在林子平等人物的串聯之下，不滿幕府統治的薩摩藩和長州藩形成了薩長同盟，土佐和肥前比較傾向於薩長同盟，但是並未直接提出加入該同盟之中。薩長同盟厲兵秣馬，積蓄實力，也引起了幕府方麵的注意。
不過將軍德川家齊對於政治並不感興趣，雖然將軍的權力仍舊極大，但家齊卻更多把時間用在了女人的肚皮上麵。家齊擁有四十位側室，並生育了五十五個子女，這還隻是他在籍的子女，而私生兒女而是數不勝數了。
老中鬆平定信則認為薩摩藩和長州藩隻是故作玄虛，根本不可能真的起兵對付幕府。鬆平定信對兵事不甚知曉，自認幕府軍和其他親藩的藩兵實力要大過薩長同盟，所以也沒有真的放在心上。
直到1790年5月，光格天皇在尊王勢力的支持下，於京都發動宮廷政變，發布“王政奉還令”，宣布成立新政府，解除了幕府親衛的武裝，同時薩長同盟的藩兵進入京都，控製了近畿形勢。
將軍德川家齊在得知光格天皇發布王政奉還令之後大怒，先是以清君側的名義發布《討逆表》，然後立即調遣幕府軍，會同津、桑名等藩的藩兵，準備攻打京都，徹底平息這場動亂。
不過倒幕派也是十分狡猾，他們一方麵散播假消息，說倒幕派得到了大唐的支持，大唐隨時都可能從奧羽出兵，水陸並進，攻打關東；另一方麵，與林子平齊名的進步人士高山彥九郎帶人潛入幕府統治的腹地，在江戶等地進行了敵後破壞，擾亂治安，阻礙幕府軍的出動。
德川家齊也是有些緊張，不僅江戶接連抓捕了搗亂分子和宣傳王政奉還的人，而且他無法拿定唐人是什麼態度，即便派遣家臣前往大唐使館詢問，大唐方麵也沒有給出任何的明確答案，既沒有說支持薩長一方，也沒有說支持幕府，這更讓德川家齊疑竇叢生。
也是由於這方麵的顧慮，德川家齊不肯將自己的主力全部派出去對付薩長同盟，而是留下了相當一部分軍力鎮守江戶城，謹防唐人的偷襲。同時幕府的海軍的新式戰艦也不敢派到瀨戶內海去，這也是對大唐海軍的防備。
就是在這種掣肘下，幕府方麵不能集中力量去迎戰倒幕派的軍隊，而且幕府方麵由於對於倒幕派力量估計不足，而且認為他們不足一笑，所以準備也是非常不充分的，這也給了薩長同盟以可趁之機。
在幕府軍尚未準備完全妥當之時，倒幕軍組織了大約六千兵力，越過了伊吹山，奇襲了幕府軍的後路。是役，倒幕軍夜襲完全沒有準備的幕府軍和桑名藩的藩兵，並且秘密挖掘地道，並用炸藥炸開了名古屋城的城牆，奪取了尾張藩的居城，使得幕府大為震動。
可以說倒幕軍在戰略上這個敵後穿插，非常有唐軍作戰的風采，這也跟薩長同盟新式軍隊都受過唐人教官的訓練有關係，倒幕軍通過名古屋之戰，將幕府軍切割成了兩個部分，幕府的主力仍在關東，而另一部分則駐守在大阪，不能相互支援，特別是大阪方麵，情況更加危機。