明朝十六代皇帝，除了自縊而死的崇禎外，現僅存十四處皇陵（即位於北京北郊的十三陵和位於南京的明孝陵），獨缺第二代皇帝惠帝的陵墓。這是因為明惠帝被其叔父篡權而遜國，最後不知是死還是逃亡、不明下落的緣故。
明洪武三十一年（1398），明太祖朱元璋死，由皇太孫朱允炆繼位，即明惠帝，國號建文，所以後來人們稱他為建文帝。朱允炆品性仁孝，忠厚而寡斷。太祖在位時，曾將24個兒子分封為王，為中央政權建立屏藩。但是到了建文帝時，因為各地的藩王勢力越來越大，勇武跋扈，甚至覬覦皇帝寶座，於是建文帝決定削藩。建文帝的四叔燕王朱棣（即後來的明成祖）以此為借口，起兵叛亂，其實是不滿朱元璋傳孫不傳子。這場戰爭曆時三年，史稱“靖難之役”，禍及河北、山東、安徽、江蘇數省。1402年，最終朱棣以勝利者的身份登上皇位，而建文帝在位僅4年。
攻下南京都城後，朱棣連續在皇宮內尋找了數天，均未見建文帝的身影，連個屍首也沒找到。當時攻城的大火一直蔓延至皇宮，皇宮火光衝天，燒得隻剩一片敗瓦頹垣，皇後也被燒死在這場大火中。另外還有一具已被燒成焦炭的死屍，朱棣以為是建文帝，俯身對著焦屍大哭一通，但是心裏卻一直懷著一個疑團。他即位多年以後，還不停地派人四處打探建文帝的下落。朱棣篡位後，將建文帝所倚重的一批朝臣如兵部尚書齊泰、大常卿黃子澄及方孝孺、茅大芳等統統誅殺，還妄殺了許多無辜的宮女，一時“裏落為墟，流放者更不可勝計”。
明末清初以來，人們對建文帝的下落開始質疑。有人認為建文帝被焚於攻城的大火，但更多的人則認為建文帝並沒有死，他趁著大火逃出了京城。建文帝的下落引起人們的種種猜測，其實是因為史籍上對其記載各不相同，互相矛盾所致。《明史·成祖本紀》和《明史·方孝孺傳》都說建文帝見大勢已去，於是下令焚宮，然後攜皇後躍入火中自焚，妃嬪侍從等也隨其蹈火而死，燕王入宮後聞宮女所言，並從灰燼中找到一具麵目全非的焦屍，“以天子禮葬建文皇帝”。而據《明史·恭閔帝本紀》載：“宮中火起，帝不知所終。燕王遣中使出帝後屍於火中，越八日壬申葬之。”隻提到建文帝下落不明，並未肯定燒死了。而《補本》等其他一些史籍則說：“棣遣中使出後屍於火，詭雲帝屍，越八日壬申，用學士王景言，備禮葬之。”“上入宮，忽火發，皇後馬氏暴崩，程濟奉上變僧服遁去。燕王遂入宮……因指燼中後骨以為上。”可見朱棣將灰燼中隨便一具死屍詐稱是建文帝，葬之而後自己稱帝，至於建文帝其實早已換上僧人衣服逃脫了。現在，研究者們大都認為建文帝確實沒有死於大火，而是在城陷之際逃出去了。
《明史紀事本末》成書早於《明史》，所輯錄的資料更加原始，可信度也更高。根據《明史紀事本末》的有關記述，當日燕王軍隊攻入南京金川門後，建文帝見大勢已去，痛哭流涕，曾想一死了之。此時，翰林院編修程濟提出出亡計策，太監王铖也跪奏說，太祖朱元璋駕崩時曾留下一個鐵篋，吩咐遭大難時交給建文帝，鐵篋現藏在奉先殿。建文帝趕緊命人取來，程濟打開鐵篋一看，裏麵有三張度牒（僧人的身份證明），還有袈裟、僧帽、僧鞋、剃刀等工具，白銀十兩以及逃跑線路圖，度牒上標明法名：一張是應文，一張是應賢，一張是應能。毋庸置疑，“應文”是建文帝，“應賢”是監察禦史葉希賢，“應能”則是吳王教授楊應能。鐵篋內還有一紙書，上寫：允炆從鬼門出逃，其餘人從水關禦溝出逃。於是，建文按照祖父的指引，換掉龍袍，穿上袈裟，帶領一眾隨從自地道逃出京城，為避免朱棣斬草除根，他後來還將自己的名字改為“讓鑾”，暗示遜國退帝位之意。
建文帝出宮後究竟逃向了何處？對此研究者也說法不一。其一認為逃到了湖北武當，其二認為是蘇州穹隆，其三是雲南浪穹，其四是貴州安順，其五則認為逃到了青海瞿曇寺。民國《創新渭源縣誌》卷九《藝文誌》中“五竹寺記”記載：“建文於夏六月庚申十三日未時，由癸門出，比時願扈駕車二十二人……君臣奔竄崎嶇，晝伏夜行。曆滇南、巴蜀，建文至樂都瞿曇寺……”這可以作為一項參考資料，表明建文帝有可能逃亡到了青海瞿曇寺。還有一種說法認為，建文帝等人為避人耳目，分幾路外逃，他自己則與隨從自長江往南，輾轉來到武昌羅漢寺，甚至還有的人認為建文帝後來經泉州逃至海外，種種說法不一而足。在民間也到處流傳著建文帝曾經到過某地的傳聞，以及朱棣派人以尋訪知名道人張三豐為名，暗查建文帝下落的故事。台灣出版的《明惠帝出亡考證》一書稱，奉朱棣命外出查訪的官員一直沒有查出結果，為了交差，就謊稱建文皇帝跑到了西洋一帶。於是朱棣又派自己的親信宦官鄭和下西洋，表麵上是為了通商，實則是為了暗查建文皇帝的下落。