(1914年—1931年)
1914年(民國3年)，馮玉祥32歲
春，馮隨北洋政府任命的“剿匪”督辦陸建章(馮之嶽父)由河南入陝，鎮壓白朗領導反對袁世凱的農民起義軍。時馮任警衛軍左翼第一旅旅長兼第一團團長。
5月末，馮部又奉命改編為警衛軍第十四旅，馮仍為旅長。
6月初，馮率部經河南澠池、陝州入潼關，進至陝西臨潼。
當時白朗討袁義軍已到達甘肅，涉過渭河，占據天水以西各地。馮奉命會同警衛軍第八師和趙倜的毅軍“協剿”白朗起義軍。馮將至甘肅涇川，白朗義軍折而東進，複回攻陝西，一時長安震動。遂急調馮部回援，未曾到達長安，白朗義軍已由子午穀入山，並出荊紫關再轉戰豫西一帶。6月末，馮部經臨潼、靈寶循原路回駐陝州。
8月，白朗在其家鄉河南寶豐戰死，起義軍潰散。時陸建章已代張鳳翔接任陝西督軍，馮部又奉調開赴長安，分駐關中各縣。
10月，馮部改編為第十六混成旅，馮為旅長，蔣鴻遇為參謀長，歸北洋政府直接指揮。馮成立模範連，開始對部隊施以嚴格的正規教育。同年，馮玉祥接受牧師劉芳的洗禮皈依基督教，被稱為“基督將軍”。
11月，四川發生兵變，為免波及陝南，馮奉命率部進駐勉縣、褒城，擔任陝南鎮守使。馮仍留一營駐長安，一營駐風翔。
馮駐陝南時，大力練兵，並編寫《精神書》，以傳統道德、基督教義和愛國精神教化官兵，以維係部隊的團結和提高戰鬥力。
1915年(民國4年)，馮玉祥33歲
是年，袁世凱積極籌備帝製。1月18日，日本利用袁稱帝心切的心理，向袁提出了企圖滅亡中國的“二十一條”，以此作為支持其稱帝的交換條件。
2月，袁世凱為控製四川，派心腹將領陳宦取代胡景伊為四川督軍。陳宦率李炳之的第一混成旅及汪祥禎的中央第四混成旅入川。袁世凱又令馮玉祥的第十六混成旅進駐川北。
陸建章為保留陝西地盤，令馮入川，但留兩團人馬駐勉縣、長安、鳳翔一帶。
6月，馮在四川閬中時，連續收到陝西和成都方麵來電擁護袁世凱稱帝。馮斷然拒絕“北洋三傑”之一的王士珍領銜的北洋軍官通電上簽字。這個通電是擁護袁世凱稱帝的，除馮外，整個北洋係統少將以上的軍人統統列名。
12月25日，蔡鍔在雲南組織護國軍，舉兵討袁。馮玉祥經與部下張之江、蔣鴻遇、李鳴鍾協商後，與蔡鍔取得聯係。
1916年(民國5年)，馮玉祥34歲
袁世凱公然恢複帝製，激起全國人民的無比憤怒和強烈反對，不僅蔡鍔軍在雲南舉起討袁大旗，而且貴、桂、湘、川等省也紛紛響應。5月22日，馮玉祥逼迫陳宦宣布四川獨立，改編部隊為護國軍第五師，挫敗了袁稱帝的陰謀。6月6日，在全國人民的唾罵聲中，袁世凱憂病而死。
7月，馮玉祥為避免所部被長期分隔於川、陝兩地的危險，在未經皖係中央同意的情況下，毅然由四川劍閣北上，率部抵達漢中。到漢中後，馮玉祥招集留陝的舊部回到十六混成旅序列。
9月，馮率部離漢中取道漢水，經襄陽、樊城到漢口，又轉乘火車北上廊坊，從而結束了駐陝入川的3年曆史。
1921年(民國10年)馮玉祥39歲
北洋政府派馮玉祥率領第十六混成旅協助新任陝西督軍閻相文入陝，並驅逐皖係原督軍陳樹藩離陝。
6月，馮部入長安。
7月，馮部進駐鹹陽，陳樹藩逃往漢中。
8月，奉北洋政府令，第十六混成旅擴編為陸軍第十一師，馮任師長。馮按閻督軍手令，在西安講武堂誘殺原陝西靖國軍第一路司令郭堅。
8月23日夜半，陝督閻相文服毒自殺。8月25日，馮被北洋政府任命為陝西督軍，為統一全省軍令，整頓陝局，減輕人民負擔，將原陝西靖國軍中實力較強、軍紀較嚴的第四路胡景翼部改編為暫編陝西陸軍第一師，開出關外，駐防京漢路順德、彰德一帶。並宣布吳新田為陝南鎮守使，率部開往漢中，肅清陳樹藩殘部。
馮在任陝督時，深感原督軍署建築帶有較濃的封建氣息，且與軍隊駐地相距太遠，與民眾更其隔閡。於是選擇荒無人煙的舊皇城(明代秦王府)為駐兵之地，馮親率衛隊營士兵即在此地修建新督署。