倉央嘉措被廢黜之後的命運可謂撲朔迷離、莫衷一是。官方報告稱在押解赴京途中病死。不過，最新的考證越來越傾向於他其實並未病死。由於倉央嘉措作為達賴喇嘛的轉世在藏區仍然深得人心，當時的西藏地方統治者和北京的清廷誰也不知道究竟應該怎麼處置這樣一位退位的達賴喇嘛——他們既不能冒加害於他的風險，也不能繼續給他活佛的禮遇。
最後，受到康熙皇帝訓斥的押解人員想出一個萬全之策，請求倉央嘉措自遁而去。自此，倉央嘉措看破紅塵雲遊四方，苦心修行。最後在阿拉善一帶落腳弘法，而他自己也在走下佛壇之後真正悟道，成為一位真正的高僧大德。
《清聖祖實錄》中記載：“（拉藏汗）陳奏假達賴喇嘛情由。授命護軍統領席柱、學士舒蘭為使，往封拉藏為翊法恭順汗，令拘達賴喇嘛赴京。拉藏以為執送假達賴喇嘛則眾喇嘛必至離散，不從。席柱等奏聞，上諭諸大臣曰：拉藏今雖不從，後必自執之來獻。至是，駐紮西寧喇嘛商南多爾濟果報拉藏起解假達賴喇嘛赴京，一如聖算，眾皆驚異。”可見，對於如何處置倉央嘉措，拉藏汗的想法前後矛盾，而這正是當時西藏複雜的社會情勢的反映。
根據《清聖祖實錄·卷二二七》記載：“康熙四十五年十二月庚戌，理藩院題‘駐紮西寧喇嘛商南多爾濟報稱，拉藏送來假達賴喇嘛，行至西寧口外病故。假達賴喇嘛行事悖亂，今既在途病故，應行文將其屍骸拋棄’，從之。”
魏源《聖武記》中《國朝綏服西藏記上》延續了這一說法：“（康熙）四十四年，第巴謀毒拉藏汗不遂，欲以兵逐之，拉藏汗集眾討誅第巴。詔封拉藏翊法恭順汗……至是奏廢第巴所立假達賴。詔執獻京師，行至青海，病死。”
不過，根據有關專家的研究，這種官方的選擇性記錄和經過過濾的結論其實大有可疑之處。比如，康熙三十九年至四十五年間，西藏和清廷之間文書往來不絕，大事不斷，但《清聖祖實錄》的相關年份裏均無記錄，甚至康熙四十二年、四十三年和四十四年連續三年沒有與西藏有關的任何記載。蓋因這種禦用史書傾向於記錄官方願意相信的事實，而不是曆史事實，所以，真話往往為好聽的話所取代，“僅僅依靠官修史書很難弄清曆史真相”。
在民間及多部曆史文獻中，關於倉央嘉措並未在押解途中圓寂的說法也多有出現，比如有的就記載後世達賴喇嘛曾去五台山與他秘會等。但近來越來越多的人相信“遁去說”，即如《倉央嘉措傳》所載，康熙皇帝醒悟到對倉央嘉措的處理將左右為難，於是派遣使臣訓斥押解人員道：“爾等將此教主大駕迎來，將於何處住錫如何供養？實乃無用之輩。”眾人惶恐，更無萬全之策，隻好懇求倉央嘉措自行遁去。此後，倉央嘉措周遊印度、尼泊爾、康、藏、甘、青、蒙古、五台山、京城等地，最後於乾隆十一年（1746年）陰曆四月初八逝於阿拉善旗朵買地區的一座蒙古營帳中，年壽64歲。
比較權威的《西藏民族政教史》顯然采信了這一說法。這本著作在相關章節中寫道：“次因藏王佛海（即桑結嘉措，桑結是藏語佛的意思，嘉措是藏語海的意思）與蒙古拉桑王（拉藏汗）不睦，佛海遇害。康熙命欽使到藏調解辦理，拉桑複以種種雜言謗毀，欽便無可如何，乃迎大師晉京請旨。行至青海地界時，皇上降旨責欽使辦理不善，欽使進退維艱之時，大師乃舍棄名位，決然遁去，周遊印度、尼泊爾、康、藏、甘、青、蒙古等處。宏法利生，事業無邊。爾時欽差隻好呈報圓寂，一場公案，乃告結束。”
關於倉央嘉措卒年的判斷決定了對倉央嘉措後半生的蹤跡的判斷，這也是目前有關倉央嘉措研究最大的謎團之一。盡管曆來有多種說法，但已經有越來越多的證據表明，這位廣受愛戴的活佛並非如官方記載的那樣短壽，而是在隨後幾十年的曆經風霜中延續和升華了他的傳奇。
官方對倉央嘉措一事的草草收場明顯包含政治鬥爭的需要。有關專家引述的《格桑嘉措達賴喇嘛傳》（清代蒙文木刻本）中，就指出當時蒙古勢力“青海派”偽造了倉央嘉措的圓寂，其目的是想立青海僧侶封建主察罕諾門罕家族的格桑嘉措為繼任達賴，以便同蒙古勢力“西藏派”的拉藏汗相對抗。而拉藏汗出於和桑結嘉措勢力及“青海派”勢力的矛盾，也急於另立益西嘉措為達賴。因此，宣布倉央嘉措道死青海，對當時蒙古各派勢力和清朝中央政府來說，都是上策。
關於倉央嘉措於青海逃遁之說，除據信為倉央嘉措弟子在他逃遁約50年之後所著的《倉央嘉措傳》中記載之外，有關專家還引述蒙文《哲卜尊·丹巴傳》中的說法稱，倉央嘉措行至青海，並沒有死，而是被送到阿拉善隱藏起來了。這些說法雖然在細節上有所出入，但倉央嘉措半途逃遁最後在阿拉善落腳的基本事實卻得到了印證。