過去的經驗和現代的科學證明，益生菌有醫療效果、保健效果、經濟效益、社會效益和生態效益。
什麼叫益生菌？益生菌是指對人和動植物機體有益的菌。由益生菌生產的產品叫益生菌製品，包括活菌體、死菌體、菌體成分及代謝產物。這種製品能改善機體微生物和酶的平衡，並刺激特異性或非特異性免疫機製，達到防治某些疾病、促進發育、增強體質、提高產量、延緩衰老和延長壽命的目的。
為什麼要寫《益生菌》這本書？理由有五：
微生態學發展的必然；
預防人類嚴重感染的措施之一；
國際公認益生菌具有重要生理功能；
開發和應用這類產品抓住了防治很多疾病的根本；
遺傳修飾後的益生菌將會帶來更大的醫療效果、保健效果、經濟效益、社會效益和生態效益。
上述各點，在本章各節中均會給予進一步的闡述。
第一節 從微生態學角度看疾病
一、感染性疾病發生的過程
人和動植物，不論體表或體內都充滿了各種各樣的微生物，當這些微生物和宿主處於動態平衡時，二者和平共處，宿主保持健康，不發生疾病；然一旦微生物失衡（失調），就有可能出現感染，導致疾病發生。現以微生物和人體相互作用（Greenwood 1997，Kalaro 1999）為例加以說明。
人被微生物汙染是隨微生物類型、人所處的環境和人的活動而變化的。
新生嬰兒接觸微生物，有一些在嬰兒體內定植，形成正常菌群，它們對保持腸道菌群平衡至關重要（在意外情況下，有些菌也可引起感染）。
某些具有較強感染性的微生物可能會避開機體的防護係統，潛入機體，引起感染，它們是病原體。感染的發生是由很多因素決定的，一般來說，致病性較強的微生物發生感染的可能性較大。
有些微生物在機體短暫停留時，會被機體防護係統或人為清洗或防腐劑清除掉。
有些微生物或微生物的產物會引起宿主發生過敏反應（變態反應）。
在感染事件中，可能有四種情況：
①發生感染後可用益生菌治愈。
②也可通過藥物或自我恢複，即微生物在進入或入侵損傷組織和器官之前，免疫係統阻止了它的感染；
③微生物感染未能被控製，結果侵入組織，不同程度地損傷了機體的某些功能；
④微生物被較長時間地隱藏起來（帶菌狀態，潛伏侵染）。
如果感染繼續進行，則導致疾病，有以下幾種可能：
①應用益生菌治療疾病；
②其他藥物或免疫係統最終控製了微生物的發展，使身體恢複健康；
③損傷的組織和器官會使功能受損或喪失；
④損傷非常嚴重時，將引起死亡；
⑤微生物能以多種方式隱藏起來（帶菌狀態，潛伏侵染）。
在外因或內因作用下，有可能造成菌群失衡，失衡後也有幾種可能，在此要強調的是通過益生菌也能重新獲得微生態平衡，治愈疾病。