第巴桑結嘉措利用五世達賴喇嘛的圓寂，秘而不宣，集西藏政教大權於一身，隨後又通過扶立倉央嘉措和拉攏麻痹新即位的蒙古汗王，企圖鞏固既得權勢。但是，一方麵倉央嘉措不太合作，另一方麵拉藏汗又野心勃勃且技高一籌，最終謀敗身亡。在這一過程中，在世俗爭鬥漩渦中因為厭倦而貌似沉迷放蕩的倉央嘉措，似乎與老謀深算的拉藏汗走得更近一些。
對於他的“放蕩”行為，第巴桑結嘉措自然是嚴加勸誡，而拉藏汗則一方麵縱容姑息，陪他放槍射箭，騙取信任，另一方麵又暗中告密，詆毀其六世達賴轉世靈童的身份，指責其為“假達賴”並將矛頭直指倉央嘉措背後的第巴。
殺死第巴以後，拉藏汗迫切需要得到清廷的認可和支持，所以他在第一時間即向清廷陳奏事變緣由，懇請在次年七月初一日拉薩蒙藏僧俗大會時，康熙皇帝能夠頒下良旨，對他表示支持和保護。在綜合考慮西藏局勢後，清廷站在了拉藏汗一邊。康熙四十五年十二月（1707年初），早就對第巴操縱西藏實權感到不滿的清廷封其為“翊法恭順汗”。
在取得權力鬥爭的勝利之後，拉藏汗所做的另外一件事情，就是立即拋棄了倉央嘉措。1706年，在清廷的默許下，拉藏汗宣布廢黜倉央嘉措六世達賴喇嘛的身份，並於次年拉攏新任第巴隆索，新立他一手培養的阿旺益西嘉措為“六世達賴喇嘛”。這樣，拉藏汗在已經控製了西藏地方政府政權的情況下，還試圖通過自己控製的新達賴，達到其集政教大權於一身的目的。
然而，拉藏汗暫時的勝利並未給他帶來絕對的權威，匆匆新立為“六世達賴喇嘛”的益西嘉措更是受到了西藏僧俗的抵製。益西嘉措雖住布達拉宮達11年之久，但西藏人從未認可他是真達賴。蒙古汗王與西藏上層貴族的矛盾，也並未就此終結。拉藏汗麵臨的，實際上是一個更加複雜凶險的局麵。
也正是因為對所麵臨的危險的察覺，拉藏汗在處理倉央嘉措善後問題上矛盾重重。他希望把倉央嘉措控製在自己手裏，所以一開始拒絕了康熙皇帝要求將倉央嘉措押解到京的命令。可是後來，他又不得不主動把倉央嘉措送往北京，希望把這塊燙手的山芋交到康熙皇帝手裏。然而此時，康熙皇帝也改變了主意，不願意沾惹這一棘手的難題。
在對退位後的倉央嘉措的處理上，雖然拉藏汗和康熙皇帝各懷心事，但由於倉央嘉措的六世達賴身份業已根深蒂固深入人心，誰也不敢輕易起殺害之心，以免激化矛盾招致災難。而這一心態，也為後來倉央嘉措所謂“病死青海湖”的官方結論埋下了伏筆——因為這樣一個結局，是官方最希望看到的。
由於拉藏汗自行所立的益西嘉措得不到格魯派寺院集團上層當權者的認可，西藏的局勢人心浮動，康熙皇帝認為這是削弱拉藏汗的地位、強化中央政府對西藏直接統治的一個機會。於是，在欽派侍郎赫壽進藏協同拉藏汗辦理藏務後，他又在康熙五十二年（1713年），正式冊封五世班禪羅桑益西為“班禪額爾德尼”（滿語尊稱，“珍寶”之意），同樣頒賜了金冊、金印和諭旨，以期在格魯派與蒙古汗王之間取得新的政治平衡。此後，曆世班禪額爾德尼的轉世繼位，都必須經過中央政府的冊封和批準。而班禪也從此取得了和達賴幾乎同等的宗教地位。