在波蘭首都華沙西北約213公裏的地方，有一座美麗的城市——托倫，這就是偉大天文學家尼古拉·哥白尼的故鄉。他於1473年2月19日出生在那裏。
在哥白尼生活的時代，托倫曾是一座富有的城市，商業和手工業相當發達。
哥白尼出生之前，托倫曾長期處於十字騎士團的統治下。後來，托倫人不堪忍受壓迫，同其他城市的居民一道掀起了反抗騎士團的鬥爭。他們向波蘭國王卡齊米日·雅蓋隆奇克提出請求，請他解放被騎士團占領的地區。於是爆發了波蘭曆史上長達13年之久的戰爭。戰爭最後以1466年簽訂《托倫和約》宣告結束。戰爭結束時，格但斯克沿海地區回到了波蘭懷抱，同時也使瓦爾米亞並入了波蘭版圖。鑒於托倫人民做出的貢獻和托倫所處的經濟地位，幾代波蘭國王先後授予托倫一些特殊權利。托倫不僅同國內各大城市，如克拉科夫、弗羅茨瓦夫和格但斯克等保持著密切的經濟關係，而且同幾乎遍布整個歐洲的許多外國城市保持著頻繁的貿易往來。
在哥白尼生活的時代，托倫的人口約有15000人，其中大約有1/3居住在城外。城內的中心市場周圍居住著有錢有勢的顯赫人家。城外住的則主要是貧民。這些貧民常常遭受強盜、匪徒的襲擊和掠奪。15世紀的托倫由這樣兩部分組成：古城及其旁邊形成的新城。兩個城區以十字騎士團城堡作為分界線。這座城堡於1454年被反抗十字騎士團的起義者摧毀，遺址一直保存至今。
哥白尼出生在位於托倫古城聖安娜街的一座房子裏。1849年，這座房子被一位商人買下，房子的門麵被改建。哥白尼生活時期，這座房子像附近其他樓房一樣，是一幢狹窄的3層樓，每一層的正麵有3個窗戶。因為這座房子離維斯瓦河的碼頭很近，所以小哥白尼從自家窗口便能看到維斯瓦河裏來往如梭的商船。這些船有的滿載糧食、蜂蜜、柏油、石蠟、銅和裘皮，駛向格但斯克海港；有的從格但斯克返回。返航的船舶裝載的多是鯡魚、海鹽、衣料，甚至也有來自阿拉伯國家的貨物。在這繁忙的河道裏還時常有放木工人流放木排。托倫不僅是波蘭和當時的友好國家匈牙利的貨物轉運港，也是德國、斯堪的納維亞國家、英國和意大利的貨物轉運港。托倫商人的足跡幾乎遍布整個歐洲。
托倫像克拉科夫、格但斯克和埃爾布隆格一樣，也加入了北歐城市建立的漢薩同盟，該同盟的宗旨主要是維護自身的貿易特權。15世紀上半葉，托倫處於鼎盛時期，是一座強大和富有的城市。少年時期的哥白尼經常看到來自天涯海角的外國人，他們為托倫帶來了遙遠世界的信息。哥白尼時常聆聽從克拉科夫或國外什麼地方返回的托倫人講述他們的旅途見聞。這一切使哥白尼大開眼界，增長不少見識。
尼古拉·哥白尼的父親也叫尼古拉，他不僅是一位能幹的商人，還是古城議會的議員。母親巴爾巴拉·瓦茲洛德是名門閨秀。所以哥白尼的童年是幸福的和無憂無慮的。他在位於聖安娜街的家裏度過了自己的幼年。1480年，7歲的哥白尼同父母一道搬入緊靠古城市場的一座更為講究的房子。可惜這座房子在1906年被炸毀了，在這塊地方修起了一座百貨商店。哥白尼的父母閑暇時，常常帶孩子們到離城有一小時路程的卡會喬萊克村去，在那裏位於維斯瓦河畔的葡萄園中，有父親建造的一座消夏別墅。
關於哥白尼的生活情況，至今仍有許多不解之謎。哥白尼的學生曾為他撰寫過一篇傳記，可惜這篇傳記在紐倫堡遺失了。第二篇關於哥白尼的傳記是在他死後大約200年時追記的。所以關於哥白尼的生平情況，有許多事情已經成為永久的秘密。不少情況是經學者反複考證才得以確認的，還有一些是根據當時的時代背景，依據他同時代人的工作和生活情景推斷出來的。
