不久，朝廷調任曾國藩為兩江總督，並派刑部尚書鄭敦謹為欽差，帶兩名郎中為助手，一起趕赴江寧審理此案。鄭敦謹素有“鐵麵無私大法官”的稱號，一到江寧就關門審案。可一連審了好幾日，張汶祥並不改口，曾國藩坐在一旁隻聽不言。鄭敦謹滿腹狐疑，私下問曾有何看法。曾國藩的態度不冷不熱，淡淡地說：“看來，也隻好照張之萬他們的原奏之法了結此案了”。鄭敦謹聽後心裏一下子冷了半截，隨即又恍然大悟，明白此案是不能再深究下去了。於是，他就按原來擬定的罪名，草草結案。
參審的孫衣言對此不敢苟同，曾當麵質疑鄭敦謹，鄭推出曾國藩作擋箭牌。孫衣言礙於曾國藩的情麵，終究不能窮追究底，還馬新貽一個清白，畢竟他官小言微，也沒這個能耐。再說曾國藩對孫衣言同樣有知遇之恩，當年廷試時，曾國藩是讀卷師。正是曾公的賞識，將其擢拔為第六名進士。同治元年（1862），又引薦他出任廬、鳳、潁兵備道。兩年前孫衣言初到江寧時，正逢曾國藩調任直隸總督，曾還纂書聯句：“大筆高名海內外，君來我去天東南。”贈孫衣言留別。足見座主門生，兩人的關係非同尋常。
不過，結案奏章須所有參審人員一一“書諾”（即認可並願意負責），孫衣言拒不“書諾”。這個字簽下去，畢竟有違讀書人的道德良心。盡管孫衣言、袁保慶兩人都沒有簽名，但結案奏章最終還是以四百裏加急送出去了。
其實，鄭敦謹心裏也是有苦難言，未等聖旨下達，隨即離開江寧。曾國藩依例奉上“程儀”，鄭分文未取，兩個郎中各受紋銀500兩。三人行至清江，鄭敦謹打發兩個郎中回京複命，自己則寫奏折稱病不能任職，請求開缺。清廷不允，給假兩個月養病。鄭敦謹自行棄官回鄉，且終生不再為官。
朝廷下詔厚葬馬新貽，張汶祥被淩遲處死，並剖心致祭。孫衣言應邀為馬新貽撰寫《神道碑銘》。他慷慨激憤，將內心不滿宣泄無遺：“賊悍且狡，非酷刑不能得實，而叛逆遺孽刺殺我大臣，非律所有，宜以經斷用重典，使天下有所畏懼。而獄已具且結，衣言遂不書諾。嗚呼！衣言之所以奮其愚憨為公力爭，亦豈獨為公一人也哉！”
此文一出，朝野震驚，輿論大嘩。然而，清朝統治者總不能為了一個死人，去動搖大清江山吧！斯人已逝，無非加恩賜恤，以慰忠魂罷了。參審刺馬案的孫衣言，不爭一時爭千秋。他的秉筆直書，充分顯示出一位正直知識分子的血性與骨氣。這與他在家鄉留下的“玉海藏書樓”一樣，都足以讓我們這些晚輩為之驕傲。