梁啟超先生所言多少夾帶了個人的情感好惡，作為當時學界的巨擘，他對袁世凱個人品行及其政府的態度尚且如此，更何況普通人呢？不過在今天看來，梁先生指責袁世凱政府“以黃金誘人於前，而以白刃脅人於後”的確與當時特殊的政治環境完全吻合，大棒加胡蘿卜的政策在世界政治舞台上屢見不鮮，民國曆史把袁世凱從晚清重臣推到了總統的寶座，無論是當時社會的客觀形勢，還是個人意誌願望的主觀態度，都驅使著他在民國政治舞台上進行這樣的表演，這也注定了他不可能在教育上真正有所作為。尊孔讀經就是他內心對待教育的最真實想法。
1912年7月，北洋政府教育部決定把“孔子誕生日”列入學校自定儀式中。9月，袁世凱發布了《崇孔倫常文》，鼓吹儒家孔教倫理，推崇孔子。10月，北洋政府教育部通令全國，規定“孔子誕日”舉行紀念活動。在封建中國，孔子一直被作為聖人對待，作為中國教育的鼻祖，尊孔本身並沒有什麼不當，問題在於為什麼要尊孔，以及如何尊孔。曆來封建社會在抬高孔子地位之時，往往曲解孔子學說，過分放大孔子教育思想中維護封建統治的內容，並且將之塑造成一尊不容置疑的神，如此一來，孔子教育思想中的精華盡失，還被當作維護統治的工具。標榜共和民主的民國政體本身就與專製集權的封建政體水火不容，如此情況下，孔子再以聖人的麵目出現，無疑有違曆史發展潮流。
1913年6月22日，袁世凱大總統發布《尊崇孔聖令》，宣揚孔子是“萬世師表”，把孔子學說抬高到“放之四海而準者”的地位。在這個孔聖令之下，北洋政府掀起了一股尊孔複古的逆流。9月，北京教育部通令全國，將孔子生日定為“聖節”，全國放假一天以示慶祝。除了孔子的故鄉山東，首都北京和上海等地紛紛組織孔教會，他們出版雜誌，開展各種形式的尊孔活動。1913年10月，袁世凱授意定孔教為國教，並載入《天壇憲法草案》。1914年9月，袁世凱率領文武百官親自前往孔廟祭奠，所有參拜人員全部身著古裝祭服，行三跪九叩之禮，這是民國成立以來最大規模的一次祭祀孔子鬧劇。而以康有為、沈曾植、梁鼎芬等人組成的孔教會，把北洋政府尊孔複古思想推向高潮。康有為公開宣稱應該以舊曆八月二十七日為孔子生日，應定是日為“聖誕節”，令各學校放假一日，在該校行禮，“以維世道，以正人心，以固幫本，而立民極”。
孔教會的出現是民國教育界的一大怪胎。1912年11月，康有為的弟子陳煥章秉承恩師旨意，在上海率先成立了孔教會，專門刊發了《孔教會雜誌》。除了陳煥章之外，孔教會重要成員還有沈曾植、梁鼎芬等人。他們明確提出尊孔的目的在於“昌明孔教、救濟社會”，宣稱儒教就是中國的特有的國性，剝奪了它，國家將會滅亡，民族也不會繼續存在，而尊孔就是固定國本，保守國性，發揚國粹，維持國俗，順合國情者也。
孔教會成立之後，迫不及待要完成的事情就是樹立孔教為國教。1913年8月，陳煥章、梁啟超、嚴複等人向政府提交了《孔教會請願書》，要求政府從憲法上明確規定孔教為國教。此說一經提出，立即得到黎元洪、馮國璋等民國政要的大力支持，黎元洪聲稱：
茲者國體維新，民族仍舊，廉恥之防未立，禮義之用未宜，人背常經，士越恒軌，心無定宰，則競權攘利之弊滋，鄉無善型，則犯上作亂之釁起。又其甚者，至欲廢父子之倫，裂夫婦之製，群聚苟合，禽獸不如。……擬請兩院定國教，籍範人心。孔道一昌，邪說斯息。
孔教已經得到了政府層麵的認可和支持，這是複古派們夢寐以求的事情，為了擴大孔子在全國的影響力，孔教會在民間社會層麵上展開了淩厲攻勢。在1913年9月，孔教會代表兩三千人雲集孔子老家山東曲阜，召開了第一次全國大會，鼓噪進一步尊孔。在這次大會上，康有為被選為會長，陳煥章為幹事長。在袁世凱政府的默許和支持下，孔教會勢力在全國得到迅速蔓延。到了1917年3月，山東等16個省的尊孔會社，在上海組建了“全國公民尊孔聯合會”，推舉張勳、康有為為名譽會長，派代表進京請願，“要求定孔教為國教列入憲法”。尊孔派定孔教為國教的活動達到頂峰。
袁世凱將孔教作為國教的根本目的，並不是要在中國發展宗教勢力，而是借助宗教的神聖外衣包裝封建孔教思想，然後再借助被神聖化的孔教禁錮民眾的思想，以此實現複辟帝製重回封建王朝的老路子上去。
巧合的是，袁世凱包裝孔教為宗教的行為正趕上外國宗教勢力對中國的大肆侵入之時。國外的傳教士已經在國內建立了諸多據點，正在努力擴張自身的勢力。袁世凱政府尊孔的行為，讓孔教被尊為至高無上的國教，不僅一般的國民要尊孔，而且許多此前已經加入基督教的學生也迫於政治壓力參加祭拜儀式，這引起力圖擴大中國市場的教會勢力的強烈不滿。他們直接和袁世凱政府交涉，要求政府保證參加基督教的中國學生的宗教獨立性，不允許基督徒學生參加祭拜孔子的儀式。
