李紅旗依據新形勢下黨建工作和現代企業製度的新要求，組織修訂完善了“院黨政工團職責分工條例”、“基層黨群基礎工作規範”等一係列規章製度，以完善的製度保證了黨組織政治核心作用的有效發揮。與黨委班子其他成員客觀分析了導彈院麵臨的機遇和挑戰，提出了建設“國際先進、和諧創新”的研究院的長遠發展目標，明確了實施步驟，為導彈院持續健康快速協調發展理清了思路，明確了方向。堅持領導幹部以“組織監督、群眾監督、職能部門監督、輿論監督、自我監督”為主要內容的“五位一體”監督機製、領導幹部與基層單位的聯係製度、每周末接待群眾來訪製度等，進一步密切了幹群關係。院領導班子連續兩年獲得集團公司優秀“四好”領導班子稱號。
李紅旗始終把人才培養作為黨委工作的重要內容。提出並實踐了“事業凝聚，型號培養，製度保證，典型激勵，環境陶冶”的培養措施，實現了“研製一個型號，培養一批人才”的目標。在黨委的領導下，製定了研究院、主體專業和職工個人3個層次的發展規劃，疏通了科技人員、技能工人、管理人員三類人才成長通道，建立了“給想幹者機遇、給能幹者舞台、給幹成者待遇”的良好三個用人機製，營造了良好的工作環境、生活環境和人際關係環境。通過一係列舉措，促進了“以人為本、優化結構、促進職工與事業共同發展”的人才戰略的落實。
李紅旗把建設優秀的企業文化作為提升企業核心競爭力、促進事業長遠發展的重要舉措。在弘揚、實踐中國一航文化的基礎上，緊密結合研究院實際，建立了獨具特色的“霹靂文化”。提煉了“報國、卓越、創新、和諧”的霹靂文化內涵；實踐了“戰略規劃、型號發展、人才培養、管理創新、品牌塑造、行為規範”六大文化建設載體；建立了“環境文化、崗位文化、行為文化”文化建設的三大途徑；提出了“長效學習、組織領導、上下溝通、投入保障、工作考核”5個推進機製，使導彈院的企業文化建設落地生根，獨具特色，並不斷發展。
在李紅旗的帶領下，導彈院先後獲得“全國精神文明建設先進單位”、“中國企業文化示範基地”、“全國和諧勞動關係優秀企業”、“河南省優秀黨組織”，多次被評為集團公司和河南省軍工係統思想政治工作先進單位。李紅旗也多次被評為優秀思想政治工作者。