，商鞅向秦孝公分析了形勢，認為秦、魏兩國勢不兩立，魏國有高山險阻，同秦以黃河為界，而且占據了中條山以東的地形優勢。對它有利時，可以向西侵略秦國；對它不利時，可以向東發展。現在秦國已經富強起來了，魏國卻新敗於齊，諸侯也背叛了它，正好趁機伐魏。魏國抵擋不住秦國的進攻，一定會向東遷移；魏國東遷，秦國就占據了黃河天塹和中條山的險要地勢，得以控製東方各國。
秦孝公認為商鞅的分析很對，便派他率領秦軍，向東進攻魏國。魏國派公子印為將，統率魏軍迎擊秦軍。結果，公子印被俘，魏軍潰敗。經過這次失敗，魏國國庫空虛，力量削弱，不得不派使節把一部分河西地區歸還秦國，並向秦國講和。魏惠王想到公叔痤生前向他推薦商鞅的事，很感慨地說：“我不該不聽公叔痤的話呀！”但是，後悔已經晚了。
商鞅大敗魏軍，凱旋後，秦孝公把商、於（今陝西商縣西）等十五個邑封給了他。
秦孝公二十四年（公元前338年），秦國繼續攻魏，並渡過黃河，在岸門（今山西河津南）擊敗魏軍，俘虜了魏將魏錯。
經過商鞅變法，秦國的國力空前強大起來，很快成為戰國七雄中最強大的國家。後來秦始皇能夠統一中國，這與商鞅變法是密切相關的。
朝廷易主車裂之禍
公元前338年，秦孝公病死。秦孝公死前不久，一個名叫趙良的人去見了商鞅。
開始時，趙良吞吞吐吐，轉彎抹角。後來，他就左一個“孔子”，右一個“堯舜”，以這些“先王先聖”的“遺訓”作法寶，指責商鞅違背了“堯舜之道”，不準他們講話。並且，以古非今，反對商鞅的變法。
趙良對商鞅說：“你不循舊製，用不正當的手段建立集權，變革法製，這些都是不足以教化人民的。”“《書經》上說：‘恃德者昌，恃力者亡。’你已經像早晨的露水一樣，危在旦夕，難道還想延年益壽嗎？何不把封給你的十五個邑交回去，到偏僻的地方去種種地、澆澆花，勸秦王起用隱居山林的人。”最後，他警告商鞅道：“秦王一旦死了，秦國要收拾你的人難道會少嗎？你的末日快到了！”
趙良的這段話說明舊貴族不甘心退出曆史舞台。趙良打出“為民請命”的旗號，抓住秦孝公病重的時機，迫使他放棄變法。但是，趙良的建議被商鞅拒絕了，商鞅決心要將新法貫徹到底。
秦孝公死後，太子駟即位，這就是秦惠王（公元前337—前311年在位）。不久，商鞅告退。
舊貴族以為複辟的大好時機已到，他們紛紛聚集在公子虔的旗幟之下，掀起一股反對商鞅變法的逆流。公子虔的黨徒們大肆活動，他們有的誣告商鞅謀反，有的向秦惠王煽風點火，別有用心地對秦惠王說：“現在連秦國的婦女、兒童都知道商鞅之法，卻沒有人說是大王之法。這樣，商鞅反成了主，大王卻成了臣。何況商鞅本來就是大王的仇人。希望大王早早除掉他。”
秦惠王派人去逮捕商鞅。商鞅逃到邊境的一個關口，沒有過夜的地方。他想逃往魏國，魏國守將又不準商鞅入魏。商鞅便趕到於商，發動兵變，準備起兵反抗。結果，商鞅失敗被俘。秦惠王用最殘酷的刑罰把商鞅車裂示眾，還殺害了商鞅的全家，並恫嚇說：“沒有人再敢像商鞅那樣造反了吧。”在古代，車裂是一種極為殘酷的刑罰，民間也俗稱五馬分屍。其方法是，將犯人的四肢和頭係在馬車上，同時朝不同方向拉，將人體分解。
商鞅一生致力於地主階級的社會改革，並為推翻奴隸製、建立封建製獻出了自己的生命。正如漢代著名法家桑弘羊（公元前152—前80年）所說，商鞅“功如丘山，名傳後世”。但是，商鞅作為新興地主階級的政治代表，必然打上剝削階級的烙印，擺脫不了剝削階級的局限性和軟弱性。他的變法是自上而下的改革，根本不可能依靠人民群眾，組織人民群眾。就是對於新興地主階級，他也沒有把他們的力量廣泛動員起來。因此，秦孝公一死，他就失去了支持者，沒有力量抵擋舊貴族的反撲，最後竟被車裂而死。
商鞅雖死，“秦法未敗”。秦國從秦孝公到秦始皇，相傳六代，基本上都沿用了商鞅的法製，新興地主階級的勢力日益強大，奴隸主貴族的勢力日益削弱。而當時的中原各國卻法製不定，內亂頻繁。各國之間爾虞我詐，互相攻打。三晉人民紛紛入秦，更增加了秦國的力量。經過一個多世紀的發展，秦國“沃野千裏，蓄積饒多”，號稱“天下之雄國”。在這個基礎上，秦始皇終於陸續消滅六國，完成了統一中國的大業，奠定了我國兩千多年封建中央集權的局麵。高處不勝寒讒言毀金石