馬克思在世的時候，恩格斯竭盡全力為馬克思的天才開辟道路並幫助自己偉大的朋友寫作《資本論》，馬克思逝世以後，他更毫不猶豫地放下了自己的科學工作，將其餘生來完成由於馬克思的病和死而中斷了的工作——《資本論》的出版。
恩格斯首先要做的工作是出版《資本論》第二卷的手稿。關於這些手稿，馬克思在逝世前不久曾經對他的女兒愛琳娜說過：恩格斯應該把這個手稿“整成個東西”。接著應當出版的就是《資本論》第三卷以及第四卷的手稿（《剩餘價值學說史》），且不談許多其他篇幅較小的著作了。
恩格斯在開始整理《資本論》手稿時已經63歲，因此，他常常擔心完不成這項工作。要從事這一工作就必須辨認馬克思的潦草不清的筆跡，整理這些手稿並把它們合並成一個整體，這除了恩格斯是誰也做不到的。
恩格斯在馬克思逝世後不久便病倒了，幾乎有半年的時間不能夠整理《資本論》，他寫信給拉甫羅夫說：“這使我特別擔心，因為現在活著的人中隻有我才能辨認這種筆跡和個別字以及整個句子的縮寫。”恩格斯通宵不停地抄寫手稿，企圖這樣來彌補因生病而失去的時間。結果病很快就複發了，因此，醫生又禁止他伏案工作。於是病中的恩格斯就決定，如他所說的，“采取英勇的措施”。他請了一名助手，每天從早上10時到下午5時躺在沙發上向這個助手口述手稿。
但是，抄寫手稿隻是工作的一部分，而且不是最主要和最困難的部分。此外，還需要進行很多的科學研究工作，這一工作除恩格斯之外也是沒有人能夠完成的。除了個別的論述得很詳細的部分外，在原稿裏還有一些同樣重要的部分卻隻有一個大綱。某些片斷由於後來的加工就有好幾種不同的手稿。恩格斯必須仔細地研究原稿，研究如何編輯個別的片段，必須進行許多補充，當然主要的也還是文體形式上的工作。恩格斯在《資本論》第二卷的序言中強調指出他是盡量“完全根據作者的精神”來完成這些任務的。
1885年2月，恩格斯完成了《資本論》第二卷手稿的整理工作並把它送去付排。
接著恩格斯立刻開始了第三卷的口述工作。他寫道，包含有許多最後結論的第三卷“將在整個經濟學中引起徹底的變革”。馬克思的這個著作“是一部光輝的傑作。這是對舊經濟學的真正空前的摧毀。現在我們的理論才有了不可摧毀的基礎，我們能夠順利地和任何敵人進行鬥爭了”。
第三卷的最後編輯工作需要恩格斯付出極大的勞動。他必須把這卷的材料加以整理安排，並做了許多必要的更動和補充（對這些更動和補充他每次都加以詳細的說明）。恩格斯非常仔細地並以極大的熱情來整理馬克思的異常珍貴的遺稿。他寫道，馬克思的遺稿對他來說是“在科學研究中獲得最大愉快的泉源”。他在寫信給貝克爾時說：“要整理馬克思這樣每一個字都貴似黃金的人所留下的手稿是需要花費不少勞動的。但是，我喜歡這種勞動，因為我重新又和我的老朋友在一起了。”
列寧談到恩格斯為《資本論》第二卷和第三卷所進行的艱巨而複雜的工作時，寫道：“……這兩卷‘資本論’確實是馬克思和恩格斯兩人的著作。”
恩格斯為整理《資本論》第三卷，幾乎工作了10年之久。這不僅是由於這一著作卷帙浩繁和極其複雜，不僅是由於恩格斯的視力衰退，而且還有許多其他原因。恩格斯在進行《資本論》第二和第三兩卷的出版工作時還擔負了許多其他的工作。
除了1886年完成的《資本論》第三卷和第二卷的再版工作，同時也還要準備出版和翻譯馬克思的其他許多著作（《哲學的貧困》、《拿破侖第三政變記》、《法蘭西內戰》、《法蘭西階級鬥爭》等）以及他自己的著作，並給這些著作寫序言。
