蔡元培(1868-1940)，字鶴卿，後改字仲申，別名鶴。又號孑民。1868年1月11日出生於浙江省紹興府山陰縣(今紹興縣)城內筆飛弄一個商人世家。父光普當過錢莊經理。蔡元培十一歲時其父故去，因生前慷慨而身後蕭條。其母矢誌自立，典賣衣飾，克勤克儉撫養三子成人。父母的言行，對蔡元培性格的形成有很大的影響。
1901年蔡元培曾自題攝影片：“山陰蔡氏，元培真名，字曰仲申，別號鶴。同治六年，冬十二月，丙申人定，爰生於越。少就舉業，長習詞章，經義史法，亦效末光。丁戊之間，乃治哲學。侯官瀏陽，為吾先覺。憤世濁醉，如揉如塗。誌以教育，挽彼淪胥。眾難群疑，獨立不懼。越求同心，助我丁許。”概括了他早年的學習過程和思想抱負。
蔡元培六歲入家塾，1879年十三歲時受業於同縣秀才王懋修，學作八股文，同時閱讀其叔父銘恩的藏書。在閱讀《史記》、《漢書》、《文史通義》、《說文通訓定聲》諸書時，都得到叔叔的悉心指導，由此走上了治學的道路。1883年十七歲時中秀才。1884年到1885年在當地設館教書，是為蔡元培從事教育工作之始。
1886年蔡元培應同鄉徐樹蘭之邀，至徐氏“古越藏書樓”為其校訂所刻圖書，共四年。徐氏書藏甚富，校書之餘得博覽群書，學問大進。這時蔡元培已經擺脫了八股製藝，先“遷於詞章，深服膺章實齋氏言公之義”，偏於散文，對駢文及詩詞不太熱心；後讀王伯申、段懋堂等人著作，治故訓之學，偏於詁訓及哲理，對典章名物不大耐煩；三、四年後又讀莊萬耕、劉申受之書，致力於公羊《春秋》和太史公書。1889年蔡元培二十三歲時應浙江鄉試中舉人，次年赴京會試，中式為貢士。1892年再次晉京補行殿試，被錄為第二甲第三十四名進士，授翰林院庶吉士。1894年應散館考試，升補翰林院編修。“這時，年僅二十多歲的蔡元培，已是一個才思橫溢、聲聞當代，朝野爭相結納的士大夫了”。所以，蔡元培在中國古代學術方麵根柢深厚，尤重儒家的思孟學派，認為“非高明之質，鮮能持其說”。又重陽明之學，認為王陽明“矯朱學(朱熹--編者)末流之弊，促思想之自由，而勵實踐之勇氣”。推崇戴東原遂人之欲，達人之情的思想，又深受俞理初《癸己存稿》、《癸己類稿》中一些男女平等思想的影響，這些對以後蔡元培的學術思想和教育思想的形成都起著重要的作用。
1894年中日甲午戰爭的失敗，舉國震動，也給蔡元培以極大刺激，使他開始涉獵“新學”，尋求治國救民之道。特別是1899年讀嚴複譯赫胥黎《天演論》，使他“始知煉心之要，進化之義，乃證之於舊譯物理學、心靈學諸書，而反之於春秋、孟子及黃梨洲氏、龔定庵諸家之言，而怡然理順，渙然冰釋，豁然拔雲霧而睹青天。”蔡元培學習西學有自己的特點，即他很重視研究西方的社會道德學說，在大家都醉心於《天演論》中的進化思想時，他注意到嚴複在書中介紹的斯賓塞的社會學觀點，和亞當斯密經濟學中的一些觀點，如“各得自由，而以他人之自由為界”，“大利所存，必其兩益”等思想。同時力圖溶合中西學術，以西方現代觀點和方法來分析中國的經史之學。
這時，蔡元培同情變法維新，對譚嗣同尤為敬佩。1898年戊戌變法失敗，蔡元培認為失敗之因是由於“不先培養革新之人才，而欲以少數人弋取政權，排斥頑舊，不能不情見勢絀”。認為：“國大器也，人質點也。集腐脆之質點以為器，則立壞；集腐脆之人以為國，則必傾。居今日而欲自強，其必自人心風俗始矣”。因此，他棄官歸裏，投身教育事業。1898年冬任紹興中西學堂監督(校長)，又被聘為嵊縣剡山書院院長。這種以教育為手段，開通民智、培養人材，以改進社會、振興國家的思想，後來一直是蔡元培教育觀的重要組成部分。
紹興中西學堂是一所當時的新式學校，但教員中有新、舊兩派，新派教員篤信進化論，對尊君、卑民，重男、輕女等舊習，隨時加以糾正，引起舊派嫉恨，慫恿學堂堂董加以幹涉。蔡元培支持新派教員，拒絕堂董要他“恭書”上諭“正人心”掛在禮堂的要求，憤而辭職，並表明自己的態度：“元培固不畏禍”，亦不怕死，願為支持將傾之大廈之“一木”，“無物足以奈之”。開始表示他與清政府決絕的意願。
1901年義和團愛國運動失敗之後，在有誌之士救國革命思潮萌發之時，蔡元培轉向了革命民主主義。