就在倉央嘉措出生的前一年，西藏曆史上功績最為顯赫的五世達賴喇嘛羅桑嘉措抱憾離世。五世達賴曾借助蒙古和碩特部勢力統一西藏核心地區，確立了藏傳佛教格魯派在雪域高原的主導地位。
1636年，駐牧在天山南麓的和碩特部蒙古首領固始汗起兵南下，先後消滅了盤踞在青海與格魯派為敵的卻圖汗部和康區的白利土司，並隨後進軍西藏，在以五世達賴喇嘛為首的格魯派的支持下，推翻了藏巴汗政權，建立起和碩特汗王與達賴喇嘛共同領導的管理西藏地方事務的“甘丹頗章政權”，格魯派最終取得了在西藏社會一枝獨大的局麵。
隨後，為了鞏固局勢，西藏的蒙、藏領袖們積極地向新崛起的清政權靠攏。1644年，清軍入關，定都北京，順治皇帝派員入藏迎請達賴入覲。順治九年（1652年）二月，五世達賴及隨從三千人從拉薩動身，清廷派了專員和護軍沿途照料。十二月，五世達賴至京師，順治皇帝在南苑設宴洗塵，此後不但令親王、郡王依次設宴款待，還特地修建了黃寺作為達賴留京時的駐錫之所。
達賴在京逗留兩個月，於順治十年（1653年）二月請辭回藏。順治帝準其所請，在太和殿賜宴餞行，又賜鞍馬、金銀、珠寶、緞匹等物，命和碩承澤親王等親率八旗兵丁護送達賴至代噶。次年五月，清帝敕封五世達賴為“西天大善自在佛所領天下釋教普通瓦赤喇怛喇達賴喇嘛”封號，並將頒給他的金冊、金印派專人送往代噶。自此，達賴喇嘛的封號和在西藏的宗教地位，得到了清朝的正式確認，以後曆世達賴都必須經過中央政府冊封，遂成了一項製度。
在冊封達賴喇嘛為宗教領袖的同時，清朝冊封西藏實際的政治掌權人固始汗為“遵行文義敏慧固始汗”，也頒賜了金冊、金印，讓他“作朕屏輔，輯乃封圻”。宗教和政治兩大領袖雙峰並存的格局，也為日後蒙藏集團的權力爭鬥埋下了伏筆。隨著西藏局勢的穩定和格魯派地位的鞏固，五世達賴喇嘛對蒙古人總攬西藏行政大權的現狀日益不滿，利用各種手段對固始汗的權力進行侵蝕。
五世達賴得到清朝的冊封回西藏後，一麵向皇帝上表謝恩，一麵憑借清政府的支持，繼續擴大格魯派寺院集團勢力，強化自己的影響，並在甘丹頗章地方政權中進行滲透。
實際上，和碩特蒙古人在西藏的統治地位之所以能夠形成，很重要的一個前提是西藏格魯派在政治、軍事上對他們的依賴。藏傳佛教格魯派自15世紀誕生以來，一直和西藏其他教派進行競爭和鬥爭。通過三世達賴索南嘉措以來與俺答汗的聯盟以及對和碩特蒙古人刀槍的仰仗等，格魯派最終在西藏得到了不可侵犯的神聖地位，而和碩特蒙古人則登上了藏王寶座，兩者似乎都如願以償。
但是，昔日號令西藏佛教諸宗的噶瑪噶舉派被趕下台以後，長期不甘心失敗，召聚自己的信徒和施主們一再反抗，把矛頭指向達賴喇嘛與和碩特蒙古汗。同時，臨近的不丹法王兼國王主巴噶舉首領時附時叛，西藏局勢並不穩固。在聯合抗擊內外反對勢力的過程中，藏傳佛教格魯派僧侶集團與和碩特蒙古貴族在一個比較長的時期裏保持著密切的關係。
然而，經過和碩特蒙古部固始汗、達延汗和達賴巴圖爾等汗王的經營，後藏複辟勢力完全被擊敗，格魯派在西藏的地位越來越穩固。同時，通過打擊和征服域外反對勢力、收複阿裏地區，西藏呈現出穩定的局勢。在這種情況下，對以達賴喇嘛為首的西藏勢力來講，和碩特人似乎已經完成了他們的曆史使命，蒙藏統治集團聯盟日趨瓦解。
1668年初，固始汗之子達延汗去世後，其六弟達賴巴圖爾行使汗權。這年5月，當時擔任第巴的丕淩列劄木蘇去世。由於汗位空缺，按照汗廷的慣例，第巴之位也空懸了一年。由於第巴是具體負責行政事務的，不能不設，於是1669年8月，五世達賴喇嘛乘機命其崔本羅卜藏圖多布為第巴，並從此掌握了最高辦事官員“第巴”的任命權。對此，蒙古達賴汗於1671年即位後，也隻好予以承認。