在馬克思去世後恩格斯在世的這12年當中，恩格斯自己所能寫成和發表的理論著作是為數極少的。恩格斯把其中最大的著作《家庭、私有製和國家的起源》（1884年）也認為“在某種程度上是執行”馬克思的“遺言”。原來馬克思曾經想寫這樣一本書，並為此收集了材料，但是沒有來提及寫作他就逝世了。馬克思對摩爾根的《古代社會》一書曾做了摘記並附有批評意見，恩格斯在《家庭、私有製和國家的起源》一書中就利用了這些材料。
恩格斯的這部著作在研究唯物史觀問題上又向前邁進了一大步。恩格斯在這本書裏闡明了人類社會遙遠的過去，給馬克思主義研究上古史、家庭的起源及其各個發展階段和形式奠定了基礎。這本書的主要之點，它的中心就是對國家的產生、發展和將來衰亡的條件所做的曆史的分析。恩格斯分析了從原始社會起的人類各個曆史時期，而這一分析的每一句話“都是根據大量的曆史和政治材料寫成的”（列寧）。根據這一分析，恩格斯闡明了階級產生的過程、國家的起源、國家在階級鬥爭中的作用以及在各個不同的曆史發展階段上的特點和形式。
除了《家庭、私有製和國家的起源》一書外，我們還必須指出恩格斯的出色的小冊子《費爾巴哈論》（1888年出版）。這本小冊子包括了恩格斯批評施達克《費爾巴哈論》一書的一係列的論文（1886年發表於《新時代》《Neue Zeit》雜誌）。恩格斯在這本小冊子裏扼要地說明了黑格爾哲學、費爾巴哈學說，以及這些學說對馬克思和他自己的觀點的形成所起的影響，同時也揭露了黑格爾的唯心主義哲學的根本缺點和費爾巴哈唯物主義的局限性。恩格斯在這本著作裏和在其他著作裏一樣，也是從兩個哲學營壘——唯物主義營壘和唯心主義營壘——的鬥爭的觀點來觀察一切問題的，從而也就捍衛了哲學的黨性。
恩格斯在90年代初期寫給鮑·恩斯特、約·普洛赫、弗·梅林、海·施塔爾根堡和其他等人的信，也具有巨大的理論意義。在這些書信中恩格斯反對庸俗曆史唯物主義者，他們硬說經濟要素才是曆史過程中唯一的積極動因，而政治的和思想的上層建築隻不過是消極結果，對曆史毫無影響。這種把馬克思主義庸俗化的論斷就導致了對曆史的宿命論的看法，即把曆史看做沒有人的參與和不通過人的活動而進行的自動過程。恩格斯闡明說，經濟要素的自動作用並不存在，曆史是人們自己創造的，在曆史過程中經濟條件隻有在最終的意義上才是決定性的條件，上層建築，其中包括國家政權，卻反過來影響社會經濟。恩格斯在1890年10月27日寫給卡·施米特的信中說：“如果政治權力在經濟上是無能為力的話，那末我們為什麼要為無產階級的政治專政而鬥爭呢？”
恩格斯沒有來得及回頭來寫完他的關於愛爾蘭曆史的著作和《自然辯證法》就逝世了。他也沒有完成他在馬克思去世後所擬定的那個龐大的寫作計劃。
恩格斯本來還打算寫一本詳細的馬克思傳，寫一部關於1843-1863年德國社會主義運動和第一國際的曆史。可是他僅僅發表了一篇簡短的馬克思傳、一些論文和序言。恩格斯在這些論文和序言裏敘述了他和馬克思為建立無產階級政黨而共同鬥爭的最初階段。
這樣，雖然恩格斯認為階級鬥爭的理論戰線具有巨大意義，雖然他知道沒有人能夠在理論方麵代替他和馬克思，但是他還是沒有來提及完成他所想要寫的許多理論著作和準備出版《資本論》第四卷的原稿。
如果考慮到恩格斯在這整個時期中在領導國際無產階級運動方麵所進行的艱巨工作，這就是可以理解的了。
