1938年，陶行知結束了歐、美、亞、非26國的訪問行程，回到國內。其時，中國抗日統一戰線已經形成，他有了更大的政治空間推廣他的教育理想。他相信他的“生活教育”的理念有助於堅定中國人養成自立、自強精神，他說：“我相信生活教育必定能夠發出偉大的力量幫助打倒日本帝國主義，幫助創造一個自由平等的新中國，並且幫助創造一個和平互助的新世界。”這一年12月15日，廣集包括國共兩黨在內的社會賢達的生活教育社在廣西桂林省政府禮堂舉行成立大會，陶行知當選為理事長。隨後，他著手籌備創立育才學校，它的對象是教育戰時彙集在重慶的200多萬流浪兒童。
1939年7月20日，育才學校借北碚北溫泉小學校舍舉行了開學典禮。陶行知宣講了該學校的創辦旨趣：“創辦育才的主要意思在於培養人才之幼苗，使得有特殊才能者的幼苗不至於枯萎，而且能夠發展，就必須給予適當的陽光、空氣、水分和養料，並掃除害蟲。我們愛護和培養他們正如園丁一樣，日夜辛勤地工作著，希望他們一天天的生長繁榮。”他強調，學校不是培養專家，而是希望學生能根據各自的興趣，把他們育成專才；更不培養人上人，而是要讓學生從老百姓中來，學成以後再回百姓中去。因此，這裏的教育仍然是普及大眾教育的一部分。
育才學校最後在古聖寺開學，學校沒有入學考試，也沒有升學考試，也不存在所謂的畢業問題，不過要經過必要的智力測試。學校設立專業為音樂、戲劇、繪畫、文學和社會五組，無數當時享譽全國乃至國際的高級知識分子、詩人、音樂家、藝術家紛紛到學校任教。育才學校是中國乃至世界教育史上一所特異的學校，因為它是根據一種全新的教育理念而創設的。它不僅要求其學生有相當的智力，還要測試學生的特殊才能和興趣。與此同時，它的學製規定又是那麼不拘一格，而在教育過程中，始終強調“創造性”的培育。
同時，它在培養學生的品德方麵也是別出心裁，而且至今仍極有啟發意義的。有一天，陶行知校長看到一名男生正要用磚頭砸同學，立即將其製止，並讓他到校長辦公室等候。陶行知回到辦公室，見男生已在等候，便掏出一塊兒糖給他：“這是獎勵你的，因為你按時到了。”接著又掏出一塊兒糖給他：“這是獎勵你的。我不讓你打同學，你立即住手了，說明你很尊重我。”男生將信將疑地接過糖果。陶行知又說：“據了解，你打同學是因為他欺負女生，說明你有正義感。”隨後，掏出第三塊兒糖給他。這時，男生哭著說：“校長，我錯了，同學再不對，我也不能采取這種方式。” 陶行知又拿出第四塊兒糖說：“你已認錯，再獎勵你一塊兒，我的糖給完了，我們的談話也該結束了。”我們至今很難評價育才學校的曆史貢獻，不過，可以肯定的是它為國家培養了不少專門人才。此外它一直在經費極其拮據的情況下運行。盡管它受到進步黨派團體和人士的支持，但國民政府一直對它的存在甚為警惕。陶行知為了保證它的運轉四處奔走而積勞成疾。
1946年7月25日，陶行知這位把自己的一生全部貢獻給中國平民教育的巨人，突發腦溢血在上海去世，享年僅56歲。他的遽然辭世，震動了全國乃至全世界。10月27日，上海各界為他舉行了隆重的追悼大會；同年12月9日，美國紐約也為這位世界級的教育家舉行追悼會，由杜威和馮玉祥擔任名譽主席，威廉霍蘭德擔任主席，美國教育界的各大名流以及留美中國人士出席。陶行知先生備享身後哀榮，他理當享有這樣的榮譽。