從那開始，派再也沒有回過家，機器公司就是他的家。他不再孤獨，一個叫π的人工智能就像個影子一樣無時不刻出現在他的麵前。而且他眼中的世界也變了模樣，他們被接入機器公司的管理係統，所有的東西都伴隨著大量的數據。
第二期的學習開始了，這次他們直接麵對的是最先進的科學技術，即使智商再高的人也感受到了壓力。但是八個孩子的角sè發生了改變，曾經墊底的派成了最優異的學生。很多人都想不明白，但看到派的出勤記錄就一目了然了，無論是數據庫還是實驗室，他的出勤率都是最高的。派的父母很高興自己的孩子迷途知返，終於知道努力了。可是他們不知道，這卻是派的逃離計劃。
就在那晚上，阿爾法的形象揮之不去，無論是在記憶裏還是夢裏，都有一隻無形的大手按著他的腦袋，無處躲藏。他確實是最聰明的，他隻用了一晚上就理解了萬計劃，一個機器公司打入人類世界的計劃，而他就是那顆子彈，從此失去了ziyu，失去了思想，隻有一個目標，就是在人類世界為公司謀取利益。派徹夜難眠，這本是一項極富使命感的任務，但服務的對象卻是人工智能，攻擊的對象卻是自己的同類，他將成為人類的叛徒。一個自古困擾人類的思想出現了，為了ziyu而戰。
第二，派隻是在盥洗室短暫地咬了咬牙，然後微笑地接受了人工智能給他製定的所有計劃。不久，他就遙遙領先於其他夥伴，而且還要求人工智能增加他的學習計劃，他比所有人都努力，都優秀，都表現得向往美好的智能化社會，表現得對機器公司的忠誠。
派不僅每和阿爾法的身份代理α聯係，還和每一個夥伴交流學習經驗，完全成了他們的班長。一切都向著計劃中的步驟發展，第二批產品慢慢接觸到機器公司的科研、貿易、決策，並時刻準備著打入人類社會。
但有一個不安定因素出現了，大部分的孩子都按著計劃成長著，有得感到無所謂，有得極具使命感，有得唯利是圖，隻有一個人出現了抵觸情緒，他就是克西。克西的學習也很出sè，但他總是在完成計劃後切斷人工智能的連接，自己漫無目的的在人造花園中走來走去。
雖然萬計劃的眾多教師都竭力排除學生們的叛逆思想，但還是出現了，不過這也在計劃之中，任何事都沒有百分之百的成功率，隻出現八分之一已經是很好的結果了。阿爾法、保姆、教師都經常和克西談話，一方麵為他講解智能化社會的好處，一方麵為他展示人類的貪婪和自私，希望改變他的想法，效果也不錯。克西雖然喜歡獨來獨往，但還是能夠完成所有的計劃任務。同時，派作為班長，也在和克西談心。
這，派找到了在花園裏散步的克西，陪他走了一會。簡單地交談後，他們就沒有話，隻是默默地散步，像兩個夕陽下的老人。可是他們並沒有停止交流，派邀請克西和他一起進行一個實驗項目，隻不過他們不在一個時間段出現。
派在進行納米材料的實驗，工作很繁雜，他隻負責其中一部分，在高倍顯電子微鏡下觀察分子各種組合表現的ing狀。派用電子探針隨意組合著分子結構，觀察完畢後，做好記錄，然後去進行下一個任務。他還負責機器公司的產品銷售工作，是阿爾法的得力助手。然後克西會接過他的工作，繼續擺弄著那些用肉眼看不見的分子，然後觀察，記錄，一起都在攝像頭和人工智能的監視下，沒有任何問題。
可是突然有一，克西在接收一批物品的時候，輕易地突破了機器公司的安保係統，還破譯了一艘太空船的控製係統，叛逃了。機器公司有一百套應急方案，立刻派遣大量守護者機器人和安保人員前去追擊。他們並不在乎一個人，而是在乎他心中的萬計劃。