超驗主義者們特別強調人應相信自己，如前所述，用各種“本能、想像力和洞察力”通過自己的身體與上帝或超靈達到融合。這種思想雖然提升了人的“位格”，強調了人在認識自身精神世界過程中的主觀能動性，但愛默生“超靈”（“Oversoul”）學說的核心是強調“人完善自身是憑借直覺從上帝處得到啟示”，也就是說愛默生認為人類精神自由的合法性和重要性仍是源自上帝（神）的無可爭辯的權威性，這一點在愛默生對“Oversoul”的闡釋中可以得到明證： “That Utility， that oversoul with every-man’s particular being，the universal beauty，to which every part and particle is equally related； the eternal one.”意即“超驗存在於每個人的特殊意義，在於永恒”。其中“eternal”（永恒）一詞不正是所有宗教中用來描述所謂神和神性的最基本特征之一麼？由此而見，“Oversoul”的提出，其本質仍是帶有強烈神秘主義色彩的“神本觀”的延續，這與數百年前已在歐洲文藝複興中興起並廣受認同的“人本主義”或“人文主義”的思想內核是直接衝突的，因為後者認為人類本身才是自己全部生活的中心。從這點講，我們可以認為“超靈”學說實際上是反人性的，特別是反對人類的理性。
“非理性的哲學流派往往都把直覺加以神秘主義的和非理性的解釋，認為直覺是同理性認識決不相容的認識形式。”愛默生所提出的“直覺”屬於非理性的流派，這在他的文學作品中都有體現。比如在《論自然》中，愛默生對詩人推崇備至，認為他們“擁有一種能從簡單、平凡的事物中發現精神，能感受世界萬物統一於一體的和諧，而哲學家、科學家和普通人隻看到了世界的一部分而已” 。他說在大自然中“我們心中就會油然而生一種清晰而又富有詩意的感受，正是這種感覺才把一個伐木者眼中的木材與詩人眼中的木材區分開來，在這片視野中，有一種唯有那種能把各部分整合為一的人才能擁有的財產。這樣的人就是詩人。”詩人當然是偉大的，但這並不說明除詩人外的其他人在精神上低人一等。但很顯然，愛默生在讚美詩人的同時已經間接地否定了普羅大眾，這實際上是某種形式上的“等級製度”，與中世紀的宗教或封建等級製度沒有本質區別，隻不過劃分標準由神職或出生的等級變成了所謂的“精神等級”而已；這與現代社會中人們普遍認同的“人人生而平等”的人本主義思想也是直接衝突的，在當時已經開始人本主義轉向的美國和歐洲社會中缺乏群眾基礎和思想號召力。超驗主義式的信仰成了“陽春白雪”式的精神大餐陳列在櫥窗裏，僅供少數知識階層自娛自樂。對於愛默生等超驗主義者來說，超靈無時不在，無處不在，卻又難以理解，無法把握，他們“端坐在靈魂的最高層次上”，卻無視時代發展的脈搏，基本上放棄了那些沒有”直覺”的芸芸眾生，最終使得這個“高屋建瓴”的學說走到了大眾和時代的對立麵，踏上了“反人性”的不歸路。此為其缺陷一。
二、“精神萬能”的唯心主義泥潭
辯證唯物主義的觀點認為，人是物質和精神的統一體，人的精神來源於物質，並要以外化的物質來體現。不依賴物質的精神是不存在的，也無法被感知。所有希望以精神為唯一本體，在否定物質存在的前提下談精神存在的思想都無異於是在搭建空中樓閣，其哲學本質是唯心主義和形而上學。然而超驗主義卻認為人類完善自己的唯一途徑是“憑借直覺從上帝處得到啟示”，而獲得啟示的不二途徑是通過類似於“自我陶醉”和“心靈感悟”的方式和自然以及上帝對話，除此之外任何宗教儀式、自我修養和性格塑造都是多餘的，並且會產生誤導。這種說法與中外一些宗教的修身學說其實沒有本質上的不同 例如中國的道教有“飛身”之說（即指修煉得道之人可以使靈魂脫離肉體駕臨仙界），又如某些宗教講究“靈修”，其實質都是否定甚至排斥人的肉體和外部物質世界與其精神的聯係，認為精神可以獨立於物質，而且隻有獨立於物質的精神才是最純潔、最高境界的精神。超驗主義極力主張用“自我陶醉”和“心靈感知”的方式取代傳統宗教儀式是其“精神萬能”的唯心主義主張的縮影。