劉宗周初名憲章，字宗周，生於明神宗萬曆六年戊寅春正月二十六日（公元１５７８年３月４日）卯時，卒於清順治二年閏六月初八（公元１６４５年７月３０日），浙江山陰（今浙江紹興）水澄裏人。
因１８歲應童子試時納卷者誤以字為名，此後他便以宗周為名，以起東（一作啟東）為字了。和當時的許多文人一樣，劉宗周也有比較多的名號。因他後來遷居至蕺山之下，遂自稱蕺山長、蕺山長者、蕺山長病夫宗周等等，其弟子也因此尊稱他為蕺山夫子，後學則尊稱他為蕺山劉子、子劉子，“蕺山學派”的得名亦本於此。
人的名號常透漏出一些信息。劉宗周的一些名號就是他思想傾向的反映。比如，劉宗周有一個別號“讀易小子”，說明他對易學有偏愛，他的很多哲學思想便是根植於易學的；他還有個別號“克念子”，這是他晚年的一個名號，從中可以看到晚年劉宗周“慎獨”、“誠意”說確立後對待“念”的態度，以及他的日用工夫。劉宗周的名號同樣反映著他的情緒。劉宗周是一個遺腹子，其父劉秦台以痢疾卒於其出生前五個月，為了懷念父親並表達沒有見到父親的哀痛，他給自己起了一個別號———念台，所以也有學者稱他念台先生，一些友人也因此稱他為念台子。而他的另外幾個名號則反映著他的心境，比如秦望、望中山人、還山主人、山陰廢士等。這些名號在幽雅自足中夾雜著些許無奈，泛著淡淡的隱憂。
從劉宗周的兒子劉汋給他編的《年譜》以及劉宗周為自己的家族人士撰寫的行狀和墓誌銘看，劉宗周的童年經曆是很艱苦的。他出生時其父劉秦台已經去世五個月，祖父兼峰公不善經營，以至“家計寢落，室空如洗”，“炊煙屢絕”。母親章氏隻好時常帶著劉宗周就食於外祖父家。後來，劉家幹脆連廬舍也賣給了族人。母子二人無處棲身，章氏隻好帶著繈褓中的劉宗周永歸母家，靠紡織自給，清貧度日。
萬曆十二年，７歲的劉宗周開始讀書，１０歲時師從外公南洲公。
南洲公自己雖屢試不中，很不得誌，但卻是一個善於啟發的老師，督教也甚嚴，在當地很有些名氣，周寧宇、陶石簣等皆出其門下。
“（南洲公）性剛毅，善啟發。而豪於飲酒，每旦授書畢，輒扃學舍，出飲裏中，諸生皆乘機逸去，先生獨留，坐讀自若。及公歸考課，諸生並受箠篣，而於先生一無所施。公居恒稱曰：‘甥必有成。’晚膳時每琅琅談古人忠孝節義不倦，先生傾耳而聽，心竊慕之，以是少成而莊，卓犖有聖賢誌度，恥為幹祿之學。夜則傍太夫人讀，機杼之間，篝燈相向，咿唔聲與組織聲恒相錯也。”看來劉宗周早年雖窮苦，卻有很好的讀書條件。可是自萬曆十七年之後的五年，劉宗周的求學經曆卻充滿了艱辛。《年譜》記載：
時南洲公以仲子萃台公司教壽昌，業與偕行矣，恐先生廢學，命往讀書，太夫人欣然遣行。從者匿資斧，酷暑中徒步九十裏。甫達，困甚，攣一足，晝夜楚者五閱月。公不得已，攜先生歸。明年春小愈，複遣先生往壽昌。頃之，患目眚，經年而愈，複隨公歸。又明年，侍公之壽昌，仍病目，小間，受公《易》。又明年，萃台公以遷官去任，先生離壽昌，年已十六矣。
先是，萃台公試先生以文，閱之喜，謂室人宋曰：“劉甥令器也，乃父為不死矣。”南洲公以年幼遲之，及歸自壽，始課以文。五年中凡三至壽昌，道千裏而險，又屢攖奇疾，即旁觀者翹舌，而太夫人不加姑息，冀先生終於學。顧先生以疾故，僅得之口吟臥聽之餘。這段艱難的日子可以說是對劉宗周意誌的一種磨練。師長們的嚴於督教，加上自身的努力和天賦，使得他學業大進，並為他後來的學術發展打下了很好的基礎。
劉宗周１９歲時娶表妹為妻，次年春，補紹興府學生，秋八月即中浙江鄉試第４２名，為舉子，聲名漸隆於鄉裏。萬曆二十九年，２４歲的劉宗周入京師應禮部會試，中第１２９名，殿試三甲五名，賜同進士出身。然而最可哀憫的是劉宗周的母親章氏已於當年二月病卒於家，並沒有聽到兒子中進士的喜訊。劉宗周於放榜的第二天得聞訃訊，慟哭幾絕，星夜南奔，回家之後守製了三年。
萬曆三十一年，尚在家守製的劉宗周經人介紹拜謁了德清大儒許孚遠，並北麵稱弟子。許孚遠字孟仲，是唐樞（一庵）的弟子，其學以“克己為要”，他克己工夫之清苦會讓人想起薛瑄（文清）。
從學脈上看，許孚遠雖受陽明學影響，卻非陽明後學，也對陽明部分後學認良知為現成的觀點很不滿，並曾和周汝登有過一次有名的辯論。師事許孚遠對劉宗周的學術發展產生了重大影響，使他能夠更加深入到當時的學者群內部。雖然劉宗周並不完全墨守許氏家法，但其學問的確是在許孚遠“克己”之學處立定腳跟的，此一路數也深合劉宗周的秉性。其孫劉士林謂“（先生）生平以學業推服者，許恭簡公一人而已”，就已經表達了這個意思。