與雲居寺結為一體的石經山，亦稱“小西天”，相隔2公裏，雄踞海拔450米的陡峭岩壁之上，星羅棋布地分布有9個藏經洞，內藏隋唐石經4196塊。開放式的第五洞最大，名為“雷音洞”，走進後，宛如一座寬敞堅實的地下宮殿，長寬各約10米，中有4根八角形石柱，頂天立地，支撐洞頂，上麵雕刻著形態各異、栩栩如生的佛像1054尊，所以又稱為“千佛柱”。再把目光移向周圍，原來四壁統統鑲嵌著密密麻麻的經板，均由靜琬大師刻錄。據統計，經籍薈萃的雲居寺，珍藏著從隋到明的石刻大藏木版經77000多塊，譽為“三絕”，實乃佛教文化的無價寶庫。1999年9月9日9時9分9秒，1082塊遼金大藏經回藏地穴，雲居寺舉行盛大法會，各界人士由衷祝願石經歸安。
佛教由印度傳入中國後的2000年間，曾遭遇到北魏太武帝年間（424～451）和北周武帝年間（561～578）兩次空前“法難”，僧徒被驅逐，寺廟被摧毀，經卷被焚燒……在這暗無天日的非常時刻，飽經磨難的北齊南嶽天台宗高僧慧思，深為憂慮，焦急萬分，最後終於想出了把佛經刻在石材上的良策，使之不再為焚毀擔心，便於一代一代，久傳不衰。
事後，幽州智泉寺法師靜琬，遵照慧思遺願，來到西南白帶山下這塊風水寶地，曆盡艱辛磨石刻經，他在唐貞觀八年（634年）題記中，言明了刻經意圖：“此經為未來佛法難時擬充經本，世若有經，願勿輒開。”這既是高僧的初衷，也是向後人的呼喚。這一壯舉，得到當時上層統治階級和社會上的廣泛資助，從隋大業中到唐初，刻經事業從未間斷。可惜的是，5年後即唐貞觀十二年（639年），靜琬與世長辭，原打算刻造12部石經的宏願，尚未完成，其弟子玄導、僧儀、惠暹、玄法相繼主持，曆經唐、遼、金、元、明，代代續刻，堅持不懈，長達千載之久，刻有佛經1122部3572卷，所用石板多達14278塊，分別珍藏在石經山9個山洞和雲居寺南塔附近的地穴內，被譽為“房山雲居寺刻佛教大藏經”。
房山石經，不但是我國的珍奇瑰寶，也是世界文化的寶貴遺產，對中華民族古代文化、曆史、藝術特別是佛教的研究，具有十分重要的意義。比如，在書法方麵，隋的刻經，都是當時書法高手所為；唐代的刻經，更富有相當高超的藝術魅力，且可從大量石經中，看到我國書法風格的變遷和俗寫字、異體字、簡化字、武周時期新造字的文字演變情況，形象準確，真切無疑。除此之外，大多經文後麵，還都附有“題記”，為研究曆代政治、經濟、文化、民俗等提供了極其可靠的文字資料。至於對佛教史來說，更是校勘木刻藏經最可信賴的“標準”。像第三洞中存放的唐初所刻的《勝天王般若波羅密經》中的一篇經文之序，剛好校正了日本《大正藏》年載經序中的誤字、漏字26個之多。
多少年來，這些從公元7世紀到12世紀相繼刻製的石經，始終被封存藏在這裏的9個岩洞和壓經塔下的地穴中，一直未進行清查、整理，直到1956年，中國佛教協會等有關部門一起，用3年時間，對這座曆史寶庫，進行了一次較為全麵、係統、細致的調查、發掘和整理。從而發現，在藏經洞中存放的經板，由於年代久遠遭到破壞、盜竊、風化、腐蝕等種種原因，情況相當嚴重，但埋在地下藏經穴裏的，卻大多完整無損。
如今，隻存放石經的雲居寺，又增加了從北京市內智化寺調運過來的77000塊清乾隆時的木板經，加之原來藏有的紙板經，雲居寺已經成為海內外罕見“三經並存”的世界級佛教文化聖地。
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