對於突如其來的數萬民眾，清政府動員了全國的力量，從各地調入了大量的米糧、皮衣、牲畜等物品來幫助土爾扈特人渡過難關。
土爾扈特人在回歸的過程中，起程之時正值嚴冬，夏季才抵達，途中又有俄政府的圍追堵截，行進中，蒙古包、帳篷全部丟棄，一路風餐露宿，旅途異常艱苦。往往行至大漠之時，數日沒有水喝，遇到水後，又不管水質好壞，盡情狂飲，導致牲畜和人死亡很多。到達伊犁時，深受疾病的侵害。尤其是渥巴錫的部眾，由於在前方衝鋒陷陣，傷亡很大，患病的也最多。鑒於渥巴錫部眾貧病交加的情況，清廷加以區別對待，凡病弱傷殘者，約一萬餘人，一律暫行留在伊犁，安置於伊犁河南岸克特曼、雙科爾等地養病，使之免於再受路途顛簸之苦，將尚屬強壯、能夠堅持行走者遷往齋爾。但這部分渥巴錫部眾到達齋爾之後，不幸事件突然降臨，乾隆三十六年秋冬以來，天花開始在渥巴錫所屬部眾中流行，本已很脆弱的生命抵禦不了瘟疫的肆虐，許多人因此而喪生。渥巴錫的妻子、女兒、母親都因患天花而去世。渥巴錫部眾出天花者眾多，不斷有染患者，而痊愈者極少。幾個月間因為天花而亡的人已達三千三百九十餘人。渥巴錫遭此不幸，乾隆帝很是同情，立即諭令護送渥巴錫等從避暑山莊返回遊牧地的戶部侍郎福康安加以安撫，並轉賞銀兩要渥巴錫回至遊牧地後，用於為其親人念經超度。渥巴錫離開避暑山莊後，一路緩行，於乾隆三十七年（1772年）正月十二日才返抵其遊牧地博湖圖，但為避痘疫，並未深入其遊牧地，隻是住在邊緣地帶，直至月餘之後仍未去探視其幸存的嬰兒；所屬齋桑等來見，也不準進蒙古包，隻是命人傳話。也許正是這些防範隔離措施，使渥巴錫逃過一劫而得以幸免。這年年底，疾病和天花再次流行，又有不少人死亡。天花不僅奪走了數千人的生命，而且也使幸存者產生了恐慌心理，包括渥巴錫本人在內的部眾都不願再在齋爾居住，他們希望能有更好的生存環境。
在土爾扈特回歸之初，清政府就確定了令其“農牧並舉”的方針。但土爾扈特蒙古原本是遊牧民族，不諳農事，雖經清廷撥給籽種、農具，挑派綠營兵教習耕作技術，畢竟是一相情願的事，其耕種者本身並無生產積極性。乾隆三十七年（1772年），渥巴錫部眾種下糧食後，也未善加管理，卻遠牧他處，再加上這年雨水稀少，山水短缺，渥巴錫部眾隻是作法祈雨，也未找水源引水灌溉，天旱地幹，所種作物長勢不佳，及至最後，全都枯黃，基本顆粒無收。
為了擺脫困境，渥巴錫多次請求清政府移地放牧，終獲批準。經過多次考察，渥巴錫終於選定了水草豐美，氣候適宜的珠爾都斯草原放牧。珠爾都斯，是回語星星的意思，其地泉眼如星，因此得名。位於伊犁東南路，納喇特山與艾爾溫根烏拉之間的高位山間盆地，開都河蜿蜒其間，水草豐茂，極宜放牧。乾隆三十八年七月（1773年），渥巴錫率所領土爾扈特南路盟分六隊，在厄魯特蘭翎伊斯麻裏及熟悉道路的維吾爾族人噶劄那奇伯克和買麻特·克裏木向導的指引下，向珠爾都斯草原移牧。此前，清政府將原在尤勒都斯草原遊牧的和碩特恭格部，移牧於博斯騰湖畔以西以北之地，以便騰出尤勒都斯草原供渥巴錫部遊牧。至此，土爾扈特的遊牧地基本確定。
渥巴錫所領之地稱舊土爾扈特，劃分為東、西、南、北四路，設四盟，各立盟長，頒發官印。南路在喀喇沙爾北珠爾都斯草原，置四旗，渥巴錫為盟長；北部在和布克賽裏，置三旗，策伯爾多爾濟為盟長；西路在精河縣一帶，置一旗，默門圖為盟長；東路在庫爾喀喇烏蘇一帶，置二旗，巴木巴爾為盟長。
舍楞所領之地稱新土爾扈特部，遊牧於科布多、阿爾泰一帶，置二旗，舍楞為盟長。
和碩特恭格部，遊牧於博斯騰湖畔，置四旗，恭格為盟長。
上述遊牧於新疆的土爾扈特各盟，由哈拉沙爾辦事大臣、台爾巴哈台領隊大臣、庫爾喀喇烏蘇領隊大臣分別管轄，由伊犁將軍總理其事。
新疆維吾爾自治區現存的八顆銀印，就是乾隆四十年（1775年）清政府頒發給土爾扈特及和碩特的官印。其中有“烏納恩蘇珠克圖舊土爾扈特部卓裏克圖汗之印”，印文的漢語意思是：忠誠的舊土爾扈特部英勇之王。這顆印是給渥巴錫及其繼承者策琳納木紮勒的。還有一顆是頒發給策伯爾多爾濟的“烏納恩蘇珠克圖舊土爾扈特北部盟長之印”，還有各劄薩克之印。
由於東歸，土爾扈特各部民眾財產損失極大，人民生活貧困，清政府雖然全力賑濟，但一時難以使新歸的部落穩定下來。土爾扈特部安置之初，偷盜、搶劫、傷人的事情時有發生，土爾扈特各部秩序混亂，管理困難。麵對這種情況，為了保持部族穩定，維持人民生活安定，渥巴錫製定了適合土爾扈特部實際的法規、法紀，於乾隆三十九年（1774年）在部內實行。主要內容如下：