具體說來，現有水資源管理法律體係主要存在以下幾方麵的問題：
（1）缺乏一部關於資源整體的係統的資源管理立法。水資源是與其他自然資源緊密聯係在一起的，水資源的利用方式可以影響到與之相關的資源的利用，同時，其他資源的不合理利用也會引起水資源鏈鎖式的破壞，因而互不相連的資源保護法不能很好地保護某一專門資源，不能從根本上對整個資源作為一個係統起到有效的保護。因此，必須有一部關於資源整體的、係統的資源管理立法。
（2）水資源法律體係結構不和諧。我國現行的有關水資源法律製度主要有四部，它們是《環境保護法》、《水法》、《水汙染防治法》、《水土保持法》，從表麵上看，這四部法律對我國的水資源利用、開發、保護問題已做出了全麵的規定，但實際上在立法理論與實踐中，這四部法律本身關係不清。四部法律均為全國人大常委會製定，具有同等法律效力，但從理論與實踐上看，水資源管理與水土保持、環境保護與水汙染防治顯然都不是同一層次的問題，在立法上也應有不同的法律效力等級，才有利於對不同的行為形成規範的子體係，目前這種立法模式顯然不能滿足水資源管理與保護的需要。
（3）缺乏關於地下水的專門法律。地表水和地下水是一個統一的整體，但是，我國目前還缺乏關於地下水的專門法律，使得我國地下水管理混亂，而地下水的不合理開采又必然對地表水產生影響，最終影響整個水環境，這方麵的立法應盡快完善。
（4）缺乏流域管理機構法。現行立法沒有對流域水資源管理的全局機構賦予足夠的權力，難以保證切實做到國家對水資源實行流域管理與行政區域管理相結合的管理體製。一些管理機構的法律地位不明，職權不定，難以實現法律規定的管理目標。在四部法律中，關於流域水環境保護僅在《水汙染防治法》中有所規定，但其規定卻是相互矛盾的。該法第4條規定：“重要江河的水資源保護機構，結合各自的職責，協同環境保護部門對水汙染防治實施監督管理。”而根據我國目前的機構設置，水行政主管部門下設水資源保護機構，根本沒有什麼水源保護機構；然而從《水汙染防治法》中關於流域水汙染防治的其他規定來看，顯然流域水汙染防治就是流域水資源保護機構的職責。由於流域水資源保護機構的法律地位不明、權力不清、職責不定，當然無法發揮對流域水資源統一管理的作用，致使流域水資源保護舉步維艱。