二是有關封建禮教的爭鬥。文高等學堂的臨洮籍學生牛載坤，在上學期間因母親生病請假回家，不幸母親病故，待其安葬之後，唯恐耽誤學業，匆匆返校。總辦楊增新以“以母為喪，人之大禮”為由，認為牛載坤未遵三年之製，有玷名教，遂將牛開除學籍。按清朝慣例，凡各級官員如遇父母喪事，必須告假守喪三年，甚至參加科舉考試的士子也不例外。楊增新離職後，牛載坤仍然返校上學。還有，當時文高等學堂在大講堂上層的圖書樓設有孔子牌位和“皇帝萬歲”牌位，每逢開學、畢業典禮及重大節日時，都要舉行禮拜儀式，各級官員均須到堂禮拜。有一次，由於人們對於清朝腐敗皇帝的怨恨，在禮拜程序上進行了一場爭論。有些人認為學堂應以師道為尊，宜先拜孔子；另一部分人認為皇帝是一國之主，應先拜皇帝。雙方爭論不休，最終由總督允升出麵壓服。他說：“孔子雖師，亦人臣也，先拜皇帝為是。”於是眾議平息。1908年，又發生了一次“吊祭皇靈”的爭鬥。是年十月，光緒帝和慈禧太後同時去世後，優級師範的提調張贏學組織學生去萬壽宮吊祭皇靈，有些學生表示反對，拒絕前往。學生張旭還暗中集會，曆數清廷統治中國的罪狀，並指斥張提調的蠻橫。但最終張提調還是利用權力威脅逼趕，學生被迫前往。這在形式上看來，也屬於禮教之爭，但實質上已經遠遠超出了封建禮教和議論時政的範圍，反映了文化教育界對清朝統治者的憤恨。當時，該校學生辛國麟還給慈禧太後作了一副諷刺性的“挽聯”：“二百年氣運將衰擅權三世，七十歲淫心未改遺臭萬年”，反映了青年誌士與守舊勢力之間截然相反的兩種思想和情感。
此外，在新舊思想的衝撞過程中，還產生了一種新的學習風氣和思想傾向。例如當時的一些泥古不化的文人學士，依靠地方官吏的政治權力，並仿照有的省份的辦學辦法，也在蘭州開辦了一所“存古學堂”，企圖以保存義理、考據、辭章等國學為宗旨，專門講習經學史學，引導學生去考究“國粹”，與剛剛興起的新學相抗衡。但據記載，存古學堂的一般生員對其所修課業並無興趣，而對康有為、梁啟超等維新誌士的著作書刊卻好之如饑渴。當時蘭州的道升巷有個“薌石書社”，專門出售此類新書，存古學堂的學生時常在此查閱購買，盤桓不已。有些學生還秘密閱讀和介紹鄒容、章炳麟的《革命軍》、《倡言報》和同盟會的《民報》等讀物。類似事例，在其他學堂內部在更多地出現。這種關心國事、潛心時政新論的風氣，不僅與以往的書院習氣截然不同，而且向往革新、向往革命的思想傾向日益明顯。當時新式學堂的學生，雖然還是新舊兩種思想兼備的知識分子，但這種新的趨向，必將成為青年學生的主導思想，成為學堂教育發展的主流。
教育更新是一定社會和一定曆史階段在其政治經濟和文化領域裏發生重大變革的必然反映，清末以來新式學堂的創辦，是清政府在全國推行“新政”的產物，不管統治者在當時的目的動機如何狹隘短淺，但在客觀上卻是一次具有曆史意義的重大變革，在全國範圍內廢棄了延續一千多年的科舉與書院製度，興辦了一係列近代新式學堂，實施了全國統一的規章製度，它在蘭州教育史上也是具有劃時代意義的。
新式學堂的創辦為近代教育事業的發展起了一定的奠基作用。清末以來創辦的各種新學堂，雖然存在著由封建教育脫胎而來的許多缺陷和弊端，但近代化的學校模式已經基本形成。雖然學校教育的內容隨著時代的發展變化在不斷改革更新，但其基本框架和主要體製一直延續到現代。另外，新式學堂在創始時期的一些基本建設和僅有的師資力量，也為近代教育的發展提供了一定的條件。如民國二年（1913年）成立的省立第一中學校就是在原文高等學堂的基礎上設立的；民國初年（1912年）的甘肅法政專門學校是由法政學堂改設的；蘭州師範學校是利用原武備學堂的校址，由優級師範學堂改設的；而且清末設立的教育會和勸學所也多半改成了民國初年的教育局等管理機構。這都反映了清末興辦新學堂的奠基作用。
清末新式學堂的興起，為新知識、新概念的傳播提供了合法陣地。由於各種新學堂的設立和新學製的普遍推行，使兩千多年來的封建思想網絡開了一個大缺口，“西學”的輸入成為不可阻擋的必然趨勢。再加“中學為體，西學為用”的思想主張的影響，更使西方的自然科學和新的思想觀念登堂入室。而且英、日、法、俄等外語課，都成了新學堂的重要課程，一些有學問的外國人亦被聘請為新學堂的專科教習，成為蘭州教育史上第一批外籍教師。代數、幾何、物理、化學、博物、商學、法學、理財、外國地理、外國史以及采礦、冶金、農藝、電信、教育、心理等近代學科，成了新式學堂的必修課程。由於各種新課程的開設和新知識的講習，使西方新學傳播到了蘭州，開拓了青年人的視野，意識到蘭州地區封閉愚昧的落後局麵，並萌發了反對封建專製、主張革新、要求革命的思想觀念。從而也影響了社會各界時代意識的增強。此外，在蘭州專門出售新書刊的小書店不斷湧現，頗引人注目的《隴右報》，亦繼《群報輯要》雜誌之後，於光緒三十二年（1906年）在省城刊行問世，使談論時務的氣氛為之一變。這都從不同方位，反映了新式學堂的興起在更新思想觀念、轉換文化模式方麵的積極作用。
