環境管製的管理成本通常都高於環境稅的管理成本，政府必須通過其他稅收來籌集資金來支付這些成本。環境稅提高了那些在環境管製手段下不會籌集到的收入，政府可以將其中的一些收入可以用來支付環境管理和執行成本。
環境稅的另一個潛在效益是，由於它基於市場手段，可能會降低“管理受影響”的問題。所謂管理受影響是指政府同其所監督的企業過於接近，受到企業的影響，因為管理政策通常是基於廠商之間的談判，而稅收會比環境管製手段具有更大的透明度。
環境稅在OECD的國家已經比較成熟，瑞典、丹麥、荷蘭和德國等國都已經成功地將收入稅向危害環境稅轉移。美國也已形成了一套相對完善的環境稅收製度。稅種設置包括碳排放、垃圾填埋、硫排放和能源銷售等。
但我國目前還沒有專門的環保稅種，現行的資源稅從立法及開征的目的看，主要是為了調節資源的級差收入，而且征收範圍僅限於礦產品和鹽，尚未包括水資源、植物資源、動物資源、海洋資源等領域。另外，我國在環境稅的稅種上也沒有明確的規定，但學界主要有三種看法：狹義、中義、廣義。狹義的環境稅，認為環境稅就是環境汙染稅。即國家為了限製環境汙染的範圍、程度，而向導致環境汙染的經濟主體征收的特別稅種。中義的環境稅是指對一切開發利用環境資源的單位和個人，按其對環境資源的開發、利用強度和對環境的汙染破壞程度進行征收或減免的一種稅收。廣義的環境稅是稅收體係中與環境、自然資源利用和保護有關的各種稅種和稅目的名稱。它不僅包括汙染排放稅、自然資源稅等，還包括為實現特定的環境目的而籌集資金的稅收，以及政府影響某些與環境相關的經濟活動的性質和規模的稅收手段。
對於西北民族地區的水資源來說，首先應在前文所述的分區原則的指導下開征環境稅。西北民族地區是我國的生態屏障區，為我國的生態環境安全做出了巨大貢獻，也為下遊的經濟發展做出了貢獻。因此，生態位勢低的下遊地區對生態位勢高的上遊生態保護區的補償。此種類型的生態補償是指由於流域上遊的生態保護直接影響到下遊地區的生態質量，因而需對上遊地區的生態保護努力和機會成本給予相應的補償。由於生態資源屬於公共產品，外部性強，由全社會共享，然而生態供給（保護）通常由區域少數群體完成，一般是源頭地區的貧困山區擔負著保護江河上遊生態的重任，在目前生態補償製度尚未完善的情況下，與享受生態收益的下遊地區相比，上遊地區為保護生態損失了發展權，顯然有失公平。因此，需要通過生態保護補償機製，對經濟發達的下遊地區開征環境稅來補償上遊地區。這也是大多數學者所認同的“反哺式”生態補償方式。
而對於西北民族地區水資源生態補償的稅種，筆者認為，由於水資源的威脅主要來自汙染和低效率的使用，可以將稅種劃分為水資源汙染稅和水資源消費稅。
對於產生嚴重汙染的工礦企業，可以考慮開征水資源汙染稅。而由於目前水價較低，水資源消費者沒有節水意思，從而產生浪費和不合理使用的現象，這也給目前的西部開發造成了不利影響。故可以對水資源的消費者征收水資源消費稅，從而提高水資源消費者的節水意識，在一定程度上遏製浪費水或不合理使用水資源的現象。
（2）專項補償金。西北民族地區現行的水資源生態補償資金來源主要是企事業單位的排汙費。盡管前文已經提到了環境稅，但是，由於目前我國隻在礦產資源等方麵開征了環境稅，而未顧及水資源，對於水資源的生態補償隻能依靠排汙費和政府的財政。而現行的財政體製中沒有關於水資源生態補償的明確規定，再加上政府作為一個“理性的經紀人”，不可能很專注於將財政收入致力於水資源的生態補償。這就勢必需要確立專項的水資源生態補償金。
大多數學者認為，這種專項的補償金主要應來源於財政轉移支付。財政轉移型生態補償機製的實質就是政府在公平基礎上將部分財政收入進行重新再分配的過程，政府運用補貼或獎勵的形式，對保護和建設生態環境中的公益勞動行為給予不完全的報酬支付，對因保護生態環境而犧牲自身利益的人們給予不完全的補償。財政轉移方式在我國的“退耕還林”、建設防護林等工作中起到了主導作用。
借助生態轉移支付這種再分配手段，既可促進區域均衡發展，又可避免西部貧困人口為獲得生存，而破壞環境，最後導致更加貧困。