少數民族文字的典籍在敦煌佛教文獻中也有很多，其中最多的是吐蕃文佛典。敦煌所存吐蕃文文獻大多與佛教有關，含經、律、論、真言、經疏以及吐蕃人的著述等多方麵內容。
敦煌發現的回鶻文佛教史料也很豐富，此外還有用梵文、粟特文、西夏文寫成的佛教典籍，雖然數量不是很多，但價值不菲。
道教是中華民族固有的傳統宗教，在敦煌遺書中，共保存了800多件道經及相關的文書抄本。自北周以後，幾乎曆代都有對道教經典進行搜集和整理的活動。唐代也曾大規模集結道經，編纂道藏。但由於種種原因，唐、宋、金、元曆代編纂的道藏均已亡佚，而部分道藏在敦煌遺書中有發現。
《道德經》是道教的基本經典之一，敦煌遺書中保存了一批該經的抄本，可以校勘傳世本的缺失。敦煌遺書中還保存了至少11種《道德經》的注疏，其中8種是傳世道藏所無的佚書。其中有北朝寫本《老子道德經想爾注》以及《老子化胡經》等佚道經。
《太平經》是一部大型道書，是我國早期道教東漢“太平道”的重要經典。該經原本170卷，分為10部。但此經在傳世道藏中僅存殘本，缺失大部分，且無完整目錄。而敦煌遺書中的《太平部卷第二》彌補了這一缺失。該道藏寫於南北朝時期，分前序、目錄、後跋3部分，有《太平經》10部、170卷、366篇的完整目錄，列舉了全部篇名。它揭示了《太平經》的原貌。
此外，還有《無上秘要》、《太上洞玄靈寶升玄內教經》、《太玄真一本際經》等道書，敦煌遺書中均保存有各經寫本，價值不菲。
就文本形態而言，敦煌道教典籍大多抄寫於唐前期，官書正規道書紙質優良，多用染黃，且墨色、書法俱佳。
景教是唐代時傳入我國的基督教聶斯脫裏派，也就是東方亞述教會，起源於今日的敘利亞，被視為最早進入我國的基督教派。
唐朝時，景教曾在長安興盛一時，並在全國建有“十字寺”，但多由非漢族民眾所信奉。到了唐武宗會昌五年，也就是845年，景教被朝廷取締，相關典籍也大多散失。而在敦煌遺書中卻保存了《尊經》、《大秦景教三威蒙度讚》、《大秦景教宣元本經》等數件漢譯景教經典，這就為研究唐代景教提供了重要資料。
敦煌遺書中，還保存有摩尼教的部分典籍。摩尼教即明教，又稱作牟尼教，發源於古代波斯薩珊王朝，為3世紀中期波斯人摩尼所創立，後經由中亞傳入我國。
摩尼教在唐代曾流行了約100多年，在唐武宗時的845年被取締。摩尼教徒十分重視經典編撰和翻譯，該教被唐武宗取締後，漢文經典亦均散失。敦煌遺書中保存了《摩尼光佛教法儀略》、《下部讚》和《證明過去因果經》3件摩尼教文獻。
此外，敦煌遺書中還保存了一些有關祆教的記載，這些記載對了解祆教的教義以及流傳情況等具有十分重要的價值。
敦煌遺書中的這些宗教典籍內容豐富，價值宏大，為研究古代宗教以及古人思想、生活打開了一扇扇新的窗口。