清末新式學堂的創辦也培育了一批實用人才，開始轉變了人才的基本流向。新學堂的學生，多半出身於具有科舉功名身份的封建世家，實際上是先受封建傳統教育，後受近代學校教育，畢業後即成為身受兩種教育和新學舊學兼備的知識分子，他們在當時起了促使時代進化的橋梁作用。一方麵影響一些科舉出身的文人學士，同他們一起去改變舊觀念，學習新文化，逐漸轉變成近代知識分子；另一方麵帶動更多的青年人向往社會革新，擁護民主共和，逐漸步入振興家鄉、為國爭光的曆史進程。例如相繼畢業於文高等學堂和法政學堂的鄧宗、水梓、聶守仁等人，都成為民國初年力主共和的主要發起者；有些在當時的京師大學堂和京師法政學堂深造後，重返故裏，如文高等學堂的同期畢業生趙元貞、鄧宗、田育璧、水梓等從事教育，成為一代名師，有的成為教育行政的領導人物。其他各種新學堂的畢業生，一般都進入層次不等的新學堂任教或就職於電報局、織呢局、勸業廠等實業單位。如蘭州礦務、農林學堂的畢業生進入從事工農業生產的有關單位任職，織呢藝徒學堂的畢業生全部在蘭州織呢局就業。普通中學堂的畢業生，除繼續深造者外，一般都成為當地的小學教員或從事其他工作。以上事實，表明清末的各種新式學堂，不僅為蘭州培育了一批新人才，而且反映了當時新人才向實業單位流動的運行軌跡，反映了蘭州教育史上的重大變革。
當然，清末民初蘭州的教育革新及其新式學堂的創辦，也不可避免地體現出一些曆史局限性。當時的中國社會處於半殖民地、半封建地位，而封建主義在一些落後地區仍居於絕對優勢。而且清末的教育變革，是在不改變封建政治製度的前提下由封建地主階級主持與控製的。這種曆史條件，就必然限製了新式學堂和學堂教育的發生發展，使它難以得到充分發展。另外，所謂新式學堂，其基本模式就是近代資本主義性質的學堂。它是世界資本主義經濟發生發展的產物，是在一百多年的曆史時期內逐步形成的。要把資本主義性質的教育模式移植到中國封建主義的故土，這就必然缺乏相應的物質基礎和思想基礎。尤其是在西北這樣的落後地區，要想捷足前進，更增加了困難的程度。這些曆史條件的局限，就導致了蘭州新式學堂在創辦時期的種種不足。
新式學堂帶有明顯的封建性。清末的新式學堂創辦一開始，清政府就製定了全國統一的辦學宗旨，強調必須以“忠孝”、“尊聖”為先，因之蘭州的各類新學堂隻得遵旨照辦，而且在執行中更加嚴厲。凡遇違反清政府教育宗旨的一切言行，輕則掌責，重則開除學籍。同時在課程設置上，一般的新學堂皆以讀經、講經和修身為必修課。在教習力量的配備上也特別重視經學課，因而學生的學習風氣也是比較重視經學課。修身課的主要內容是灌輸封建倫理道德和忠君思想，所有這些，都表明清末蘭州的新學堂並沒有也不可能突破封建製度和封建思想的束縛，仍帶有明顯的封建性。
師生兩缺是新式學堂的重要缺陷。各種創始時期的學生來源，隻能從各府廳州縣的具有科舉功名和身份的城鄉士子或曾肄業與儒學的其他生徒中收取。但這些士子生徒，不僅為數有限，而且有些人還留戀於科舉考場，不想步入新學堂。各級各類學堂幾乎都是在兩三年同時開辦起步的，也來不及用按等級逐年遞升的辦法擴充生源。至於師資缺乏的現象，則更加嚴重。諸多有識之士雖力主優先發展師範教育為急務，但亦緩不濟急，供不應求，致使許多學堂教師嚴重短缺。
新式學堂的基礎薄弱，後勁不足。當時蘭州的學堂多數是因陋就簡而建立的，除個別的專門學堂及兩所實業學堂由本省藩庫和統捐局直接撥款或借支修建外，多數無力增加設施。各種學堂的創辦者和主持者大都隻會奉命照辦，既無全局性的統籌謀略，又無舉辦新式學堂的實際閱曆，再加上師生兩缺的各種因素，就使得新學堂元氣不足，缺乏後勁。故自宣統三年前後，創辦學堂的熱潮很快回落，導致不少學堂有形無實。大多數專門學堂和實業學堂包括聞名一時的文高等學堂和優級師範學堂在內，均於1910年前後，或忽分忽合，或陷入停辦狀態。這些都是在各種曆史條件製約下形成的必然結果。