哥白尼誕生的時候，已是托倫擺脫十字騎士團統治的第19個年頭，高居波蘭王位的是波蘭曆史上最傑出的國王之一的卡齊米日·雅蓋隆奇克。他像自己的父王瓦迪斯瓦夫·雅蓋沃一樣，同十字騎士團進行了戰鬥，並且贏得了勝利。哥白尼的先輩參加了同騎士團的鬥爭。
哥白尼祖輩的原籍是西裏西亞地區尼斯河畔的一座叫哥白尼的村莊。關於哥白尼這個姓氏的來曆眾說紛紜。有人說它同采銅或做銅的生意有關；也有人依據中世紀有關西裏西亞的文獻記載推斷說，它同讀音相似的另一種姓氏有關。哥白尼家族的人，一部分分散在西裏西亞的城鎮裏，另一部分大約在1367年遷移到克拉科夫居住。百年後又從克拉科夫遷移到托倫和裏沃夫。克拉科夫是當時波蘭的首都，對人們很有吸引力，不斷有人從其他城市，甚至從尚不屬於波蘭管轄的地區或鄰國遷居到這裏來。在卡齊米日·維爾基統治時期，波蘭的手工業興盛起來，商業活動十分活躍。有好幾位姓哥白尼的人，其中有軍械匠、公共澡堂管理人、鞋匠和商人。在1422年至1429年的史料中多次提到一位叫揚·哥白尼的商人，他就是天文學家哥白尼的爺爺。哥白尼在克拉科夫大學讀書時同爺爺有過很多接觸。
哥白尼的母親巴爾拉的祖籍也是西裏西亞。西裏西亞的希維德尼克縣有一個瓦茲洛德村。14世紀時瓦茲洛德家族居住在弗羅茨瓦夫，14世紀末葉遷移到托倫。哥白尼的外公烏卡什·瓦茲洛德曾任托倫市議員，後任市議長，是一位很有影響的人物。他堅決反對十字騎士團，參與了普魯士反十字騎士團起義的準備工作。曾任普魯士反十字騎士團聯盟的司庫。1453年，他作為托倫代表參加了在格魯瓊茲舉行的一次代表會議，參與籌備了反十字騎士團起義。這次起義拉開了13年戰爭的序幕。烏卡什·瓦茲洛德在馬爾堡和瓦辛親自參加了戰鬥，並在戰鬥中負傷。為了支援戰爭，他把自己的財富全部借給托倫使用。1461年，他作為特使到比得哥什晉謁波蘭國王卡齊米日·雅蓋隆奇克，強烈要求波蘭國王對十字騎士團采取堅決的戰爭行動。他使用激將法威脅說，如果波蘭國王不采取比較有力的軍事行動，普魯士就要同波蘭脫離關係。從不允許任何人冒犯的波蘭君主，對這位托倫貴族的傲慢卻采取了視而不見的態度。可惜，哥白尼的外公在1462年去世了，沒能看到對十字騎士團戰爭的勝利。正是這樣一位老人通過他的舉止言行教育了自己的孩子們：哥白尼的媽媽巴爾巴拉、卡塔日娜和烏卡什。烏卡什後來擔任了瓦爾米亞主教，成為哥白尼的養育者和庇護人。
哥白尼的父親尼古拉，生於克拉科夫。1448年時已經是一位很有名望的商人，在克拉科夫和格但斯克之間做著大宗銅的生意。大約在1458年，他從克拉科夫遷居到托倫。在沿海城市反抗十字騎士團統治爭取解放鬥爭的初期，他作為中介人參加了紅衣主教茲比格涅夫奧萊希尼茨基同普魯士各界代表之間的經濟談判，討論如何償還波蘭同十字騎士團交戰期間的軍事債務問題。大約在40歲的時候，他同巴爾巴拉·瓦茲洛德結為夫妻。他們的兒子在愛國主義、關心國家大事和熱心公益事業思想的熏陶下成長起來。但這種愛國主義同今天普遍理解的愛國主義不盡相同。當時人們關心的主要是本地區的利益。哥白尼故鄉普魯士的居民就對關係到他們所在地區的事情特別敏感。在波蘭王國裏，他們享有很大的獨立性。鑒於他們麵臨的外部危險，特別是來自十字騎士團的威脅，波蘭統治者對他們倍加關懷。他們在同波蘭保持緊密聯係的同時，特別強調自己的特殊性和自治性。