1943年7月4日，宋美齡從美國載譽而歸。蔣介石乘機親赴新津機場去接她，但宋美齡卻沒有去新津換機，直接飛往重慶。蔣介石失望而歸，恰恰碰上兒子蔣經國從桂林飛回重慶，同時降落，險些兩機相撞。人們猜測是宋美齡已經聽到傳聞，故意避開蔣介石的。
事實上，從美國回到重慶以後，蔣介石和宋美齡的關係的確不融洽。蔣介石的侍從秘書唐縱在8月15日的日記中寫道：“近來委座與夫人不洽，夫人住在孔公館不歸，委座幾次去接，也不歸。問其原因，夫人私閱委座日記，有傷及孔家者，又行政院長一席，委座欲由宋子文擔任，夫人希望由孔擔任，而反對宋，此事至今尚未解決。”
宋美齡回國後很少在社交和公開場合露麵。偶而同蔣介石一起露麵，也十分冷漠，全然沒有載譽而歸的興奮。這對她的性格來說，是很不尋常的。直到10月初，蔣宋之間依然繼續著“冷戰”狀態。宋美齡住在大姐家裏，蔣介石常在官邸長籲短歎。
蔣宋之間的這種不正常關係或許因為11月的開羅會議有所改善。11月18日，宋美齡陪同蔣介石從重慶飛往開羅。在開羅的一周時間裏，宋美齡繼續發揮她的外交才幹，既是丈夫的翻譯，又是丈夫的特別代表，參與了中、美、英三大國關於戰時問題的協商和戰後一些問題的晤談，她一如既往地維護夫君的一切。雖然再次取得了外交上的一大勝利，但他們夫妻之間的關係並沒有因之和好如初。
到1944年初，各種關於蔣介石新情人和蔣宋婚姻出現危機的傳聞在重慶、成都等一些地方漫天飛舞。這些傳聞甚至驚動了美國駐華使館，政治參讚謝偉思給華盛頓國務院打了報告：
關於蔣家庭發生內部糾葛的消息在重慶真是傳說紛紛。幾乎每個人都能為已普遍被人接受的消息提供一些新的細節和說法，即委員長找到一個情婦，因此，使他與夫人的關係至少說也是處於緊張狀態。傳言是如此之多，看來必定是出了問題。
“按通常情況來說，關於政府領導人私生活的這種謠傳，不會被認為屬於政治報道的範疇。可是，在中國情況不是如此，與事情有關的人是一個獨裁者，他與他妻子家族之間的關係，在中國具有超乎一切的重要性。這種關係由於委員長與宋子文之間關係緊張已受到削弱。如果性格傲慢而拘守宗教戒律的夫人與她的丈夫公開決裂，蔣氏王朝就會陷於分裂，在中國和海外產生的影響都可能是嚴重的。甚至，如果當前的情況逐漸為國外所知——幾乎肯定和必然如此，也會使委員長和夫人的威信受到巨大損失。
1943年8月，國民黨五屆十一中全會選舉蔣介石為國民政府主席兼行政院長，又規定國民政府主席為海陸空軍大元帥。雖然蔣介石名正言順地集黨政軍大權於一身，宋美齡也成為名正言順的“第一夫人”，但是他們夫妻二人的威信在1944年卻遭遇了嚴重考驗。所有關於蔣介石新情人的消息可能都是謠言，但它們都廣泛流傳被人消息，沒有人試圖否認也沒有人拒絕傳播。
蔣介石不得不出來辟謠，據推測是宋美齡堅持讓他這樣做的。當時擔任外交部政務次長的吳國楨回憶說：1944年6月的一個上午，蔣介石決定在重慶歌樂山官邸舉行茶會，要他早到數分鍾。他到達時時間尚早，但禮堂裏兩三百座位幾無虛席。讓他奇怪的還有，參加人員中外國新聞記者和外國教會人員到了不少，本國記者卻不見一人，外國使節也沒有被邀請。蔣介石見到吳國楨後，吩咐他謹慎翻譯即將進行的演講。名為演講，實際卻是就社會上流傳的關於他的“緋聞”向社會的人士澄清。
《吳國楨傳》說，蔣介石上台開口說話時，神色忽顯緊張，口舌遲鈍，講話極為吃力，與往常判若兩人。吳國楨翻譯時也很吃力，宋美齡眉宇間顯露不悅之色。在半小時的時間，蔣介石反反複複強調自己自與宋美齡結婚後，已成為基督的忠實信徒，從不犯奸淫，堅決否認自己在夫人出國期間另有新歡。他還告訴大家自己終日行動，都有人在旁隨從，並做記錄，沒有絲毫單獨活動的空閑時間。