恩格斯在《資本論》第三卷序言裏解釋他編輯這卷的工作進展遲緩的原因時寫道：隨著國際工人運動的增長，各方麵要求於他的幫助，大大超過了不致影響他的理論工作的限度。恩格斯寫道：“但我這樣的人，既然50多年來都在這個運動中活動，那末因此產生的各種工作，對於我，就是一種不能規避必須立即執行的義務。”
他在給貝克爾寫的信中這樣說：“我一生所做的都是我預定要做的事情——我演的隻是配角——而且我想我還做得不錯。我高興我有馬克思這樣出色的主角。當突然要我在理論問題上代替馬克思的地位而演主角時，就不免會有失策的地方，這一點沒有人比我自己更強烈地感覺到。可是隻有在革命風暴更猛烈地來到時，我們才會真正感到失掉了像馬克思那樣視野廣闊的人，在需要堅決行動時，他總能找出正確的道路，並立即將矛頭指向應當打擊的目標。誠然，在風平浪靜的時候，有時事件證實正確的是我，而不是馬克思，但是在革命的時期，他的判斷幾乎永遠是正確的。”
要知道在這個時期領導國際社會主義運動的任務如何偉大如何複雜，就必須估計到，這個運動的範圍大大地擴展了，各國的鬥爭條件和鬥爭性質都彼此不同。為了領導各個社會主義的政黨，恩格斯仔細地和全麵地研究每個國家的情況，注意日益壯大的社會主義報刊事業，為社會主義的報紙寫指導性的文章，和一些社會主義者進行廣泛的通信，並在倫敦自己家裏接待許多訪問者。
列寧寫道：馬克思逝世以後，恩格斯一人繼續擔負著歐洲社會主義者的顧問和領導者的重任。無論是那些雖受到政府的迫害，但力量仍不斷迅速增長的德國社會主義者，或是落後國家內那些還須仔細考慮斟酌自己行動步驟的社會主義者，如西班牙、羅馬尼亞和俄國的社會主義者，都同樣向恩格斯征求過意見，請求過指導。他們都從年邁的恩格斯的豐富的知識和經驗寶庫中得到過指示。
恩格斯在和改良主義及小資產階級革命性進行不屈不撓的鬥爭時，並不限於隻提出忠告和給予指示，而是堅決頑強地為實現這些忠告和指示而進行鬥爭，他密切地注意每個政黨的活動，並堅決果斷地要求它們改正路線中的錯誤。
論到英美社會主義運動時，恩格斯特別嚴厲地批評了運動脫離工人群眾、關門主義和教條主義，以及沒有把馬克思主義的理論運用於英美的具體條件。
恩格斯注意到英國和美國的特點，在那裏無產階級由於種種經濟條件和政治條件在這個時期幾乎沒有表現出任何政治獨立性，在政治方麵隻是跟著那個以欺騙、腐蝕和收買工人聞名的資產階級的尾巴跑。
這些國家裏黨的最主要任務就是在政治上喚醒工人運動，把它推動起來，即使在不高的理論基礎上，也應該把工人群眾組織起來，隻要能衝破資產階級影響這堵堤壩就行。
因此，恩格斯嚴厲地批評了在美國的德國社會主義者，他們不善於把科學共產主義的理論運用於美國的具體條件，而企圖從上麵強迫落後的和對任何理論都漠不關心的美國工人接受這個理論。
恩格斯認為美國社會主義者的任務是：遵循馬克思和恩格斯1845-1848年的策略，“參加工人階級一切真正帶普遍性的運動，實事求是地來考慮他們的實際出發點，把他們逐漸提高到理論水平上來，並向他們指出每一次所犯的錯誤，每一次失敗，都是原來綱領的錯誤理論觀點的必然結果。用《共產主義宣言》中的話說，他們必須在目前的運動中堅持運動的將來”。
這就是恩格斯所要爭取在美國建立先進群眾性工人政黨的唯一實際的、適合美國條件的道路。這就是他耐心地和頑強地教給美國社會主義者的策略。
