當晃晃悠悠的江亞輪駛近位於東經31度15分、北緯121度47分的長江口時，江亞輪的右舷後部，驟然傳出一聲如炸雷般的巨響，船體隨之發生劇烈震動，頃刻間，原本燈火通明的江亞號客輪瞬間陷入黑暗的海洋。與爆炸處緊挨的電報房也在瞬時坍塌，其中一名報務員被炸得屍肉橫飛，收發報機損毀，與外界的聯絡被中斷。而船頭駕駛艙內，求援的汽笛在象征性地鳴響一聲後，就再也發不出半點聲響。
至此，一場巨大的災難拉開了序幕。
在發生爆炸的船體後部，船艙內漆黑如墨，冰涼的海水嘩嘩湧入，船尾迅速下沉。
首先遭到滅頂之災的是位於船艙底部的四五等客艙的旅客，這裏聚集了全船大部分的旅客。在爆炸發生的那一刻，因為船上逃票的人數眾多，為了查票，一道厚厚的鐵門將下麵的船艙緊緊地鎖死了，一條狹窄的扶梯成了連接船艙與甲板的唯一通道。爆炸發生十幾分鍾後，洶湧的海水已經淹沒了甲板。
或許這個時候，船上的人還不知道為什麼江亞輪怎麼這麼脆弱．僅僅一陣狂風就能讓船體爆炸，乃至於沉沒。其實這和江亞輪的嚴重超載有關。按規定，江亞輪正常的載客量是一千二百三十六人，同時還可載貨二幹噸。但在實際航行中，客貨每班都是超載的。按照當時交通部航政局的規定，江亞輪額定的最大載容量為二幹二百五十人。但是在十二月三日那天，江亞輪上所承載的人數卻遠遠超出了這個數字。
在海難事件發生之後，人們對當時的載員情況進行了核查，發現在當時的出口報告單上所填的乘客人數為二幹六百零七人，其中包括船長及船員一百七十九人，載貨一百七十五噸。但後來根據此次海難事故中的幸存者透露，這個數字並不是當時船上真正的載客人數。出口報告單上所填的數字也許僅僅是對那些有船票人員的記錄，除此之外，船上還載有通過各種渠道混上船去的無票乘客一千餘人，另外還包括水手、茶房的三親四戚。大致估算，那天船上的總人數高達四千以上，比正常客位數的三倍還多。就是這樣一個沉甸甸的數字，最終釀成了一場血淋淋的悲劇。
那麼江亞輪到底是因為暴風而沉沒還是因為超載而沉沒，抑或是因為觸礁而沉沒呢？現在似乎沒有能給予一個正確的、完全客觀的答案。不過人們後來在救援的過程中，發現客輪失事的地點——橫沙西南的裏銅沙是一處淺灘，因此也不排除是因為觸礁而導致船體爆炸的可能性。
據一些生還者介紹，當時船體大部分都已被海水吞沒，但是船上的煙囪、桅杆以及懸掛的救生艇仍露在水麵之上。可是此時船上所有的人都陷入了一片慌亂之中，又加上天黑，人們根本就看不到外麵的真實情景而隻顧逃生。於是，窄窄的扶梯上擠滿了人，卻沒有一個人想到要去解開救生艇的纜繩。要知道，這條窄窄的扶梯是人們逃生的唯一通道，但很遺憾的是當時它卻被驚慌而又擁擠的人群給堵住了。
按照一般人的想法，在這種情況之下，生還幾率是相當小的，甚至根本就沒有，即便幸運跳人海中，也會因為天氣太冷，被凍死。江亞輪之所有生還者，還得歸功於中國漁業公司漁輪華孚一號和華孚二號，事發之時，他們恰好從花鳥島漁場返航經過，此時的江亞輪已經幾乎沉沒，僅煙囪和桅杆露出水麵，海麵上還隱約漂浮著忽沉忽浮的人影。震驚之餘他們立即一麵拍發急救訊號，一麵搶撈漂浮著的旅客。
看見有救生船到來．落水者便紛紛靠攏，奮力攀住船舷，救生的本能使得大家都想抓住這最後的‘救命稻草”，一雙一雙大小不一的手瞬時布滿了救生船的兩邊。噸位本身就不大的漁輪頓時處於傾斜狀態，情況萬分緊急。