如果繼續允許政府機關直接開辦非營利組織，或者大量非營利組織仍然把政府機關作為承攬非營利服務業務、資金來源的後盾，甚至借助行政權力的影響力強行非營利，勢必會帶來更多的問題。因此，通過對各類“官方”非營利組織的清理、整頓，限期與政府主管部門脫鉤，不僅有助於政府職能的轉變，規範政府在管理社會經濟生活中的行為，而且也有利於非營利組織自身的健康發展。與此同時，還要把打破部門和所有製界限，建立非營利組織縱橫交錯的組織網絡，作為今後培育和發展非營利組織的一個重點。從長遠觀點看，隻有這樣的非營利組織服務網絡形成以後，才可以從根本上改變目前部門分割、所有製形式分割的局麵，“政中不分”的問題也才能從根本上得以解決。
在實行政府與社會組織分離的過程中，關鍵要解決好四個問題：一是財政上的分離；二是行政隸屬關係上的分離；三是職責分離；四是非營利組織的社會化問題。解決非營利組織在財政上對政府部門的依賴，關鍵是要切斷政府機關和所屬非營利組織之間的財源關係，改變非營利組織也實際上“吃皇糧”的局麵，使其與政府機關脫鉤。如果作不到這一點，實現政中分開幾乎是不可能的。因為大量的事實證明，非營利組織與所依附的政府部門在財政方麵的這種看似不合理的關係，其實有其更深刻的內容：這就是這樣一種“互動”關係其實對政府部門來說有可能帶來某種潛在性好處，即非營利組織的一般開支由財政負擔，而非營利組織上繳的某些收入，則可以成為某些政府部門增加收入的重要渠道。這就足以證明從財政上實現政府與社會組織分離的重要所在。
解決非營利組織與所依附的政府部門的行政隸屬關係，實現非營利組織的社會化，關鍵是要解決政府用辦行政機關的方式辦非營利組織的問題，改變非營利組織與所依附的政府機關事實上的行政一體化的問題。一般來說，政府及其部門對非營利組織實施管理是非常必要的，但這種必要性並不意味著政府及其部門就要與非營利組織之間形成某種直接的隸屬關係。
因此，實現政府與社會組織分離，還必須割斷政府及其部門與非營利組織之間的行政隸屬關係。
解決政府機關與非營利組織的職責分離的問題，關鍵是要劃清政府機關與非營利組織在公共管理中的職能分工問題。
對絕大多數非營利組織來說，並不承擔政策製定的職責，而是承擔具體的公共服務職責。也就是說，非營利組織在國家製定的法律、法規、政策的範圍之內，為各類社會主體提供服務。但非營利組織提供的服務，不可能代替政府的公共服務職能，因此，合理劃分政府與非營利組織在公共管理和公共服務中的職責，並使其分離，就成為實現政中分開的一個關鍵問題。在解決政府與非營利組織的職責分離的問題時，還要防止一種傾向，即把一些本來必須由政府機關承擔的不應該收取費用的某些公共管理或公共服務項目，變為收費項目轉交給非營利組織，從而加重民眾的負擔。
從發展的角度看，解決政府與非營利組織的分開，最終要使非營利組織走向社會化的軌道，使其真正能夠成為獨立、自主的社會實體，這是促進我國非營利組織健康發展的唯一途徑。
三強有關非營利組織的立法，規範非營利組織的行為。
非營利組織發展中的一個主要問題之一，就是其運作中的行為不規範。而這個問題的直接原因，又是法製的欠缺。也就是說，在我們的現行法規體係中，有關非營利組織的設立、運作等的規製嚴重空缺，致使大量的非營利服務行為處於無序狀態。導致這一現象的原因是多方麵的，如非營利組織在市場經濟體製的建立過程中，由於發展勢頭過猛，相關法規的製定相對滯後；作為一種新生事物，人們對它的服務和運作機製還不太了解等，但有一個問題是至關重要的，這就是作為公共產品的提供者，政府在這方麵的管理不力，至少是一個不容忽視的重要原因。要改變這種狀況，就必須從政府加強對非營利組織的監督、管理人手。通過建立健全相應的法律規範，而不是靠政府的行政命令推動非營利組織的發展，實施對非營利組織的監督管理，是社會各方麵的普遍共識，也是西方發達國家發展非營利組織、強化對非營利組織管理的主要經驗。