他先是令其黨羽誣告郭正域是製造妖書的作者，然後又羅織捏造沈鯉的奸髒事。但沈一貫的這個黨羽在捕風捉影方麵並沒有多大潛力，其所誣告的言辭破綻百出，萬曆皇帝一看，就知道是誣告，狠狠地將上奏扔到了地上。但沈一貫並不氣餒，他一心想把沈鯉搞掉。不久後，他再次誣告沈鯉詛咒皇上。萬曆皇帝下令調查。原來沈鯉這個人比較善於作秀，他在小屏間書寫了謹天戒、恤民窮、開言路、發章奏、用大僚、補庶官、起廢棄、舉考選、釋冤獄、撤稅使十事，還在上麵寫了“天啟聖聰，撥亂反治“八個字，每次進入內閣辦事前都燒香拜祝。沈一貫說他在詛咒皇帝，純粹是捕風捉影，萬曆皇帝並沒有怪罪沈鯉，而且還痛斥了沈一貫等人，認為他們太敏感了。
沈一貫被訓斥後，仍然不甘心。沈鯉被幾次誣告後自然也心存憤恨。二人的矛盾再度升溫。萬曆三十三年（1605）的乙巳京察，沈鯉一夥開始了最後的反攻。京察是明朝政府對京官的行政審查與處理。一般由吏部會同督察院及各衙門堂上官主持在巳、亥之年的二月進行的一次對官員的考察活動。考察內容有貪、酷、浮躁、不及、老、病、罷、不謹八項。這本是一項可以提升官員素質的政府製度，但自明中後期始，這一製度已經被朝中各派用作相互攻擊的工具。
萬曆三十三年（1605）的乙巳京察的主持者是吏部侍郎楊時喬和左都禦史溫純。楊時喬為人方正，和溫純一樣也是沈鯉的人。二人在沈鯉的授意下借此次京察之機大力地打擊了沈一貫一黨。在關於京察結果的奏疏中，二人將沈一貫的心腹給事中錢夢皋、鍾兆鬥及禦史張似渠、於永清等人都列入了被察、被轉之列。沈一貫不甘失敗，立即要求門人反抗。極力抵製。錢夢皋最先出頭，他上疏認為自己被察是有人為郭正域清除政敵之舉。沈鯉一黨立即為自己開脫，雙方你來我往了幾個回合，萬曆皇帝出麵，這一次，他把天平偏向了沈一貫這麵，這位皇帝憤怒地批評了楊、溫等將科道官定為不稱職的太多，要求將浮躁、不及者留用。楊、溫二人大喊冤枉，上疏以從前京察中被察科道官數目為例，證明這次所察並不多。但錢夢皋等人並不給他們這個機會，接連上數疏誣陷、詆毀溫純，溫純隻好在五個月後去職。溫純的去職更是讓沈鯉一派群情激奮。候補南京兵部職方司郎中劉元珍最先站出來，上疏批評沈一貫假皇帝之權以售其私。然後就是南京禦史朱吾弼上疏批沈。接著就是兵部主事龐時雍直接攻擊沈一貫有十條欺罔之罪和十條誤國之罪。沈一貫這個時候已經無力反擊，隻好在萬曆三十四年（1606）七月被迫去職。不過，就在他去職前，他開始秘密活動，求宮中內監在萬曆皇帝麵前誣陷沈鯉，想讓沈鯉與他同歸於盡。萬曆皇帝對沈鯉一黨的所為也不是很喜歡，所以就默許了。沈一貫還沒有離開京城，他的黨羽就在他的授意下向萬曆皇帝誣陷沈鯉。於是，二人同時離開了京城。
確切地說，二人在互相的誣陷鬥爭中都不是什麼君子，即使沈鯉在日後的名聲要比沈一貫好很多。有時候，為了自己和自己一派的利益，使用起某些手法來已經不管不顧了。沈鯉的想法很可能是，隻要手段的卑鄙並不能證明目的的卑鄙。他們二人到底為明朝做了多少有意義的事，在這裏並沒有討論的必要。事實上，二人在朝廷之上怎麼可能有時間去做事情呢，他們幾乎把所有的精力都用在互相攻擊與互相誣陷上了。