元王朝建立伊始，國人被分為四等：蒙古人、色目人、漢人與南人。漢人與南人地位比蒙古人及色目人低，蒙古人及色目人即便對漢人和南人毆打或殺害，也不必承擔相應的罪責。到元仁宗以後，在各種努力下，這些法規開始有些鬆動了。但伯顏上台後，堅決執行老規矩，蒙古人、色目人若毆打漢人或南人，挨打者連反抗自衛的權利都沒有。
伯顏還下令終止科舉考試，將官學全部停止，從前各處用於供應儒生費用的莊田賦稅收入全部改為禁軍軍費。
伯顏規定中書省、樞密院、禦史台、六部、宣慰司、廉訪司及各路、府的官長幕僚全由蒙古人、色目人擔任。為了達到這個目的，伯顏下令不準漢人、南人學習蒙古文字。元朝規定地方及中央各級主要官員必須通曉蒙古文字，如今剝奪了漢人、南人學習蒙古文字的權利，也就完全剝奪了他們進入仕途的機會。
伯顏認為漢人、南人太多，因此要殺盡張、王、劉、李、趙五姓人。這個主意太殘酷了，不但遭到元惠宗的否決，就連蒙古貴族也一律反對，伯顏隻得作罷。
伯顏在朝中飛揚跋扈，朝政都由他一手把持，天下人隻知伯顏而不知皇帝。伯顏出行時，護衛精兵緊隨其後，填街溢衢，元惠宗身邊的儀衛和伯顏比起來反倒寥若晨星了。
伯顏罷了科舉，大力扶植親信，中書省、樞密院、禦史台的官員都出自他的門下。
對於伯顏的專橫，軟弱的元惠宗束手無策。至元四年（1338年），元惠宗甚至下詔在涿州、汴梁為伯顏建生祠，在南口為他立記功碑。在伯顏眼裏，小皇帝算不了什麼，以至天下的貢賦也得他先享受夠了才輪到皇帝。久之，元惠宗對伯顏的不滿越來越強烈了。
每逢元惠宗外出時，伯顏總是讓自己直屬的禁衛軍隊在元惠宗周圍巡行，禁止他接觸大臣。伯顏還讓自己的侄兒脫脫擔當元惠宗的宿衛，隨時監視皇帝。
脫脫是伯顏哥哥馬杞兒台之子，他見伯顏已經招得天怒人怨，便向自己的老師吳直方討教。
在吳直方的啟發下，脫脫先與元惠宗為數不多的幾個心腹交上了朋友，又趁宿衛之機向元惠宗陳情示忠，取得了元惠宗的信任。
至元六年（1340年）二月，伯顏邀元惠宗出獵，脫脫見時機已到，便勸元惠宗裝病推辭，誰知伯顏堅請，元惠宗不得不派皇太子燕帖古思隨伯顏出獵。
伯顏一行剛走，脫脫便將京城各城門的鑰匙收在自己手中，還派親信把守各城門。
當天晚上，脫脫將元惠宗移至玉德殿居住，召各部大臣入宮聽命。
二鼓時分，脫脫派皇太子的宿衛官月可察兒率三十精騎趕往狩獵駐地柳林，將太子悄悄接回京城。
太子平安回京後，脫脫命人寫好貶黜伯顏為河南行省左丞相的詔書，連夜派平章政事隻兒瓦夕赴伯顏營地宣讀。
伯顏大吃一驚，想進京問個明白，脫脫堅決不開城門，在城上向下喊話說：“有旨貶黜丞相一人，諸從官無罪，可各還本衛。”跟從伯顏出獵的兵將一聽這話，一下子都散了。
伯顏見大勢已去，隻得前往河南。上路不到一個月，另一道詔書又到了，令伯顏轉往南恩州陽春縣（今廣東陽春縣）安置。不久，伯顏病死於途中。
伯顏垮台後，元惠宗在脫脫的輔佐下掌握了朝中大權，將伯顏的黨羽全部趕出朝廷。
這年六月，元惠宗降詔廢了叔父元文宗的廟主，將嬸母卜答失裏徙往東安州安置，將堂弟燕帖古思流放高麗。卜答失裏到東安州不久就病死了，燕帖古思則在流放途中遇害身亡了。
元惠宗親政了，而奇氏也等到了提高自己地位的機會。
奇氏最盼望得到的是皇後的寶座，但伯顏忽都皇後循規蹈矩，元惠宗和奇氏找不到廢後的把柄，於是便暗中示意大臣沙剌班，讓他援引元朝數後並立的先例，提議冊立奇氏為第二皇後，理由是奇氏在至正五年（1345年）冬生下了皇子愛猷識理達臘。
奇氏當上第二皇後之後，她的祖宗三代都被元王朝追封為王爵。奇氏家族子弟頓時平步青雲，開始目中無人，並橫行霸道起來。不久，他們便在高麗鬧得天怒人怨了。高麗國王雖然心中不滿，但礙於元惠宗的麵子，也不得不忍讓三分。不久，奇氏家族竟然有人密謀在高麗篡位稱王，高麗國王再也不能容忍了，立即趕在奇氏家族動手之前將他們一網打盡，統統殺光。
奇氏得知消息，大哭不止，向元惠宗哭訴，誣稱高麗國王圖謀不軌。至正二十三年（1363年），元惠宗降旨廢高麗王，冊封大都城裏的高麗皇族塔思特木兒為新高麗王，並立奇氏族人三寶奴為高麗太子，隨後派知樞密院事崔帖木兒率軍一萬送這兩人去高麗。高麗國王早有準備，在鴨綠江邊埋伏一支精兵，將元軍打得潰不成軍，僅剩十七人逃回大都。
回頭再說伯顏倒台後，元惠宗起用脫脫當政，宣布改革，曆史上稱為“脫脫更化”。
脫脫改革的主要措施有：（1）恢複伯顏廢了的科舉製度。科舉製始於隋朝，元朝建立後直到元仁宗時才實行科舉製度。伯顏掌權後，為防止漢人做官，下令廢了科舉，如今又恢複了。（2）置宣文閣，恢複太廟四時祭祀。（3）平反冤獄。（4）開馬禁，放寬政策，為農民減賦。脫脫上台後，下令免除百姓拖欠的雜稅，放寬了對漢人、南人的政策。此前民間禁止養馬，脫脫上台廢除了這一禁令。（5）主持編寫宋、遼、金三史。元朝初年，元世祖忽必烈曾降詔編修宋史、遼史和金史，但是，因為這三個國家同時存在，修史時究竟以哪一個國家為正統才好，大家爭論不休，所以未能修成。脫脫主張分別撰寫這三個國家的曆史，不分誰是正統，誰為附庸。元惠宗同意後，由脫脫擔任都總裁，開始修史。（6）編寫《至正條格》。《至正條格》是元代法規之一。元惠宗至元四年（1338年）三月，命中書平章政事阿吉剌根據《大元通製》編定條格，於至正六年四月頒行。其中包括詔製150條、條格1700條、斷例1059條，分祭祀、戶令、學令、選舉、倉庫、捕亡、賦役、獄官等27目。