雖然格魯派的兩個轉世世係各自控製著西藏的一個地區 ,並為獲得在西藏佛教界的更大影響力而進行著一定程度的競爭 ,但是 ,它們更多的是互相支持 ,從而加強了格魯派高僧的權力。每個世係的首領都通過確認對方的轉世者身份、充當年輕的轉世靈童的業師和密教儀式的引路人而強化其合法性。例如 ,羅桑確吉堅讚擔任過五世達賴喇嘛的業師 ,並主持了他的坐床儀式。羅桑確吉堅讚的轉世者出生於 1663年,4年後得到了五世達賴喇嘛的正式認定。班禪轉世者的沙彌戒 (1670年)也是五世達賴喇嘛所授。同樣的模式也用之於這位班禪的轉世靈童 :每一代轉世靈童都得到達賴喇嘛的承認和剃度 (至少在理論上是如此)。反之 ,從六世達賴喇嘛———五世班禪為他授沙彌戒 ———開始 ,達賴喇嘛的轉世者也得到班禪喇嘛的承認和剃度。當1707年和碩特首領拉藏汗廢黜六世班禪後,他自然而然地請求五世達賴喇嘛為他的候選人授沙彌戒。
雖然清朝一直與達賴喇嘛、班禪額爾德尼和哲布尊丹巴 (1693年被授予 “大喇嘛 ”稱號 )保持著密切關係 ,但是他們享有的獨立權力妨礙著清朝對西藏和蒙古事務的掌控。清廷試圖通過擴大轉世世係的數量 ,特別是原西藏安多 (蒙古語為庫庫諾爾 )王國境內 ———18世紀在清廷擔任過重要角色的第一代和第二代章嘉呼圖克圖的出生地 ———轉世世係的數量 ,來分散和弱化宗教權力。王湘雲注意到 ,章嘉介紹到宮裏的許多高僧和轉世喇嘛如噶勒丹 ·錫埒圖呼圖克圖、拉科呼圖克圖、阿嘉呼圖克圖、東科爾呼圖克圖和嘉木樣協巴都是蒙古和西藏之間的這個緩衝地區出生的。這些高僧與安多地區的兩個重要佛教中心塔爾寺和拉卜楞寺保持著聯係 ,還通過師生關係與西藏地區重要的格魯派學校保持著聯係。
清朝皇帝提高了章嘉轉世高僧的級別 ,地位僅次於達賴喇嘛、班禪喇嘛和哲布尊丹巴呼圖克圖。在康熙皇帝與達賴喇嘛調解兩位喀爾喀汗王之間的爭端期間 ,第一世章嘉呼圖克圖阿旺羅桑卻丹 (1642—1715)朝見了他。1693年,康熙皇帝把章嘉召至北京 ,封他為 “大喇嘛 ”,並授予他掌管喀爾喀喇嘛教的權力。他在噶爾丹被打敗後協助康熙皇帝通過外交手段安撫住了厄魯特諸首領。之後 ,他的級別一升再升 ,直到被封為章嘉呼圖克圖 (1705年) 和國師 (1706年)。為擴大章嘉在漠南蒙古的影響 ,雍正皇帝在多倫諾爾為他修建了一座夏宮 ,這就是動用內帑修建的彙宗寺 ,是內外蒙古各旗喇嘛的活動中心。在冬季 ,章嘉呼圖克圖住在北京的嵩祝寺 ,這是康熙皇帝為他修建的。
二世章嘉若必多吉 (1717—1786)的生平充分說明了清朝對蒙古和西藏的政策。在某種意義上說 ,雍正和乾隆皇帝造就了二世章嘉呼圖克圖 :一世章嘉呼圖克圖把這位年輕人從家鄉安多的寺廟帶至北京 ,送到宗學與皇子皇孫同受教育 ;乾隆皇帝還把若必多吉當做他的佛學老師。若必多吉成了北京最受寵的西藏高僧。1757年,弘曆委派他負責七世達賴喇嘛格桑嘉措逝世以後的平穩過渡工作。 1780年班禪喇嘛訪問承德時 ,他是班禪的翻譯。1756年青滾雜卜叛亂期間 ,若必多吉奉旨勸說哲布尊丹巴保持中立。清朝第二次金川戰役 (1771—1776)的勝利被歸功於他的法術 ,這使格魯派清除了競爭對手苯教在這個地區的勢力。若必多吉還是一位著名的學者 ,主持了《丹珠爾》譯成蒙古文和佛經譯成滿文的工作。
滿族對喇嘛教的支持使他們獲得了 “政治上的好感 ”,但也有證據顯示一些皇帝是信徒。有位學者指出 ,由科爾沁蒙古族祖母孝莊皇太後養大的玄燁 是“對喇嘛教產生個人興趣的第一位滿族皇帝 ”。雍正皇帝有一幅畫像 ,畫中的雍正被繪成供奉在嵩祝寺的一位喇嘛。④雖然據說胤禛對藏傳佛教 “隻有一點點興趣 ”,但是王湘雲注意到 ,雍正對佛學的理解是“所有中國皇帝中最深透的”。他在蒙古人和藏族人中也很有名 ,因為他重建了安多地區的一些藏傳佛教寺院。他的弟弟果親王允禮是一位藏傳佛教的研習者和支持者。