這段時間，蔣介石同鮑羅廷又親熱起來。5月16日，蔣介石在審查整理黨務案之後會見了鮑羅廷，說國民黨黨員消極抵製共產黨，不能積極地奮發自強。甚至擔憂國共兩黨黨員“混合革命，小黨勝於大黨”。
他乘機提出，革命非統製不可，否則不能成功。鮑羅廷竟然被蔣介石的花言巧語所感動。當晚，蔣介石又趕往鮑公館看電影。
5月20日，會議選出國共兩黨聯席會議代表。其中，國民黨5名，包括蔣介石在內，共產黨隻有3名。5月21日，會議發布《北伐宣言》。
22日，會議閉幕。蔣介石在當天發表講話，為提出整理黨務案辯解。他說，他這次是以國民黨員的身份提出整理黨務案的，如果像外界所說的那樣，以為提出整理黨務案的是一位有實力的軍人，那就完全錯了。他提出整理黨務案，是“鑒於現在時局的糾紛和環境的險惡，實在有不能不整理之勢，才提出整理黨務的辦法”。他在講話中還標榜自己如何擁護革命。他說，如果今天有人說我不革命，那就無異於說我反革命，“我不但不能承認，而且要起來反對他”。
會議撤銷了汪精衛的領導職務，選舉張靜江為國民黨中央執行委員會主席。譚延闓接替汪精衛當選為國民黨中央政治會議主席兼國民政府主席，蔣介石不僅接替譚平山擔任國民黨中央組織部長，而且還擔任了國民黨軍人部長。這些人事方麵的所謂改革實際上都是蔣介石一手促成的，“形式上經過蔣、張、鮑三巨頭的密商”。
不難發現，這4項提案，特別是蔣介石單獨提出的《國民黨與共產黨協定事項案》主要是針對中國共產黨的，其目的是限製共產黨人在國民黨內的活動，削弱了中國共產黨人在國民黨內的權力，也打擊了共產黨和國民黨左派的勢力。對此，蔣介石直言不諱地說：“此時共產黨奪取廣州基地的陰謀即已失敗”。
在中國共產黨看來，國民黨所采取的整理黨務案的辦法，決不是由“容共”到“聯共”，“其用意無寧是限製中共的發展，打擊中共之獨立存在”。所以，整理黨務案公布後，在廣州的中共黨員“無不萬分激憤”。有些人不滿地責問說，為什麼不主動提出國共合作方式，由黨內合作改為黨外合作？為什麼不退出國民黨？為什麼要被動地受處罰？
盡管鮑羅廷也感到不愉快，但他還是作了“種種有利於自己的解釋”。
他聲稱：“我們沒有被驅逐出廣東，那就顯示我們仍有勝利的機會。隻此一點，就可以證明我們的處理方針並不算是完全錯誤的。”他還自我安慰，說右派並沒有占到什麼便宜，他自己也沒有被扣留，而主張扣留他的胡漢民倒是被趕出了廣州，企圖搗亂的吳鐵城被拘禁了，西山會議派的人也不能插足廣東。右派“連一個職位也沒有撈到，幾乎所有部長都是左派”。這一切都證明受到打擊的不是我們。
其實，鮑羅廷向蔣介石妥協還有一個原因，就是他想利用蔣介石來反擊右派。蔣介石同意了鮑羅廷的要求，在提出整理黨務案時對右派的活動也作了一定的限製。僅此一點，鮑羅廷竟然感到很滿足了。他對彭述之說：“我也知道，蔣介石有很多嚴重的缺點，但在現時的國民黨中，沒有人像他有力量有決心，足以打擊右派的反革命陰謀。因此，為了打開當前極度危險的僵局，我們不得不對蔣作最大限度的讓步，承認他從3月20日以來所取得的權力，不要反對他的整理黨務案，並支持他盡快北伐”。他甚至相信，“將來隨著北伐的進展，形勢會對我們有利。”
事後，鮑羅廷在給加拉罕的信中說，今天發生的事情隻不過是右派軟弱無力的具體表現。國民黨二中全會通過的關於共產黨人的決議“使右派蒙受了比共產黨人更大的損失”。他認為，這些決議“從右派手裏奪走了反對我們的武器”，“右派被置於極其不利的地位”。現在，右派受到打擊，“也無法諉過於共產黨人”。在談到蔣介石提出整理黨務案的原因時，鮑羅廷解釋說，中派和右派都要求蔣介石繼續打擊共產黨甚至左派。鑒於蔣介石的困難境地，他必須對孫文主義學會或共產黨采取措施。他在5月15日國民黨中央全會上提出的“調整同共產黨人關係”的決議案，實際上是縮小共產黨人在國民黨內權力的決議案。結果適得其反，“左派更生氣了”，而孫文主義學會發現蔣介石從3月20日到5月15日，也就是從公開反黨走到反共，則繼續要求蔣介石對共產黨采取越來越強硬的措施。“可以說，他成了他們的俘虜”。所以，蔣介石不得不向中派和右派作出讓步。