英國的社會主義運動的情況跟美國有某些相似的地方。在這個國家裏，到了19世紀80年代，恩格斯早就預料到的工人運動的活躍終於來到了。英國喪失了以前的工業壟斷地位，進入到使廣大的工資低微的工人群眾物質狀況急劇惡化的經濟蕭條階段，這就是工人運動活躍的社會基礎和經濟基礎。然而，雖然群眾運動高漲起來了，80年代前半期產生的社會主義組織卻是一些彼此極端仇視、對工人幾乎沒有任何影響的派別。這些組織的領導者——鼓動者和“冒牌的黨的領袖們”（如恩格斯所寫的）——成了無軍之將。他們有些像1849年巴登進軍中羅伯特·勃魯姆的有名的隊伍，這個隊伍是由一個團長、十一個軍官、一個號兵和一個戰士組成的。
在英國，恩格斯也努力培養出一批理論上有修養的馬克思主義者、一批和群眾性工人運動有聯係並能奠定真正工人政黨基礎的幹部。他和妄圖壟斷英國社會主義運動的“眼光狹小但野心極大的社會主義派別”——機會主義的社會民主黨人聯盟及其領袖海德門進行了無情的鬥爭。後來事實證明，恩格斯把海德門看做一個毫無原則的野心家是完全有根據的。
恩格斯參加了領導分裂社會民主黨人聯盟的準備工作。在他的家裏召開了這個組織的左翼反對派的會議。但是，當社會主義者聯盟（這是1884年末由於社會民主黨人聯盟的分裂而形成的）尚未在實踐中證實它的路線是正確的以前，恩格斯也並不急於和它團結。不久社會主義者聯盟便滾到無政府主義的泥坑裏去了，而恩格斯的擁護者也就都離開了這個聯盟。
恩格斯也同樣堅決地反對1884年成立的費邊社。這個組織的大部分成員是悉尼·韋伯和蕭伯納一類的知識分子、學者、作家等人。他們自命為社會主義者，而事實上，正如恩格斯所說的，隻不過是“自由黨的一個支派而已”。“這是一幫各色各樣的資產階級‘社會主義者’，從利欲薰心的鑽營之徒直到多愁善感的社會主義者和慈善家，他們隻是因為懾於工人統治的威脅才聯合起來，並且為了預防這種危險，保證領導權屬於自己，屬於‘有教養的人’，決心什麼都幹。”
恩格斯自己也非常積極地參加了這個運動。他把一批社會主義者，如馬克思的女兒愛琳娜、他的丈夫艾威林以及跟著他們走的無產者如托馬斯·曼、約翰·白恩士等團結在自己周圍。艾威林夫婦根據恩格斯的主張和指示，在倫敦工人區——東頭——積極地展開了活動，在爭取8小時工作日和建立無產階級的獨立的政治組織口號下，在激進工人中進行了鼓動。艾威林夫婦、白恩士和托馬斯·曼在組織80年代後期的罷工鬥爭和建立非熟練工人工聯的工作中起了卓越的作用，而他們的領導者就是恩格斯。
當許多主要國家尚未建立群眾性的社會主義政黨時，當歐洲和美洲的政治形勢尚未尖銳到非把組織新“國際”的問題刻不容緩地提到日程上來不可時，恩格斯拒絕一切要求著手建立新的國際無產階級組織的建議，認為這些建議是為時過早的。
恩格斯所想象的新的“國際”是“純粹共產主義的國際”，這個“國際”“將無條件地提出我們的原則”，它將“不僅是一個宣傳的機構，而且必然是一個積極活動的機構”。恩格斯認為建立這樣一個“真正的國際”的時機還沒有到來。但是，19世紀80年代末，工人運動中的馬克思主義派和機會主義派就1889年在巴黎召開國際工人代表大會的問題展開了激烈的鬥爭。以法國可能派和海德門的社會民主黨人聯盟為首的機會主義分子積極準備建立國際組織。這時，恩格斯為了打破這些組織機會主義國際的企圖，就又像青年人一樣地投入了戰鬥。
