我們可以從教案、義和團運動、非基督教運動作一些分析。
晚清教案的頻頻發生與義和團運動的興起是中國近代史中與基督教傳入中國密切相關的事件。教案是不平等條約的產物還是中國人盲目排外的結果？義和團究竟是農民運動還是“拳匪”？我們從本土意識來看，還是從西方侵略者立場來看，有截然不同的結論。
由於不平等條約保護外國傳教士進入我國，逐漸深入內地活動，特別是中美天津條約的“寬容條款”（即信教的中國人也可以像外國傳教士一樣受到特殊庇護），傳教活動中如強行占地建堂等行為往往直接侵犯地方民眾的經濟利益，加上有的傳教士以及有些依仗外國勢力的入教者的惡劣行為引起群眾的強烈反對，而教會又往往依靠侵略勢力直接進行幹預，這些都成為產生教案的根本原因。有人把教案產生的主要原因歸咎於中西文化衝突，排外情緒，以及謠言的煽動等。從各個教案的過程來說，在現象上確有上述因素，問題是如果基督教不是隨著殖民侵略而來，純粹的文化差異怎能引起如此廣泛響應的、激烈的排外行動？《晚清基督教案發生的原因分析》一文值得一讀羅偉虹：《晚清基督教案發生的原因分析》，見《傳教運動與中國教會》，宗教文化出版社2003年版，第74—85頁。。
義和團運動是教案發展的高潮。從今天看來，“設壇練拳”、“刀槍不入”等言行確實愚昧落後，清朝慈禧太後禍國殃民的執政實在令人痛恨，可是我們不能忘記，始作俑者是列強欺侮中國，造成民不聊生。毛澤東曾經一針見血地指出這場鬥爭的實質：“究竟是中國人民組織義和團到歐美、日本各帝國主義國家去造反，去殺人放火呢？還是帝國主義跑到中國來侵略、壓迫剝削中國人民，因而激起中國人民奮起反抗帝國主義及其在中國的走狗、貪官汙吏，……這是大是大非問題，不可不辯論清楚。”轉引自《人民日報》1967年4月1日，《近代中國史稿》下冊第570頁。
當八國聯軍大肆進攻北京時，不少外國傳教士親身參與戰鬥，有的（如寶複禮）當情報官，從天津到北京為八國聯軍引路。更有甚者，他們還蒙騙和裹脅大量中國信徒為他們修工事，送情報。戰鬥結束後，傳教士參與侵略軍的搶劫活動，有的甚至以《搶劫的倫理學》為題寫文章。他們還開會討論是否應該瓜分中國。這些事實都有他們的自述和照片為證。美國作家馬克·吐溫曾經憤怒斥責傳教士梅子明從貧困的農民身上榨取十三倍的罰款，讓他們的妻兒慢慢地餓死，還說是為了“傳福音”，實在是“褻瀆上帝的態度”轉引自顧長聲：《傳教士與近代中國》,第211—212頁。
由於外國傳教士毫不猶豫地參加了“八國聯軍”的戰鬥，而且還裹脅了一批中國信徒直接對抗“義和團”，我們不可能要求當時的“義和團”在激烈對抗中有水平去區別外國侵略軍和外國傳教士和隨從的中國信徒的不同作用。據說共有188位基督教傳教士，5000名中國信徒慘遭災害。西方稱他們是為傳教、信教而“殉道”，實際上他們是成了帝國主義利用基督教侵略中國的犧牲者。這是一場令人痛心的曆史悲劇。
從愛國愛教的基督徒視角來看中國近代史在侵略與被侵略這一對矛盾演化成激烈的衝突麵前，中國的基督徒由於具有“中國公民”和“基督教信徒”的雙重身份，如何應對便產生“兩難”。從中國公民的立場來說，基督徒應該愛國，維護自己的國家利益。所謂“多一個基督徒，少一個中國人”的論斷，是特指在被外國傳教勢力控製的教會中，不少信徒受到一定思想影響後產生的現象而言。像義和團運動中一些基督徒被裹脅去與本國同胞戰鬥，便是一個突出的例子。但是事實上，即使在那個曆史階段，也並非所有的基督徒都喪失了愛國心，這可從後來的許多事實中得到證明。從愛教的感情來說，基督徒都愛自己的信仰和教會，希望教會興旺，基督教能在中國順利傳開。在近代史中，我們看到不少愛國愛教的中國基督徒勇於麵對現實，采取積極的步驟，為基督教在中國爭取更好的前途而努力。
義和團運動之後，由於民間反基督教的力量受到全麵鎮壓，外國差會增大了傳教的投入，基督教在中國呈現出快速發展的跡象，然而這並不意味著外國傳教差會沿用原來的方針策略可使中國基督教順利發展。有愛國心的中國基督徒已經看到，把基督教與外國侵略勢力捆綁在一起的行為，遲早會使基督教與廣大中國人民更加對立，這對基督教的發展是極其不利的。
1906年發起的中國耶穌教自立會便是愛國愛教的中國基督徒對義和團事件的回應。該會的簡章中說明其設立是由於“憂教案之烈，悲外患之日亟”，他們要推進“愛教愛國之思想，自立自治之精神”，目的還是為“教案消弭”，“教義普傳”，“調和民教”，“保全教會名譽，顧及國家體麵”。雖然自立會的組織規模有限，但其影響不脛而走，以致傳教差會都不得不考慮中國的信徒的自立思潮，而將有些教會組織冠以“中華”的名稱。
當以啟蒙與救亡為中心的新文化運動發生時，中國基督教的有識之士就表現出歡迎的態度。如“基督教救國會”的組織就認為救國是基督教的願望。1922年在我國知識界發生了反基督教運動，它是“一場理性化的以世俗人文化反對宗教神文化的運動，同時又是一場以民族主義為內涵的反帝愛國運動”楊天宏：《基督教與近代中國》,四川人民出版社1994年版，序言第7頁。。它在發展過程中愈來愈突出其反對的核心是基督教成了帝國主義、資本主義的工具。基督教內有人（以張亦鏡為代表）較多地從感情出發，嚴詞批駁，但是更具有理性的應對，是借此機會對中國基督教進行自我審視。如簡又文、楊益惠、應元道、範子美、鄔誌堅五人於1922年4月10日發表的《對於非宗教運動宣言》，除了指出非基督教運動的錯誤之外，也強調“基督教本身是進化的”，要使“宗教改造，適應時勢”。這個階段的《生命月刊》、《青年進步》發表了大量文章，強調要用“科學研究的態度，歡迎他們（指非基運動）的言論，作討論和研究的資料”。劉廷芳稱“基督徒拾西人之遺唾，奉為不易的寶訓”，趙紫宸更明說“教會是宣教師的教會，不是中國人的教會”。他們都承認當時的中國教會在外國差會控製下弊端叢生，把非基督教運動說成是“借鏡自照”的機會段琦：《奮進的曆程》，商務印書館，第204—205頁。，在這樣的曆史氛圍下，1922年舉行的中國基督教大會提出了“教會本色化”的口號：中國的教會領袖強烈要求外國差會把管理權移交給中國人（事實上並未能做到），並且努力使基督教的神學結合中國的傳統文化。20世紀30年代教會在教堂建設、讚美詩歌的創作方麵都融入較多的中國文化元素，他們這樣做是出於愛國心和民族感情，同時也希望這樣的基督教易於被中國老百姓所接受。