《〈國立〉台灣大學藏岸裏大社文書》，全五冊，岸裏大社文書出版編輯委員會編輯，台灣大學1998年版。
《草屯地區古文書專輯》，台灣省文獻委員會采集組編，南投縣台灣省文獻委員會1999年版。
《噶瑪蘭、西拉雅古文書》，曾振名、童元昭主編，台北市台灣大學人類學係1999年版。
《凱達格蘭古文書》，謝繼昌主編，台北市台灣大學人類學係1999年版。
《道卡斯新港社古文書》，胡家瑜主編，台北市台灣大學人類學係1999年版。
《雲林古文書彙編?第壹輯》、《嘉義古文書彙編?第壹輯》，潘是輝編，雲林梅湖文化工作室1999年版。
《大肚社古文書》，劉澤民編著，南投市台灣省文獻委員會2000年版，影印本。
《梧棲古文書史料專輯》，董倫嶽撰文，台中縣梧棲鎮公所2000年版。
《台灣省文獻委員會北部地區古文書專輯》，全二集，台灣省文獻委員會采集組編校，南投縣台灣省文獻委員會2000年版。
《後勁記事：後勁陳三正家藏古文書編》，鄭水萍編，高雄市文化中心2000年版。
《外埔鄉藏古文書專輯》，洪麗完主編，台中縣外埔鄉公所2001年版。
《台灣總督府檔案平埔族關係文獻選輯》，劉澤民、陳文添、顏義芳編譯，南投市台灣省文獻委員會2001年版。
《笨港古文書選輯》，曾品滄執行編輯，台北縣新店市國史館2001年版。
《平埔百社古文書》，劉澤民編著，南投市國史館台灣文獻館2002年版。
《水沙連埔社古文書選輯》，簡史朗、曾品滄主編，台北縣新店市國史館2002年版，影印本。
《道卡斯後壟社群古文書輯》、《道卡斯蓬山社群古文書輯》，潘英海、陳水木編，苗栗縣文化局2002年版。
《靖海侯施琅督墾文獻輯》，林金悔編，台南縣將軍鄉公所2002年版。
《台灣社會生活文書專輯》，洪麗完編著，台北中央研究院台灣史研究所籌備處2002年版。
《關西坪林範家古文書集》，劉澤民編著，南投市國史館台灣文獻館2003年版。
《金門古文書》，全2輯，葉鈞培等編著，金門縣立文化中心2003年、2004年版。
《大甲東西社古文書》（上、下冊），劉澤民編著，南投市國史館台灣文獻館2003年版，影印本。
《左營曆史照片及古文書》，曾光正編，高雄市政府文獻會2003年版。
《楊雲萍藏台灣古文書》，張炎憲、曾品滄編，台北國史館2003年版。
《中央研究院民族學研究所藏道卡斯古契文書圖文冊》，潘英海編，台北中央研究院民族研究所2004年版。
《台灣總督府檔案平埔族關係文獻選輯續編》(上、下)，劉澤民編著，南投市國史館台灣文獻館2004年版。
《大岡山地區古契約文書彙編》，陳秋坤編著，高雄縣政府文獻會2004年版。
《古鳳山縣文書專輯》，唐榮源編，高雄市政府文獻會2004年版。
《大基隆古文書選輯》，許文堂編，基隆文化中心2004年版。
《流金歲月話蓬山：通苑古文書老照片專輯》，王春鳳編著，苗栗縣蓬山文教協會2004年版。
《北路淡水：十三行博物館館藏古文書》，林明美總編，台北縣立十三行博物館2005年版，影印本。
《水沙連眉社古文書研究專輯》，簡史朗編，南投縣政府2005年版。
《浦邊周宅古文書》，陳榮文編著，金門縣政府2005年版。
《嘉義市古文書選輯》，彥尚文計劃主持、李建興編，嘉義市政府2005年版。
《新竹鄭利源號典藏古文書》，鄭華生口述、鄭烱輝整理，南投國史館台灣文獻館2005年版。
《台灣總督府檔案抄錄契約文書》第一、二輯，全二十六冊，台灣史料集成編輯委員會編，台北行政院文化建設委員會、遠流出版事業股份有限公司2005—2006年版，輯錄本。
《鹿港郊商許誌湖家與大陸的貿易文書(1895-1897)》，林玉茹，劉序楓編，台北中央研究院台灣史研究所2006年版。
《力力社古文書契抄選輯：屏東崁頂力社村陳家古文書》，陳緯一、劉澤民編，南投台灣文獻館、屏東縣政府2006年版。
《大台北古契字集》，全四集，高賢治編著，台北市文獻委員會2002年、2007年版，影印本。