“飛豹”飛機填補了我國殲擊轟炸機的空白，是航空工業重大技術創新。1999年中國“飛豹”飛機榮獲部級科技進步一等獎，國家級科技進步特等獎。
1994年，在所型號任務麵臨斷線的緊要關頭，李洪毅及早謀劃，最早提出了“飛豹”改進型的可行性方案，積極開展市場調研，組織撰寫了近100萬字的技術報告。同時，充分利用一切渠道，不遺餘力，不厭其煩，堅持不懈地宣傳、說明，爭取改進型立項。通過努力，1999年7月中央軍委批準進一步發展我國對地攻擊戰鬥機的立項研製。
在幾個項目相繼受挫後，李洪毅提出民用飛機研製要從支線起步的思路。2000年2月，國務院做出支持研製民用支線飛機的重大決策。為此，李洪毅對所內部機製進行了大膽的改革，建立並完善了“一體兩翼，分解發展”機製，堅持科研、民品、三產實行獨立核算，自我發展，推行兩級經營，形成了全所協調一致，眼睛向內挖潛力，眼睛向外找市場，競相發展、健康向上的管理機製。
李洪毅本著對研究所長遠發展負責的精神，一方麵真心實意地培養選拔優秀年輕幹部，使研究所鍛煉成長了一大批優秀的年輕骨幹。一方麵，麵對所經濟處於極端困難的情況，千方百計籌集資金，改善職工福利待遇，較好地穩定了科研隊伍，保住了科研人才，為研究所今後的發展打下了堅實的基礎。
李洪毅主持研究的“軍用飛機飛行品質規範研究與編寫”、“帶自動控製係統飛機飛行力學研究”等大型課題項目，分別獲得航空部一、二等科技成果獎。著有《軍用飛機飛行品質規範及背景材料和使用說明》、《控製增穩係統與飛行品質》等著作。在部省級和國家級刊物上發表《論我國民用飛機發展途徑》、《MPC項目合作的管理實踐與體會》等40多篇學術研究論文，表現出很高的理論水平。
1990—2000年期間，李洪毅主持組織開展了270項科研課題研究，榮獲國家進步獎10項，部、省級科技進步獎60多項，科研收入較1990年增長了40%。民品和三產總產值由1995年的500萬元猛增到1999年的5900多萬元，固定資產增加了1．2億元，開辟了科研新區和民品園區。
李洪毅帶領全所幹部職工艱苦奮鬥，自力更生，開拓創新。在任期間，研究所1998年被評為航空工業總公司有重大貢獻單位，陝西省文明單位標兵。