傳教士大批進入中國是在鴉片戰爭前後，他們中的一部分人來到中國傳教的目的是宣揚基督教義，但是絕大部分教士來中國的目的並不是出於純粹的宗教信仰，而是希望通過宗教麻醉愚弱的國民，最終實現在精神上控製中國的目的。這正如美國傳教士明恩傅曾說的：“英語國家的人民所從事的傳教事業，所帶給他們的效果必定是和平地征服世界——不是政治上的支配，而是在商業和製造業，在文學、科學、哲學、藝術、教化、道德、宗教上的支配，並在未來的世代裏將在一切生活的領域裏取回效益，其發展將比目前估計得更為遠大。”這個說法還是很有些道理的。
大清的子民對宗教知識的匱乏令傳教士們吃驚，而頑固地拒絕洋人宗教的決心、對宗教的警惕和恐懼情緒，更讓早期來華傳教士傷透腦筋。為了讓中國民眾接受教義，傳教士們不再局限於在教堂裏講經布道，他們發現創辦教會學校不僅可以招收大量貧苦子弟進入學校，從而把他們發展成為信徒，而且還能夠取得民眾的普遍好感。
1830年，美國公理會傳教士裨治文在廣州創辦了在華的第一所教會學校──貝滿學校。1840年，英國傳教士在寧波創辦了女子學校，第一所在華教會女校正式誕生。國內海濱城市陸續出現各式教會學校。教會學校的遍地開花最初引發了清政府的恐懼和排斥，他們擔憂這些紅頭發、藍眼睛的傳教士們用魔法改變中國民眾數千年的忠君傳統而信奉基督，但是，最終的結果出乎意料地實現了“雙贏”。雖然教會學校以西方教育模式對封建中國科舉教育產生了巨大的衝擊，可是清政府擔心的信徒因為信奉基督而動搖忠君的局麵並未出現，相反，經過宗教洗禮的中國信徒在君主的專政麵前表現出更大的忍耐性和寬容。於是，清政府和西方傳教士雙方妥協，中央允許並且支持傳教士在華創辦教會學校，而許多教會學校也不再強迫學生的宗教信仰，彼此相互支持在中國大力興辦教會學校。
在這樣的形勢之下，國內教會學校遍地開花，興起了一股教會學校教育的熱潮。在辛亥革命之前，國內教會學校的規模和體係獲得了空前發展，形成了以初等、中等、高等三級教育為主體，其他各種形式的專門教育為輔助的基督教教育體製。1912年，教會學校學生數量已經達到138937人。1917年，外國人在華創辦學校的學生數占中國同級學校學生總數的百分比情況是：初等學校占4%，中等學校占11%，高等學校占80%。
袁世凱政府時期，教會學校在國內的勢力已經如日中天。袁世凱在教育界推行的尊孔政策，一度因觸犯教會學校的利益而遭到宗教勢力的反對。為了消除教會學校對列孔教為國教的幹涉，同時也不觸怒國外勢力，袁世凱表麵上延續了此前“不幹涉亦不承認”的政策，但是暗地裏派人東渡日本考察教會學校。據郭秉文1915年的記述，當時教育部“已派委員往日本考察”教會學校，同年，教育部給各省區的教育廳局的谘文中，特別強調“外人在內地設立之各種學校，其編製多與部令章程不合，但既辦教育統計，對於此類學校自不能不特別注意”。但是，袁世凱直至死去都沒有采取措施打壓教會學校，最終雙方還是相互妥協，因為他們都明白隻有和平相處才能實現各自的目的。
1917年，也就是袁世凱政府被曆史唾棄的第二年，時任上海聖約翰大學校長的中華基督教教育協會董事會主席卜舫濟曾說，培養有用的公民乃是我們與政府辦的學校的共同目的，我們應當成為政府辦的學校的輔助機構，為新中國造成“基督徒公民”。所謂的“基督徒公民”並不是因為信奉了基督而不再忠於君主，而是在信奉基督之後，更忠於現實君主的統治。這種結果當然是袁世凱渴望見到的，隻不過他在死之前沒有聽到卜舫濟關於“基督徒公民”的美妙演講。
袁世凱在教育上鼓吹尊孔，是對此前民國教育的最大衝擊。因蔡元培在袁世凱篡奪政權之前一個月剛剛發表了《新教育意見》，這份奠定民國初年教育方針基礎的文章，直言對清末學部製定的“忠君、尊孔、尚公、尚武、尚實”的教育宗旨加以修訂，原因是“忠君於共和政體不合，尊孔與信仰自由相違”，與之相對應，應該建立“軍國民教育、實利教育、公民道德教育、世界觀教育、美感教育”五項，即“五育”方針。這實際上意味著蔡元培在民國初年費盡心血鏟除的尊孔讀經教育行動被袁世凱終結了。多年之後，魯迅撰文諷刺這場教育界的複古逆流：
自二十世紀的開始以來，孔夫子的運氣是很壞的，但到袁世凱時代，卻又被從新記得，不但恢複了祭奠，還新做了古怪的祭服，使奉祀的人們穿起來。跟著這事而出現的便是帝製。然而那一道門終於沒有敲開，袁氏在門外死掉了。餘剩的是北洋軍閥，當覺得漸近末路時，也用它來敲過另外的幸福之門。盤踞著江蘇和浙江，在路上隨便捕殺百姓的孫傳芳將軍，一麵複興了投壺之禮；鑽進山東，連自己也數不清金錢和兵丁和姨太太的數目了的張宗昌將軍，則重刻了《十三經》，而且把聖道看作可以由肉體關係來傳染的花柳病一樣的東西，拿一個孔子後裔的誰來做了自己的女婿。然而幸福之門，卻仍然對誰也沒有開。