郝懿行學問淵博，治學嚴謹，造詣最深的是經學。他的代表作《爾雅義疏》《爾雅》是我國古代解釋語辭和名物術語的一部訓詁專書，成書於漢代，唐代列為經典之一。由於它的說解過於簡略，很難讓人掌握每個詞的具體意義，從東漢至清代，有不少注疏家為它作注。在郝懿行稍前，就有著名經學家邵晉涵撰《爾雅正義》。但是郝懿行認為，邵晉涵的《爾雅正義》，雖然搜集資料較廣，可是在音韻、訓詁方麵還有許多地方講不通，也沒有多少新的創見。因此，他立誌對《爾雅》作進一步的疏解，不僅能明其然，更要明其所以然。
郝懿行本人“精訓詁”，長於音韻，他曾在鄉下居住過多年，早就留心草木蟲魚等各種動植物，作過詳細的考察研究。每當他遇有疑難問題，總是細心地詢問當地老農和知情的人，回家後再翻檢書籍，一一對照。他把這些多年的調查研究用於《爾雅》的注疏。同時，他還經常和妻子以及好友進行商討，注疏中的許多見解就是采納了他們的意見。《爾雅》注疏草稿寫成以後，曾反複修改，數易其稿，直到晚年才最後修訂定稿，這就使《爾雅義疏》超過了以往各家注疏。書成以後，王念孫特意校點了全書，並把書交給當時著名的經學家、校勘學家阮元刊刻行世。
此外，郝懿行的《山海經箋疏》也是為時人所推重的一部書。《山海經》約成書於戰國時期，秦漢兩代陸續有所增刪；內容主要是記述各地的山川、道裏、部族，物產、祭祀以及原始風俗等等，保存了不少遠古的神話傳說和史地文獻資料，自東漢以來有不少注家為這部書作注。郝懿行在前人的基礎上，廣征博引，正名辨物，刊正疏謬，進一步從音韻訓詁方麵作了不少補正，他的補正超過了當代吳任臣的《山海經廣注》和畢沅的《山海經新校正》等書，被稱為“實事求是之學”。
嘉慶二十五年（公元1820年），年已六十六歲的郝懿行奉旨補缺，任戶部江南司主事，三年以後就病故了。
郝懿行一生的著作很多，有《爾雅義疏》《春秋說略》、《易說》《書說》、《詩說》《鄭氏禮記箋》、《詩經拾遺》、《汲塚周書輯要》《竹書紀年校正》《苟子補注》、《山海經箋蔬》《宋瑣語》《晉宋書故》《寶訓》以及《蜂衙小紀》、曬書堂《筆錄》《筆記》、《詩文集》等，已刊和未刊者合起來約有六十多種。
他在整理我國古典文化方麵作出了卓越的成績。他的著作“精博邃密，足資考證”，是留給後人的寶貴文化財富。他把畢生精力貢獻於祖國文化事業，這種精神是值得肯定和學習的。