加強機關黨的基層組織工作的領導，理順機關基層組織工作的領導關係，對搞好機關黨的基層組織建設具有重大意義。《條例》第35條規定："在中央直屬機關、中央國家機關和省、自治區、直轄市直屬機關分別設立黨的機關工作委員會，領導直屬機關黨的工作。同時，設立黨的紀律檢查工作委員會，在上級黨的紀律檢查委員會和黨的機關工作委員會的領導下，領導直屬機關黨的紀律檢查工作。省、自治區所轄的市和直轄市的區根據工作需要，也可以設立黨的機關工作委員會和黨的紀律檢查工作委員會。"明確了黨的機關工作委員會，是機關黨建的領導機構，履行對機關黨的建設工作的領導責任。
一、黨的機關工作委員會的設立和領導職能
1987年之前，在中央直屬機關、中央國家機關及省、自治區、直轄市的直屬機關，都設有黨的機關委員會，作為一級黨委在機關全麵履行黨的領導職能。1988年，中共中央發出《批轉(關於加強和改進中央黨政機關黨的工作的意見)的通知》，決定將中共中央機關委員會和中共中央國家機關委員會分別改為中共中央直屬機關工作委員會和中共中央國家機關工作委員會，作為中央派出機構，分別領導中央直屬機關和中央國家機關黨的工作。之後，各省、自治區、直轄市直屬機關黨組織的體製也適應改革的新形勢，陸續進行了調整，開始設立機關工委。機關黨政工作領導體製的改革，對於分清職責、理順關係、減少工作環節、提高工作效率、加強機關黨的自身建設是非常必要的。
機關工委作為中央和各級地方黨委的派出機構，不再履行一級黨委的職能，不再采用基層黨組織的活動方式。而是按照中央和同級地方黨委的要求，結合機關的實際情況，加強對機關黨的建設的規劃、指導、監督和檢查。工委的領導班子，由中央和同級地方黨委直接任命。
從全國的情況來看。機關工委的機構設置一般由內設工作機構，隸屬機關工委領導的派出機構和有關直屬單位。內設機構包括辦公室、組織部、宣傳部、統戰部和研究室。派出機構包括紀工委、工會工委、團工委、婦工委。直屬單位主要是機關工委黨校、機關黨刊等。
當前，機關工委履行工作職能，應結合機關工作的實際，明確思路，分類指導；固本強基，夯實基礎；依靠黨組，主動服務；健全製度，加強監督；積極探索開拓創新。
一要明確思路，分類指導。機關工委的工作必須按照中央和派出黨委的工作部署，圍繞中心，凝聚人心，服務大局，找準黨建工作與業務工作的結合點，保證黨的路線、方針、政策的貫徹落實，促進部門業務工作的完成。必須確立"圍繞中心抓黨建，抓好黨建促中心"的工作思路，在實踐中探索服從、服務、保證中心工作的新路子。要根據本部門業務工作的需要，通盤考慮，形成黨的工作目標和措施；要根據行政業務工作任務和目標，來考慮和確立黨的活動方式和內容；根據行政業務工作的發展情況，不斷提出同步配套的黨建工作任務和要求。堅持把機關黨建工作與部門行政業務工作同步規劃，同步布置，同步檢查，同步落實。由於各部門的工作性質和擔負的任務不同，機關與直屬單位的情況也有很大差異，工委在進行工作部署時，一定要注意分類指導，根據不同情況提出不同要求；提出的工作意見應具有指導性，而不是指令性，為發揮各部門機關黨組織的積極性和創造性留下較大的空間。
二要固本強基，夯實基礎。"基"是機關基層組織，"本"是整個機關黨組織的凝聚力、戰鬥力、號召力。固本強基，就必須立足基層，夯實基礎，這是工委工作的"立腳點"。要紮紮實實抓好機關基層黨組織建設。要製定切實可行的基層黨組織工作計劃，注意抓好基層黨組織的基礎建設，如選好支部書記，建立完善黨支部工作製度，增強解決黨組織自身問題的能力。
三要依靠黨組，主動服務。必須緊緊依靠各部門黨組對機關黨建工作的指導，使工委同各部門黨組在堅決貫徹中央關於加強黨的建設整體工作部署，推進機關黨的建設上密切配合，形成合力。堅持把緊緊依靠部門黨組的指導，作為加強機關黨的建設的關鍵來抓。機關黨的建設整體性部署，都要采取多種方式。征求部門黨組的意見，使工委的工作思路與部門黨組的想法合拍；依靠部門黨組深入推進重點工作，工委與黨組形成合力，工作就有成效；依靠部門黨組加強機關黨組織的建設，使機關黨組織能夠參與部門的中心工作，配備好高素質的黨務幹部隊伍，改善機關黨委的工作條件和環境。工委的工作與部門黨組密切合作，機關黨的建設就有了保證。
四要健全製度，加強監督。工委抓黨的建設，尤其要抓製度建設，必須依據《條例》，逐步健全和完善機關黨的建設的各項製度，明確各級黨組織的責任，一級抓一級，層層抓落實，使機關黨的建設走上製度化、規範化的軌道。加強監督，必須與製度建設有機結合起來，完善監督體係，完善領導幹部行使職權的製約機製。
五要積極探索，開拓創新。機關工委必須根據形勢和任務的要求，不斷探索新的領導方式和工作方法．這是機關黨的工作的活力和生命力所在。要堅持麵向基層，加強調查研究。尊重實踐、尊重群眾的首創精神，努力從基層和黨員幹部的實踐中汲取智慧，開啟思路；深入基層，在實踐中掌握真實情況，總結經驗和教訓。以改革的精神，研究機關黨建遇到的新情況和新問題，探索機關黨建的特點和規律，有針對性地提出解決問題的辦法和對策，使工委的工作減少盲目性，增強自覺性和針對性，取得工作主動權。
二、黨的機關紀律檢查工作委員會的設立和領導職能