恩格斯為了粉碎這個計劃，為了與可能派的代表大會相對抗，讓法國工人黨所建議的在巴黎召開的國際社會主義者代表大會獲得成功，三個多月以來他放下了其他工作，狂熱地展開了活動。他在他的通信中痛責法國人——蓋得和拉法格，因為他們在準備代表大會時，動作遲緩，猶豫不決。李卜克內西也受到了恩格斯的譴責，因為他不是代表有影響的德國黨來堅決反對可能派的代表大會，從而動員其他國家的社會主義者也起來反對這個代表大會，而是按照自己所固有的習慣企圖使敵對的雙方互相調和，夢想把這兩個代表大會聯合起來。此外，恩格斯藉伯恩施坦和愛琳娜·馬克思的幫助在英國積極地展開了反對社會民主黨人聯盟的運動。
恩格斯認為，為建立第二國際而展開的鬥爭是第一國際內舊的鬥爭的繼續，是海牙代表大會鬥爭的繼續。他在給左爾格的信裏寫道：“這裏的敵人還是那些敵人，不同之處隻是用可能派的旗幟代替了無政府派的旗幟；這裏同樣是為了換得細小的讓步，主要是為了領袖們能取得一些肥缺（市政委員會委員，勞動介紹所理事等）而向資產階級出賣自己的原則。甚至連策略都是一模一樣的。”
恩格斯反對機會主義者的鬥爭是保證巴黎代表大會獲得勝利的不可缺少的前提。在這個代表大會上成立了第二國際。可能派和社會民主黨人聯盟想在國際工人運動中擔當領導角色的企圖遭到了失敗。
英國工聯的機會主義領袖們力圖奪取國際工人運動的領導權。這個企圖同樣遭到了恩格斯的堅決回擊，而這些人的麵目早在海牙代表大會上就被馬克思揭穿了。馬克思指出他們已為資產階級和政府所收買。恩格斯動員社會主義者的力量來堅決回擊工聯領袖們的這種野心，號召社會主義者用實際行動表明，“具有階級覺悟的大陸上的無產階級，是決不想去受那些認為雇傭勞動製度是永恒的和不可動搖的世界秩序的人們領導的”。
恩格斯一麵和改良主義者以及調和主義者進行了鬥爭，一麵在“國際”裏和無政府主義者以及像紐文葛斯一類的“左派”無政府主義分子進行了鬥爭。恩格斯擁護布魯塞爾代表大會（1891年）把無政府主義者開除出國際的決議。
在第二國際巴黎代表大會上通過了以每年5月1日為國際無產階級節日的決議。恩格斯認為這個節日是戰鬥無產階級的第一次國際性的行動，他在1890年5月1日為《共產黨宣言》德文新版寫了一篇序言。在這篇序言中，他追溯了《共產黨宣言》在麵世以後的經曆，並且指出，這在某種程度上反映了1848年以來的工人運動的曆史。恩格斯回想起42年以前當他和馬克思發出“全世界無產者，聯合起來！”的號召時，響應者還寥寥無幾。但是從那時起，工人運動已經大大地向前發展了，恩格斯認為國際無產階級的五一節就是這個發展的證明。最後，他這樣寫道：“今天的情景定會使全世界資本家和地主們看到：全世界的無產者現在已經真正聯合起來了。”
雖然恩格斯已經上了年紀，但是每個“五·一”節他仍然堅持參加英國工人的遊行，並登上作為講台的四輪車發表演說。本來，恩格斯是不大願意在大庭廣眾中講演的，因為他覺得自己是一個“不大行的”演說家。
恩格斯親自出席了國際第三次代表大會，即1893年的蘇黎世國際代表大會。在大會閉幕時，他先後用英、法、德幾種語文發表了演說。恩格斯為代表大會的代表們對他的熱烈的歡迎所深深感動，他在演說中曾經指著馬克思的像聲明，他認為這種熱烈的歡迎不是對他個人的，他“隻是以一個偉人的戰友的身分”來承受這份盛情的，“這個偉人的像就掛在那裏”。恩格斯說：“自從馬克思和我加入運動，在《德法年鑒》上發表第一批社會主義的論文以來，已經過去整整50年了。從那時起，社會主義已經由許多小派別成長為足以使整個官方世界膽顫心驚的強大的政黨。馬克思已經死了，假如他現在還活著的話，那末在歐美兩洲是不會有第二個人能像他那樣有權驕傲地來回顧自己畢生的事業的。”