安倍晉三論功行賞，選進權力中心的人物當然都是自己認為可靠之人。但是此次安倍晉三內閣中，除了來自公明黨和學界的兩位大臣以外，其餘的15位閣僚分別屬於自民黨的森派（4人）、丹羽—古賀派（4人）、伊吹派（2人）、津島派（2人）、麻生派（1人）、山崎派（1人）和高村派（1人）。由於派係政治的弊病，由自民黨議員組成的政府中，曆來難免有麵從腹背之人或出現陽奉陰違之事。為了將最高行政權力牢牢掌握在自己手中，做到令行必至，安倍晉三強調“首相官邸主導”，即打破各政府部門的傳統分工，再集中“安倍團隊”中的心腹幹將組成內閣之“內閣”，通過這個“小內閣”直接指揮各個政府部門，形成一個金字塔式的權力格局。
安倍的“首相官邸”即“小內閣”可以分為四個層次。第一層次是直屬安倍晉三的部分。由五位分別來自於首相府、財務省、警察廳、經濟產業省和外務省的首相秘書官及親自組織的“首相直屬特別室”的十位成員組成。增加身邊秘書和工作人員的傳統，來自於在自民黨內任意獨斷的小泉純一郎政權時期。小泉曾讓來自於財務省、外務省、經濟產業省、警察廳的四位首相秘書官，加上來自總務省、厚生勞動省、農林水產省、國土交通省、防衛廳等5個中央行政部門的“特命參事官”，作為自己直屬的人員每天來首相府上班，讓他們成為上傳下達的雙向通道，既能吸收各個部門的意見，又能傳達自己的指示，並通過他們監督和督促各個部門。
安倍晉三在秘書官之外，還利用他上任總裁以後仍在官房長官任上的條件，提前在各個政府部門處長級以上的官員中挑選人才。他在財務省、經濟產業省、文部科學省、總務省、厚生勞動省、農林水產省、國土交通省、防衛廳和環境省中一共招募了10人，組成了一個“首相直屬特別室”。另外，“首相直屬特別室”的工作任務，也與小泉政權時代的“特命參事官”不同，不是調整首相府與各部門關係，而是按照首相的指示探討和規劃政策課題。例如，要求來自於法務省的“特別室”人員負責研究製定外國人在日就職和工作問題的政策，要求來自於外務省的“特別室”人員研究製定解決解救被北朝鮮綁架日本國民問題的政策計劃等。對於這些“特別室”人員，都采用招聘製，由首相親自選定，親自任命，安倍晉三要求他們割斷與舊日官廳的情絲，做好與首相共存亡的心理準備。
第二個層次是內閣官房的部分。內閣官房長官鹽崎恭久畢業於哈佛大學，在安倍晉三擔任小泉內閣官房長官時擔任副官房長官，其後又一直擔任外務省副大臣，熟悉日本經濟與外交政策。盡管屬於丹羽—古賀派，但卻是安倍晉三在NAIS中的堅定盟友，因此被安倍晉三選為內閣的大管家。官房長官的任務就是輔佐首相，實際上就是首相最大的秘書官和輔佐官。但是因為身為閣僚，他還要有自己負責的具體公務，例如一般都兼任“北海道衝繩開發廳長官”。同時，安倍晉三還讓鹽崎恭久負責“新健康前線戰略賢人會議”，而且鹽崎恭久還是由安倍晉三直接擔任本部長的“綁架問題對策本部”的事務局長。
在官房長官的下麵設立了3名官房副長官，名義上的職責是分別協助官房長官的工作，但實際上卻受安倍晉三的直接指揮。例如下村博文，他一直主張改定教育基本法，曾經擔任過文部科學省的政務官。安倍晉三選中他做官房副長官，無疑是讓他在教育基本法的改定問題上出力。尤其值得注意的是，安倍晉三還從民間起用了一位官房副長官——的場順三，該人當時已經72歲，原為日本有名的智庫（尤其是在經濟問題上出名）大和綜合研究所的前任理事長，和安倍家族關係親近。因為是一個經濟學家，安倍晉三對他的期待應該是在製定經濟政策和處理經濟問題方麵。
第三個層次是首相輔佐官的部分。安倍晉三在首相下麵設立了五人的首相輔佐官。小泉時代雖然也設有首相輔佐官，但是當時隻有兩個人，且從國會議員以外選用。而安倍晉三首次任命自民黨內有實力的議員為首相輔佐官：由小池百合子負責“國家安全保障機能強化會議”；由世耕弘成負責“對外廣報企畫聯絡會議”，指導內閣廣報官和副廣報官的工作；由山穀惠理子輔佐官負責“教育再生會議”；由根本匠輔佐官負責成長戰略、社會保險製度改革、經濟政策的對外發展以及“亞洲入口戰略會議”，負責製訂“亞洲外交構想”，通過經濟文化的交流加強與亞洲各國之間的交流（召集人為伊藤元重，東京大學教授），中山恭子輔佐官雖然不是國會議員，因為一直以首相府“參與”的頭銜協助小泉純一郎和安倍晉三處理北朝鮮綁架日本國民問題，這次就被任命為輔佐官，具體負責“綁架問題對策本部”的工作。