官兵敗走後，朱紅燈等人商定借蔣楷驚魂未定時，要求釋放先前被抓的六個拳民。蔣楷的條件是：先解散，然後放人。拳民對官府的誠信有所懷疑，他們希望蔣楷能從無故抓人的捕快中挑出兩個來做人質，但遭到了蔣楷的拒絕。談判一直持續到深夜，蔣楷最終把自己的為難處說了出來：“人可放，然而不敢放。”談判破裂，去的拳民半夜回到杠子李莊，朱紅燈意識到必須要再次引起官府的注意，此事才能了結。
引起官府注意的方法並不一定非得要與官府發生正麵衝突，朱紅燈決定率領拳民們去進攻恩縣劉王莊屬於天主教會的教堂和龐莊屬於美國公理會的基督教堂。之所以要攻擊這兩個教堂，是因為龐莊傳教的傳教士明恩溥經常在上海的報紙上寫文章，鼓動清政府出麵鎮壓中國的拳民。朱紅燈還沒有到達龐莊，明恩溥就已經得到消息，並立即和山東巡撫衙門取得聯係，要求清政府派軍隊前來鎮壓，於是濟南知府盧昌詒與親軍營管帶袁世敦率兵前往，要滅掉朱紅燈一夥人。
在半路上，朱紅燈捉到了官軍的探子，他將探子釋放，並且讓他轉告當時的長官盧昌詒和袁世敦：“我現在回杠子李莊，是為兩位大人考慮。如果我們再和官軍相遇，那大人就要自失顏麵了。”但是，袁世敦並沒有把朱紅燈的話放在心上，他認為幾個拳民根本不可能抵抗他的正規軍。
十月十八日，袁世敦率領官兵跟著朱紅燈來到了森羅殿。朱紅燈當時正和拳民弟兄們吃飯，聽說官兵前來，扔了飯碗，抄起武器就衝了出來。雙方隨即開始大戰，朱紅燈的確有指揮才能，再加上義和團奮勇向前，在奮戰了五小時後，官兵開始戰略轉移。但拳民這邊三十多人被殺，十六人被活捉，於是朱紅燈急忙召集義和團，迅速退出了森羅殿。不久後，官兵又卷土重來，村民為了避免全村遭到槍炮轟炸，就派了一個讀書人出去迎接，但官兵卻將此人當作義和團，一槍給斃掉了。
此戰過後，朱紅燈與心誠和尚、於清水等人率部轉移到了禹城縣的丁家寺，商量決定了下一步的戰鬥意圖。在十一月四日大鬧苗家村後，朱紅燈與心誠兵分兩路：朱紅燈南下長清，心誠南下茌平與博平。
十一月十五日朱紅燈路過茌平大張莊教堂時，教堂裏的人對他挑釁。朱紅燈忍無可忍，發出了攻打教堂的命令，並一舉攻下，然後他又下令將這座教堂燒毀。
外國政府得知這一消息後大驚失色，隨即就憤怒至極。他們要求清政府必須盡快解決朱紅燈和他的拳民，還要求立即撤換辦事不利的山東巡撫毓賢。各地的教堂紛紛組織起來，準備對抗朱紅燈和他的義和團。
在官府還沒采取積極行動的時候，這年的十一月十七日，朱紅燈在華岩寺休整的時候，內部發生了爭鬥。
內鬥的起因是因為分配不均。朱紅燈的嫡係右哨（當時他的組織分左右哨）因為分得很多，左哨就憤憤不平。朱紅燈又沒有妥善處理好，左哨的人徹底被激怒了，不知誰大喊了一聲：“誰不打朱紅燈，誰就是小老婆養的！”
誰都不想自己是小老婆養的，於是，一百三十多人朝朱紅燈衝了過來。右哨的人當然不能見朱紅燈挨打，先把他塞進轎子裏，然後護著轎子想走。左哨的人多，在打鬥中將轎子掀翻，朱紅燈從轎子裏麵鑽了出來，領著右哨的人就跑。左哨的人撒腿就追，追到最後，朱紅燈被打得滿腦袋是血，隻剩兩個人勉強將他扶起，又向西北方向跑到了五裏莊。
兩天後，濟東道吉燦升、遊擊馬金敘率兵突襲五裏莊，捉住了朱紅燈的親信，逼他交出朱紅燈。該親信經不住官兵的酷刑，就把朱紅燈指認了出來，朱紅燈被活捉了。