孫衣言在給馬新貽寫的神道碑銘中，慷慨激昂，秉筆直書，“賊悍且狡，非酷刑不能得實，而叛逆遺孽，刺殺我大臣，非律所有，宜以經斷，用重典，使天下有所畏懼。而獄已具且結，衣言遂不書諾。嗚呼！衣言之所以奮其愚戇為公力爭，亦豈獨為公一人也哉？”
孫衣言的文章一出，震驚朝野，輿論大嘩，就連慈禧太後也知道其中大有隱情。但總不能為了一個死人去動搖大清江山啊。斯人已作古，讓他去吧，無非加恩賜恤，以慰忠魂。
“刺馬”的背後真相
時人傳言，張文祥刺殺馬新貽的根本原因，是因為馬新貽漁色負友，張文祥為友複仇。果真如此，孫衣言、袁保慶作為馬新貽的親信，自始至終都參加了審訊，那麼，魁玉、張之萬、給他設計了一個“海盜挾仇報複”的結案，不是更體麵嗎？何以苦苦追求，以得確供呢？
再說，馬新貽的四弟馬新祐自幼跟隨左右，直到馬新貽被刺身亡，馬新貽的事情他是再清楚不過了。如果馬新貽因漁色負友而遭刺殺，已經給他一個體麵結局，馬新祐為此應該感恩不盡，為什麼一直悲呼終覺疑案之莫明，希望時人和後人給以研討呢？其實鄭敦謹心裏很明白，他隻能以苦笑對之。未等聖旨下達，更沒等張文祥正法，他憤然離開了江寧。曾國藩和司道各員送他到江邊，他板著麵孔，頭也不回地揚帆而去。
所有這一切，都使人們感到背後有一股強大的勢力，有一雙無形的手在左右著這一切。有人說是慈禧太後。不，慈禧太後沒有理由殺一個既無兵權，又不屬於任何派係的馬新貽。正是她，同治七年召見馬新貽，密旨馬新貽調查湘軍攻陷天京後太平天國金銀財寶的去向。
太平天國經營10年，各種糧餉自不必說，天王府金銀財寶堆積如山，其他王府、將軍府也有不少收藏。曾國荃攻陷天京，縱湘軍搶掠數天；為了掩蓋罪證，又放了一把火，大火燒了幾天幾夜不熄。湘軍均飽私囊，大車小輛向湖南老家運送財物，幾年中，湘軍子弟搶購土地遍及湘鄂。朝野議論紛紛，恭親王頗有微詞，慈禧太後心中不快。尤其令朝廷坐臥不安的是，十幾年來湘軍的實力迅速膨脹。
太平天國失敗後，人們傳言曾國藩有野心，其實他的部下早就慫恿他謀取帝位。在與太平軍作戰時，清廷不得不倚重湘軍，但是，如今太平軍被“蕩平”了，慈禧能允許曾國藩在江南坐大嗎？於是她把曾國藩調離江寧，派馬新貽任兩江總督，迅速裁撤湘軍。
江寧是湘軍攻下來的，兩江一直被湘軍視為私地，他們在那裏經營了數年，豈能輕易讓給馬新貽。馬新貽幾十年來一直沒有自己的軍隊，孑然一身來到江寧，如入龍潭虎穴。馬新貽被刺，朝廷心中明白，為了不至於激起兵變，動搖清王朝的統治，趕緊調曾國藩回蒞江寧坐鎮。從此，兩江總督寶座長期掌握在湘係手中，其他人不敢問津。太平天國失敗後，湘軍的劣根性充分暴露出來，他們比土匪還要凶殘，明目張膽地肆虐搶掠。左宗棠直言不諱地批評湘軍，他認為這都是胡林翼為了一時對付太平天國，招募巨盜所致。曾國藩對湘軍的為非作歹也很清楚，他說：“餘設立水師，不能為長江除害，乃反為長江生害。”
清末施行裁勇改兵製度以後，幾萬湘軍士卒被裁撤，其中不乏將領。這些人並不回鄉務農，而是到處遊蕩擄掠。有些人參加了哥老會，有些人本來就是哥老會成員。湘軍裁撤擴大了黑勢力，散兵遊勇又與黑勢力結合，成為社會的一大公害。馬新貽在懲治散兵遊勇時非常嚴厲，尤其是他任命以剽悍著稱的袁保慶為營務處總管，抓到為害百姓、有非法行為的散兵遊勇即就地正法。散兵遊勇和黑勢力對他恨之入骨。
張文祥刺殺馬新貽，在警衛森嚴的督署重地一擊而中。馬新貽被刺後，立即有“刺馬案”戲文上演，而且正值鄉試，安徽學政殷兆鏞出試題，竟然寓其譏諷，喬鬆年也來湊熱鬧，寫了一首歪詩作證，湘軍將領給張文祥立碑等等。那個曾給孫衣言透過口風的顏士璋頗有心計，他寫了一本《南行日記》，記述了赴寧的全部過程。據他的曾孫顏牧皋說，日記中寫道：“刺馬案與湘軍有關。”“刺馬案背後有大人物主使。”
所有這一切，都說明刺馬案是一件有計劃、有組織的政治謀殺事件。從案件的實施，到輿論的有力配合，以及對審案的精心策劃和對結案的精明設計，都說明它出自高人之手。