由此可見，在這一地區已經形成了一種特有的普魯士愛國主義，這同整個國家的利益是並行不悖的。這樣一種地區性的愛國主義精神哺育了哥白尼，他始終感到自己同故土是緊密聯係在一起的。1483年，哥白尼的父親去世，身後留下了4個孩子：10歲的尼古拉、安傑伊、巴爾巴拉和卡塔日娜。巴爾巴拉出家進了修道院，後來在海烏姆諾的一所修道院當了院長。卡塔日娜後來嫁給托倫市議員巴特沃米伊·格特納為妻。安傑伊和尼古拉當時繼續上學，以便以後從事神職工作。尼古拉同自己的哥哥安傑伊始終保持著最密切的聯係，他們大概是一道接受了初級教育，然後又一道在克拉科夫和羅馬上大學。安傑伊去世比較早，大約死於1520年。
哥白尼童年時代是在自己的家裏接受教育的，因為他的父母是有能力聘請家庭教師的。後來才進入當地學校讀書，學校的師資水平很高。至於後來克拉科夫學院裏教他課的老師更是傑出。當時正是這所學院輝煌發展的時期，它不僅對波蘭的青年具有很大魅力，同時也吸引了不少外國留學生。
哥白尼誕生那年，托倫學校的校長是哥白尼的舅舅烏卡什·瓦茲洛德。舅舅是在意大利讀完大學以後返回波蘭任教的。後來在哥白尼童年時期，托倫學校的校長是來自格魯瓊茲的一位叫楊的人，他是克拉科夫學院法律係畢業生。大概正是在這所“聖楊”的學校裏，哥白尼首次接觸到天文學。遠在哥白尼出世之前，這所學校裏就有一些教員特別愛好天文學，他們把一些重要的天文學論著帶進了托倫。哥白尼的鄰居康拉德·格塞倫也曾擔任這所“聖楊”學校的負責人，他就是一位天文學者。哥白尼的父母肯定向哥白尼講述過這位有學問的鄰居，正是這位格塞倫把一些手抄的有關天體的論著奉獻給了托倫。如果認為當時做生意的商人不識字，那簡直是不可思議的，農民會寫字在當時也不算什麼稀奇事。哥白尼時代，神職人員已經失去了對知識的壟斷權。在這方麵，國王卡齊米日·維爾基是有功勞的。雖然國王本人似乎一直是文盲，但他卻很重視科學。是他創建最早的大學之一。對學習知識最感興趣的是市民階層。貴族在這一時期也拋棄了所謂知識會削弱戰鬥力的偏見，以絲毫不亞於對弓箭的興趣同筆墨打起交道來。
托倫的教育事業幾乎是同城市一道發展起來的。在公元1245年的曆史文獻中，就曾提到過托倫的新城學校。過了30年之後，古城負責人在同“聖楊”教區神甫簽訂的一份契約中聲明：在“聖楊”教區建立學校是古城，而不是教會的功勞，這所學校“從未歸屬於教會”。通過這種方式，市政當局重申了自己辦教育的權力。由此可見，這所“聖楊”學校是一所世俗學校，不是教會學校。15世紀初擔任學校領導人的是一位碩士，很可能是1400年國王瓦迪斯瓦夫·雅蓋沃和王後雅德維加恢複起來的克拉科夫學院的畢業生。關於這所學校，當時的史料很少記載。但從為數不多的史料中，我們得知該校當時的幾位校長的名字，其中有盧德維克·沃爾格穆特和哥白尼的舅舅烏卡什·瓦茲洛德這樣一些著名人物。
教育的發展，波蘭當時走在歐洲國家前列。平均每千人有一所世俗學校或教會學校。中世紀的最後200年是波蘭教育事業大發展時期。在國王卡齊米日·雅蓋隆奇克統治的後期，全國有4/5的農村都辦起了學校，城鄉學校的總數多達3500所左右。哥白尼是在時代更替時期上學讀書的。那時的學校還是中世紀的學校，但學校裏已經出現一些文藝複興的跡象，這自然是由教員帶進學校的。當時初級教會學校的學生必須學習所謂3門人文課程，即必須學會用拉丁文讀書和寫字，以及掌握基礎數學。