正雪之父彌右衛門與其叔父太郎右衛門被捕後送至江戶，在毫不知情的情況下，就與丸橋忠彌一起先後被處以極刑。其母則在此之前就已投水自盡而亡。
而熊穀三郎兵衛則既沒有在旅館梅屋被捕，也沒有發現其屍體。不過很快，就在七月二十九日於芝西久保的取土場發現他的屍體，了結了此事。
金井半兵衛潛藏於大阪，想著應設法將所謂事情的真相留下後再死。他自盡於大阪的天王寺，遺書上的日期為八月十三日。
根據進士慶稈氏的《由井正雪》（人物叢書），其內容如下：
一、根據加之於由井正雪的罪行，嚴厲盤查其族人是理所當然的。但是，其族人根本毫不知情，且大部分相隔甚遠，便是緊急之事也無法聯絡。加之，也不可能將如此大事告知婦女孩童。
二、對我而言，自我年少時便尊正雪為吾師。師傅將如此重大之事告之於我，徹夜商談，作為弟子，我又怎能推辭呢？我本已然作好覺悟，伺機而行，以完成吾師遺誌。然事到如今，甚至連我之養父母及其他被通緝之人父母等毫不知情的人也將遭受殘酷盤查，但望我的自盡，可抵消數冤屈之罪罰。
三、正雪並非為圖謀一己私欲而策劃此次事件。先君（家光將軍）辭世後，政道失仁，武家、出家人、農商業者皆感愁苦不堪。吾輩皆望能申訴此事，才召集了浪人。因此，即便是自取滅亡，隻要是為了天下善政，又何惜我一人之命，此計劃並非無道也。
四、家父市左衛門對此計劃絲毫不知情。丸橋忠彌被捕之時的騷亂中，我未曾告訴父親任何事由，隻因想救他一命而帶至此地。但家父卻因傷心於族人無故遭受牽連，而投身於長柄之川自盡了結，實在是不孝之至。
五、家父並不知此計劃，但仍投水自盡。父母之於子女的關心係不分貴賤之大愛。若家父知情，將會作何感想？會準我助正雪一臂之力否？我若不助正雪，是為不義。因此，未曾告知父親。另，如此般重大之事情，縱然是至親也不能與之明說啊。
六、家仆六藏年僅十七，因是傭人，也不曾告知。
七、我之所以剃掉鬢發和發髻，皆因不變容貌則無法成功遁匿。
上述一番表白，是希冀與能夠救助養父母一族，和在不知情的情況下曾共事之眾人，以及六藏和其父母等人。隻有行仁慈而賞罰分明之政道，一同守護禦旨，才可長治久安。
八月十三日 正教（印）
江戶
禦奉行
大阪
該遺書也和正雪的一樣，采用了未提一字真相卻處處隱含真相的巧妙寫法，強調了逮捕一方對於丸橋忠彌的誤解。正雪指明是因嚴謹居士酒井讃岐守施惡政，為使他反省才起事的；而金井半兵衛則說，因為這是身為自己恩師的正雪所提出的事情，所以就參加了，“師傅將如此重大之事告之於我，徹夜商談，作為弟子，我又怎能推辭呢”。非常簡單明了，而又很奇妙地有其義理在其中，之後又為正雪進行辯護。
“正雪並非為圖謀一己私欲而策劃此次事件。先君（家光將軍）辭世後，政道失仁，武家、出家人、農商業者皆感愁苦不堪。”半兵衛在這裏已把話題岔開了。
這之後，他又講述了父親投身長柄川的痛苦回憶，而關於紀州賴宣則一絲不苟地固守原則，未曾泄露隻語片言。
這其實是最令幕府不知如何處理而為難至極之處。
幕府於三十日將目付石河三右衛門利政遣往駿府，然後把正雪的遺骸運往江戶處以磔刑。與此同時，通過周旋，把磔刑的日子與忠彌處刑同樣安排在八月十日。這在《德川實紀》中有清楚的記載。然而，七月二十六日清晨切腹自盡的遺骸，是無法毫無損壞地保存到八月十日的。
有這樣一種傳聞，說目付石河三右衛門隻把潰爛的首級用鹽醃過之後帶回了江戶，勉強以首級進行了磔刑。另一種傳聞則說，連首級也已完全損毀無法運送了，因而丸橋忠彌處刑時的磔刑，隻存在於《德川實紀》中。