書院是官方學府之外的教學之所，最初為藏書之所，後來逐漸發展為由一人主持、聚集生徒以講授傳習的教學場所，具有了學校的功能。中國最早的書院，是唐玄宗天寶年間（742—757年）創設的麗正書院。到了宋代，隨著理學盛於官府以及私人講學之風的興起，書院開始興盛，形成別具一格的講學場所。宋代著名的白鹿、石鼓、雎陽、嶽鹿書院號稱全國四大書院。書院的院址一般選擇在山林名勝之地，往往有名人才子講學，教學內容以研究儒家經典為主，間或議論時政。教學方式比較靈活，一般采用個別鑽研、相互問答、集眾講解相結合的方法。書院在組織管理形式、教育製度、方法等方麵與官辦的太學、郡縣學有所不同，具有許多顯著特點，作為封建社會特有的一種教育組織，書院從唐代至清末，存在了千餘年之久，對我國古代社會教育的發展產生過重要影響。
蘭州地區的書院最早出現於明代中葉，據記載，明中葉景泰年間，理學家段堅在蘭州創建容思書院，聚徒闡揚理學，這是見於史籍的蘭州最早的書院。至清代書院趨於興盛。這些書院多為官府建立，其中著名的有蘭山書院、求古書院、五泉書院、皋蘭書院等，以下分別對這幾個書院的基本情況作一介紹。
蘭山書院。清初，朝廷鑒於明末書院結社、議論時政的風氣，認為不利於封建統治，曾一度禁止開設書院。雍正後期，認識到書院畢竟能發揮培育人才、補官學教育之不足的作用，於是下詔解禁，改變了原來對書院的抑製政策，從此興辦書院之風迅速活躍起來。清雍正二年（1724年），甘肅巡撫盧詢在蘭州新關路（今秦安路北）倡建正業書院，到雍正十三年（1735年），甘肅巡撫許容奉旨建為蘭山書院，後經不斷擴建修繕，成為甘肅規模最大、設備齊全、結構完整的一所書院。據清乾隆年間所修《皋蘭縣誌》載：蘭山書院坐北向南，大門3間，內為“儀門”，後為“文仁堂”5間，“敬遜堂”5間，每堂兩邊有廂房，左右各3間，東西“齋房”共30間，具有一定的規模。蘭山書院以藏書豐富而在全國有一定的知名度。據《續碑記》載：書院藏書多為曆任布政使、總督、巡撫、學政、院長負責購置。乾隆年間藏有經史子集、方誌200餘種，書版3餘種。鹹豐年間曾遭火災，藏書盡焚，後來又陸續購置，所藏書版中有《四書》、《十三經》、《孝經注解》等。
蘭山書院重視教育管理，在組織、學規、經費、教學、生源、考課等方麵都形成自身特點。書院最初成立時，組織較為簡單，缺乏教學管理人員，主持者稱山長、掌院、主講等，各個時期不盡相同。為了統一名稱，方便奏事，乾隆年間通諭各省書院主講者統稱院長。然而，民間仍稱山長、院長的聘任有嚴格要求，蘭山書院這樣的省城書院一般由督撫會同學政延聘院長，規定以經明行修的明儒為基本選擇對象，而無論其為本省、外省或已仕未仕，但州府儒學學官不得兼任院長。除院長外，還設有監院管理書院財務、圖書、生徒膏火獎賞，協助院長處理事務以及督導諸生課讀。書院的經費來源有官府撥款、民間籌集等不同渠道。就蘭山書院而言，乾隆年間官府每年撥給經費銀3500多兩，光緒年間每年撥膏火銀2400兩，堂課、小課獎勵銀220兩，院長修銀400兩。
在日常管理方麵，各書院都訂有嚴格的學規，內容涉及培養目標、修身治學、處世接物等方麵。蘭山書院對學生的管理相當嚴格，規定諸生中若有“不率教者”，則“摒斥勿留”。在乾隆三十五年（1771年）、道光三十年（1851年），蘭山書院先後張榜公布了管理學生的“條規”、“訓令”，要求學生遵守，若有曠課及其他違規現象，則要嚴罰。道光時期製定的《蘭山書院條規》規定了賞罰宜嚴別優劣，住院諸生宜嚴查冒濫等嚴格管理的要求。
在教學方麵，書院的教學以經學為主，同時兼及史學、對偶聲律、書法等方麵。經學主要教授《四書》、《五經》及宋明理學家的著作，史學重讀《廿一史》、《通鑒》，對偶聲律著重研讀詩律辭賦，專為應科舉考試之用。每月課文考試一至二次，一年甄別一次，檢測學生的學習情況。
書院對於考課的規定也很嚴格，規定官課一次不到者罰扣半月膏火，堂課一次不到者扣五錢膏火。鄉試應試時犯規者，扣半月膏火。詩中平仄錯訛者，每一字罰銀三錢。若有雷同抄襲槍替者，則要逐出書院，永不準其應試。若學生品行不端，荒廢學業，亦要逐出書院。
蘭山書院的考課及考核組織嚴密，獎懲分明。考課分官課、堂課兩種，每月進行三次考課，官課一次，堂課兩次。官課由省城官員出題、考試、閱卷、發獎銀，堂課由院長出題、閱卷，書院發獎銀。學生的考試成績分為甲、乙、丙三個等級，當時稱作“正課”、“副課”、“外課”，以等次分別給予不同數額的膏火銀。經考試甄別分等以後，正課連續列劣等三次者，降為副課，副課連列劣等三次者，降為外課；外課連列三次優等者，升為副課，副課連列三次優等者，升為正課，以此來獎優罰劣，這對促使學生勤於學業具有積極促進作用。
蘭山書院自創建至清末期間，聘請了不少名人學者主持管理，其中影響較大的有乾隆年間在職的盛元珍、牛運震、張位、吳鎮、秦維嶽，以及嘉慶時的張澍、鹹豐時的吳可讀等。該書院曾為甘肅培養出一批舉人、進士。其中有一些先後擔任山長的飽學之士，均有著述問世，如牛運震的《空山堂集》，吳鎮的《鬆花奄集》，張澍的《二酉堂叢書》、《養素堂詩文集》、《五涼舊聞》、《涼州府誌備考》等，張國常的《重修皋蘭縣誌》等。這些著述均有較深的學術價值和豐富翔實的地方史料價值。
除蘭山書院外，求古書院、五泉書院、皋蘭書院也是蘭州地區的知名書院。
求古書院原為清光緒前全省武科校內場及學院科考、歲考的處所，即蘭州貢院。光緒九年（1883年），陝甘總督譚鍾麟始改名為“求古書院”。當時，書院除講授經、史、詞、章外，為適應時代之需，加授算術課程。至清宣統年間，改名存古學堂，1912年，又改辦“實業待行社”，其後，豐黎義倉、樂善書局、和通印刷館、大經織布莊等社會團體均在此開設。