此後不久，守仁又作稽山書院《尊經閣記》，“尊經閣”是建在稽山書院的一座藏書閣。
大略道：“聖人之扶人極憂後世而述《六經》也，猶之富家者之父祖，慮其產業庫藏之積，其子孫者或至於遺亡失散，卒困窮而無以自全也，而記籍其家之所有以貽之，使之世守其產業庫藏之積而享用焉，以免於困窮之患。故《六經》者，吾心之記籍也，而《六經》之實則具於吾心；猶之產業庫藏之實，種種色色，具存於其家，其記籍者，特名狀數目而已。而世之學者不知求《六經》之實於吾心，而徒考索於影響之間，牽製於文義之末，硜硜然以為是《六經》矣。是猶富家之子孫，不務守成規享用其產業庫藏之實積，日遺忘散失，至於窶人丐夫，而猶囂囂然指其記籍曰：‘斯吾產業庫藏之積也。’何以異於是？”
在這篇記中，守仁批評了世上的大多數學者不知道從自己的心中去探求六經的實質，隻知道在一些傳聞和注疏之間思考、求索，拘泥於字義的細節之中，並淺陋固執地以為這就是六經了。
作為文章這也是一篇佳作，它連同《瘞旅文》都被選入《古文觀止》。
NO.4 書信論學
還在嘉靖三年四月時，守仁服闋（守喪期滿除服），例應起複，禦史石金等交章論薦，但是當道還是做了冷處理。
轉眼又到了嘉靖四年的六月，已經升任禮部尚書的席書又為疏特薦曰：“生在臣前者見一人，曰楊一清；生在臣後者見一人，曰王守仁。且使親領誥卷，趨闕謝恩。”
結果老當益壯的楊一清得以入閣辦事，次年守仁也有領卷謝恩之召，但此事卻也不了了之。看來皇帝本人對起用守仁也不那麼熱情，縱有一幹弟子、朝廷新貴如方獻夫、黃綰等人積極奔走也無濟於事。
也許在皇帝看來，這個王守仁既功高蓋世，又為人正直，皇帝任性的行事難免要受到陽明先生的掣肘；若到時二人鬧得不愉快，不得已貶抑守仁，皇帝又怕背上惡名。
最關鍵的是，在這場轟轟烈烈的“大議禮之爭”中，守仁作為一位影響力巨大的人物卻沒有明確表態，年輕的皇帝自然要對他心生不滿。
九月，守仁歸餘姚省墓。待他回來之後，見於有些弟子輕易見不到自己從而鬆弛下來，守仁便與廣大弟子們約定今後在龍泉寺之中天閣集會，日期是每個月的初一、初八和十五、二十三這四天。
而且守仁還希望“諸君勿以予之去留為聚散，或五六日，八九日，雖有俗事相妨，亦須破冗一會於此”，即便是自己不在，大家也可以通過經常性的集會彼此切磋、砥礪。
十月，眾弟子一為緩解稽山書院的緊張狀況，一為感念師恩，遂集資立“陽明書院”於越城（紹興的別稱）。
陽明書院在越城西郭門內光相橋之東，十二年之後，巡按禦史門大周還曾建祠於樓前，匾曰：“陽明先生祠”。
由於不為政事所累，守仁在這一時期的閑暇頗多，他的生活也比較單純。
他的主要精力就放在光大心學上，除了常與門人相聚外，守仁還經常以書信與顧璘等眾友人相往還，重點自然還在於學問上的辯難與切磋。學問也像刀子一樣，不常磨它便要生鏽或變鈍，而他人的非難倒像是一塊磨刀石那樣。
轉眼之間又到了嘉靖五年，鄒守益因故被謫判廣德州，他在當地修複古書院以集生徒，並刻《諭俗禮要》以風民俗。