牛津辯論會使達爾文進化論思想大獲成功。主教受到的教訓使那些外行人不敢再發表膚淺的言論和進行冷嘲熱諷了。毫無疑問，這個教訓在倫敦的輿論界對於捍衛新的學說起了轉折性的作用。辯論會的一個參加者後來告訴達爾文的兒子弗朗西斯說，就在那天晚上，在好客的牛津植物學教授道賓尼的房間裏，擠滿了很多人，他們的話題幾乎完全集中在《物種起源》的論戰上，英國宗教界那些穿“黑禮服係白領帶”的人們和讚同《物種起源》的人們，都對韋勃甫司的發言感到憤慨，而對論戰的勝利者表示祝賀。
但是反對達爾文進化論的敵對勢力並沒有屈服。《每季評論》上發表了一篇文章，達爾文的朋友們認為這篇文章是韋勃甫司和奧溫寫的，其目的是要離間賴爾和達爾文，因為賴爾在社會上享有很高的威望，他對新學說的濃厚興趣是人所共知的。文章中說：“達爾文先生離開了一個博物學家進行工作的寬廣大道而走入了虛幻假設的叢林，這是一大罪惡。達爾文先生認為他可以把賴爾看作他的信徒之一，我們相信他這樣認為是打錯了算盤。我們當然知道，達爾文先生可以對他那位地質學上的兄弟施以強烈的誘惑……但是沒有一個人比賴爾更明確地、更合理地否認了物質可變的說法（文章的作者這樣寫，暗示的是賴爾的《地質學原理》第二卷，在那裏賴爾對拉馬克的觀點進行了駁斥），他這種否認並不是發生在其科學生活的幼年時期，而是發生在其科學生活的精力充沛時期和成熟時期。”接著這位主教希望依靠賴爾的幫助來“徹底消滅這種淺薄而又抽象的理論，正如徹底消滅它的孿生兄弟……《創造的痕跡》一樣。”
賴爾一直處於觀望狀態。他對《物種起源》表示讚同，很有興趣地、仔細地閱讀了這本書，但他還不能堅決地“轉向”新的信仰。他繼續和達爾文進行著頻繁的書信來往，經常向達爾文提出一些新的次要的異議，達爾文則逐一給予答複。達爾文知道，賴爾正在準備寫一部巨著《人類的古遠性》，因此他期望賴爾在這本書中堅決地站到他這一邊來。但有時候他也流露出自己的顧慮。因為賴爾年事已高，賴爾以前曾抱有反進化論的觀點，賴爾在“社會上頗有地位”——所有這一切本來是會把賴爾拉向另一邊的。然而賴爾卻巧妙地處理了“與華萊士的衝突事件”，堅決主張公布“巨著”的摘要。這部巨著的成績表明，賴爾是對的。因此達爾文在遇到小小的困難時，繼續向這位聰明的朋友請教。
探索生物進程，為捍衛“進化論”而進行鬥爭的達爾文有一篇對《物種起源》的評論使他很激動，他曾準備在《物種起源》的新版（穆瑞已經主張出第三版了）中對這些攻擊予以回擊。賴爾建議達爾文將原文再稍微擴大一些，在某些地方加進對各種異議的答複，但不提持異議的人的名字。他還建議達爾文不要親自出麵幹預論戰。達爾文采納了這一建議，因為他的朋友們都在積極地繼續“為捍衛達爾文主義而戰鬥”，特別是赫胥黎，達爾文在一封信中說赫胥黎“在傳播魔鬼的福音方麵是他的殷勤周到的代理人”。
賴爾的《人類的古遠性》一書於1863年出版，既沒有使達爾文本人滿意，也沒有使達爾文的論敵滿意。賴爾所說的最有利於達爾文理論的一句話，達爾文認為，可以說成這樣：“如果物種借助變異和自然選擇而發生變化這種情況無論何時都被證明是極其可能的話……”人們從這樣一句話中當然不可能了解賴爾本人的看法究竟是什麼。除了一些似乎足以說明物種變化的事實以外，在關於大腦和智力那一章中，他甚至還暗示在動物智力的最高形式同人類智力的最低形式之間還有著鴻溝。
達爾文非常沮喪的給虎克寫信說：“在這個問題上最有意思的是，賴爾認為，他以昔日殉道者的勇氣采取了行動。”
1860 年 1 月，他給劍橋的一位老朋友詹寧斯牧師寫信時說：“關於人類，我很不願意把自己的信念強加於人；但我認為完全隱瞞我的意見是不誠實的。當然每個人都可以自由地相信人類是由於一個特殊的奇跡而出現的，但我自己既沒有看出它的必要性，也沒有看出它的可能性。”