掌握基礎數學對年輕市民來說是十分重要的。當時幾乎沒有什麼教科書，因為印刷術尚未普及，印書的費用十分昂貴。學生必須把老師講的東西全部記在腦子裏，督促學生學習的工具，就是老師手中的教鞭。起初，學校隻教學生祈禱和用拉丁文唱詩所需要的知識，為做彌撒和準確計算宗教節日服務。但實際生活和需要遠遠超出了這最低綱領規定的範圍。於是便出現了一些不是宗教活動，而是世俗事業所需要的新的科目。學生除了學習中世紀的作品外，逐漸開始接觸古典作品，後來又擴大到當代作品。但這些知識一般是在高一級的學校講授的，這種高級學校相當於現在的中學。哥白尼在這種學校裏學習了4種人文課程。在這裏接觸了天文學，天文學是準確使用複雜的教會日曆所必需的。當時哥白尼對文岑迪·卡德烏貝克編著的《波蘭紀事》一書著了迷，通過它了解了波蘭曆史。
母親的去世打破了哥白尼無憂無慮的童年生活。母親去世後的初期，大概是姨媽照料他。舅舅烏卡什·瓦茲洛德從羅馬回來後，就由舅舅擔起了照料的義務。舅舅把外甥安傑伊和哥白尼一起帶到利茲巴克的主教城堡裏，從此舅舅烏什便成了哥白尼的熱心養育者和有力的庇護人。哥白尼也開始到海烏姆諾的學校讀書。哥白尼的姨媽卡塔日娜和姐姐巴爾巴拉就住在海烏姆諾，舅舅從羅馬回來之前，她們有能力照料哥白尼。海烏姆諾的學校是來自荷蘭茲沃勒的一對兄弟開辦的。兄弟倆的職業就是辦學校和出版書籍。他們希望向青少年灌輸改良宗教和道德生活的思想。他們開辦的這所學校被認為是當時最先進的。所以哥白尼在這所學校裏能夠獲得很好的基礎教育，並為以後上大學作了準備。
舅舅烏卡什·瓦茲洛德是一位學識淵博的人，他先後在克拉科夫和意大利的一些大學學習過。還曾作為瓦爾米亞神甫會的特使在羅馬教皇的宮廷裏住了幾年。他是波蘭人文主義者之一，正是這些人文主義者把意大利新的文藝複興思想傳入了波蘭。烏卡什·瓦茲洛德十分熱愛科學，他同波蘭國內外不少傑出的人文主義者有著密切往來。他是瓦爾米亞和沿海區文藝複興的先驅。他同克拉科夫學院許多傑出學者有交往。甚至連國王卡齊米日·雅蓋隆奇克也很熟悉他。瓦爾米亞和利茲巴克神甫會特意把他從意大利召回來，以便在1489年讓他擔任瓦爾米亞主教。選他做主教這是同國王的意願背道而馳的，國王原想把自己的兒子弗裏德裏克安插在瓦爾米亞主教的寶座上。但最終還是烏卡什·瓦茲洛德走馬上任了，這件事使國王始終耿耿於懷，為此在國王和主教之間發生了各種各樣的誤會和糾葛。瓦茲洛德主教對國家當局是忠誠的，但他渴望保持很大的獨立性。而國王則力圖把教會置於國家政權的控製之下，所以他看不慣過於自作主張的主教。隻是卡齊米日·雅蓋隆奇克國王駕崩，由他的兒子楊·奧爾布拉希特接替王位以後，國王和瓦茲洛德主教之間的關係才融洽起來。
公元1491年，舅舅把19歲的哥白尼送到克拉科夫大學讀書，從此開始了他持續15年之久的大學時代。大學生活的開始，成了哥白尼一生中的轉折時刻。去克拉科夫上大學，路上大約花了兩周時間，這是當時騎馬或坐車去所需要的時間，隻有加急的郵車才能用一周時間跑完這段路程。哥白尼去克拉科夫正值秋天，哥哥安傑伊與他同行，安傑伊也去上大學。兄弟倆雖是初次到克拉科夫，但在那裏絲毫也不感到陌生，因為克拉科夫是他們父親生活過的地方，當時仍有不少親人住在那裏。在克拉科夫，哥白尼有機會接觸了一些以來自意大利的著名學者卡利馬赫為代表的最傑出的人文主義者。卡利馬赫同哥白尼的舅舅過從甚密。