到了20世紀60年代，隨著“夫人派”在台灣島內的元氣大傷，宋美齡亦自感無力回天，在蔣經國升遷的仕途上，幹脆來個順水推舟。
1963年，陳誠因健康欠佳，提出辭去“行政院”院長的兼職，由嚴家淦組閣，事前，嚴家淦到蔣介石官邸商量“八部二會”及“政務委員”等的名單，到了初步決定的時候，宋美齡看到閣員名單上，蔣經國仍是“政務委員”兼“退役官兵輔導會主任”，便說：“經國呢？總不能讓他一輩子做特務，做見不得人的事吧。”
蔣介石聽後沉思一會才說：“讓自己的兒子做部長？這樣合適嗎？”接著又說：“就讓他到國防部做副部長，跟俞大維見習見習吧！”宋美齡在旁邊補充：“你不給他機會，怎麼知道他不行？我的看法他很行！”於是，在宋美齡的提示下，蔣經國當上了“國防部”副部長，從此，掌握了台灣當局的“三軍”，建立了鞏固的權力基礎，在通往“接班人”的道路上又進了一步。
1975年4月5日，蔣介石去世，孔家人借憑悼之機，勸宋美齡出山，做國民黨總裁，但蔣經國先行一步，於28日召開中央委員會，修改黨章，以“總裁”之名作紀念留給蔣介石為由，選舉蔣經國擔任黨的主席，孔家失算，宋美齡不久也飛往美國定居。
遠在美國的宋美齡並未放棄對台灣政局的關注，每周二中常會一結束，便打電話詢問情況，因宋美齡年事已高，常常忘記紐約與台北的時差是12到13小時，她下午3點撥電話，而台北正是夜間，蔣經國還在睡夢之中。原來的“總統府”秘書長馬紀壯是北方人，軍人出身，反應不太機靈，常常窮於應付宋美齡的電話，有時說“總統”睡了，有時搪塞說，“總統”不在。宋美齡很是反感，後來，蔣經國得知後，換上了極善“外交辭令”的沈昌煥。宋美齡講上海話，他答上海話，宋美齡說英語，他答英語，語言上的障礙掃除了，宋美齡很是滿意。她與蔣經國之間的“熱線”也就暢通無阻了，他們隨時可以通過電話商討有關台灣大事。
1976年，宋美齡為了追念蔣介石逝世一周年，特地從紐約乘坐“中美號”專機飛台。追思禮過後不久，宋美齡再度束裝赴美，長居美國。
1978年，蔣經國在就任第六任“總統”前夕，曾兩次致電宋美齡，熱切地希望繼母能返回台灣參加他的就職大典，並順便祭奠蔣介石。宋美齡卻稱“深恐睹物生情，哀思蔣公不能自己”而未能成行。
1978年5月20日，蔣經國就任“總統”，宋美齡從美國發去賀電“勉勵”。
1986年秋，塵封11年的士林官邸再現新貌。由於多年未使用，整修後既要符合宋美齡的生活要求，又要保持過去的原貌，這讓台灣省有關部門著實費了一番腦筋。
1986年10月間，蔣經國的健康狀況轉壞，10月30日是蔣介石誕辰100周年紀念日，就在這時，蔣經國派他的三兒子蔣孝勇前往紐約恭迎宋美齡返台。10月23日，宋美齡在蔣孝勇的陪伴下返回台灣，住進了士林官邸。
在蔣介石100周年紀念大會上，宋美齡發表了紀念文章，題目是：《我將再起》。文章發出後，島內大多數政治人士評價，在經曆半個世紀的權力波瀾和人事滄桑後，年近90旬的宋美齡似乎早已看透了政治的本質，徹悟人類權力的險惡，她將不會再留戀“權力”了。
宋美齡在台灣活躍了幾十年，她對台灣當局政府有著深遠的影響，特別是對台灣的夫人派，她的作用非同一般。
在台灣，所謂“夫人派”並不僅僅指年齡層次超過75歲以上的權力精英，還包括當年隨侍蔣介石的國民黨黨政軍的高層人物。蔣經國當政後，這些蔣介石的“老臣”多已退隱山林，但他們的影響力並未消失。
這些元老重臣，在政治上往往是保守的。他們對蔣經國提出的“六大革新方案”，特別是開放黨禁、解除戒嚴、調整“中央民意代表機關”等“政治改革”方案，多有異議。無形中，這些異議便成了蔣經國“改革”的阻力。為了順利改革，蔣經國隻有求救宋美齡。
為什麼宋美齡能助蔣經國一臂之力呢？因為這些元老重臣，諸如張群、黃少穀、何應欽、穀正綱、袁守謙、李國鼎、沈昌煥、秦孝儀等都與宋美齡有著親密的關係。
如果宋美齡出麵安撫元老派，調節蔣經國與元老派之間的矛盾，對雙方都有好處。
宋美齡對此作了積極的調解工作。美國《紐約時報》1986年12月底刊載的一篇專文說，宋美齡對於開放黨禁、解除戒嚴等“開放政治路線”不表反對。相反，她表示支持“政治民主化路線”。
宋美齡返台以後，蔣經國心情很好，家族成員問的來往也非常頻繁，蔣經國經常到士林官邸向繼母請安，互話家常。宋美齡對蔣經國也表現出特別的關心，常留蔣經國吃晚飯。蔣經國在生命的最後幾個月裏，為政事特別操勞，有時候心情鬱悶，胃口不好，宋美齡便特別交待廚師，給他做幾樣家鄉小菜，讓他開胃口。蔣經國如果公事太忙，無法來吃飯，宋美齡便派人把菜送到大直官邸蔣經國住處。由此看來，在蔣經國執政後期，他們母子關係還是和睦的。