1911年，繼續在東京講學。10月10日，武昌起義。消息傳到東京，章氏中斷講學。11月3日，上海發動起義，次日“光複”。11月15日，章炳麟回到上海。在上海國民自治會演說：“宜先認武昌為中央政府。”當黃興就擴大同盟會問題相詢時，章炳麟以“革命軍興，革命黨消”告之。檳榔嶼《光華日報》連續刊載章氏政論《誅政黨》。
1912年，1月1日，孫中山在南京就任臨時大總統。1月3日，中華民國聯合會在上海宣告成立。章炳麟、程德全被選為正副會長。章炳麟發表演說：“本會性質，對於政府立於監督補助地位。”認為“中國本因舊之國，非新辟之國，其良法美俗，應保存者存留之，不能事事更張也”。1月14日，陶成章在上海被蔣介石刺殺，章炳麟與孫中山隔閡進一步加深。孫中山函聘章炳麟為樞密顧問。2月7日，章炳麟應邀赴南京。在建都問題上，支持袁世凱建都北京的主張，旋即返滬。3月1日，中華民國聯合會改名統一黨，選章炳麟、程德全、張謇、熊希齡、宋教仁為理事，後又與民社等合並為共和黨。袁世凱在帝國主義的支持下，篡奪總統職位。冬，任章炳麟為東三省籌邊使。
1913年，章炳麟在長春設籌邊使署。3月20日，宋教仁在上海車站被刺。4月17日，章炳麟從長春趕回上海，受到孫中山的歡迎。又前往武昌見黎元洪，“以為聯合之圖。”5月上旬，通電袁世凱，要求罷黜四凶：梁士詒、趙秉鈞、陳宦、段芝貴。下旬，由武漢返回北京。袁世凱授與二級勳章一枚。六月，由京來滬，由蔡元培主婚，與湯國黎在哈同花院舉行婚禮。6月19日，袁世凱通令各省尊孔祀孔。孔教會成立。章炳麟發表《駁建立孔教議》，反對定孔教為國教。7月，二次革命爆發，不久失敗。8月，章炳麟昌著危險返回北京，為袁世凱幽禁。
1914年，被幽禁於北京龍泉寺。手定《章氏叢書》，並將《訄書》定名為《檢論》，從分卷到內容，都有很大變動。
1915年，仍被幽禁。4月，《太炎最近文錄》出版，錢須彌編，收錄章氏辛亥以來電文演說。章炳麟對此書深為不滿。5月，《國故論衡》增訂完畢。《檢論》定稿，共分九卷，正文六十篇，附錄七篇，大半為新寫或據《訄書》舊稿重新寫定。7月，上海右文社出版《章氏叢書》，鉛字排印，兩函二十四冊，包括《春秋左傳讀敘錄》一卷、《劉子政左氏說》一卷、《文始》九卷、《新方言》十一卷附《嶺外三州語》一卷，《小學答問一卷》、《說文部首韻語》一卷、《莊子解詁》一卷、《管子餘義》一卷、《齊物論釋》一卷、《國故論衡》三卷、《太炎文錄初編》文錄二卷別錄三卷。冬，章炳麟口述，吳承任筆述整理成《菿漢微言》。自述“平生學術，始則轉俗成真，終乃回真向俗”。12月，袁世凱複辟稱帝，申令明年為“洪憲元年”。孫中山發表《討袁檄文》。
1916年，袁世凱在全國人民的憤怒討伐中死去。6月，章炳麟恢複自由。7月，抵上海，受到熱烈歡迎。9月，出國赴南洋考察，12月，回國。
1917年3月4日，章炳麟在上海發起亞洲古學會。7月1日，張勳等擁立溥儀複辟。12日，複辟覆滅。段祺瑞任國務總理，掌中央大權。拒絕恢複臨時約法與國會。9月1日，孫中山在廣州成立護法軍政府，組織護法軍，討伐段祺瑞。章炳麟被任為護法軍政府秘書長。前往昆明爭取雲南軍閥唐繼堯的支持，因唐缺乏誠意末果。
1918年赴四川，到鄒容祠行禮。在重慶等地講學。又赴湖北、湖南，10月歸抵上海。11月，北洋政府教育部把1913年擬定的注音字母公布，注音字母采自章炳麟。四川觀鑒廬出版《太炎教育談》。汪太衝編《太炎外紀》出版。
1919年五四運動爆發，新民主主義革命開始。《章氏叢書》浙江圖書館刊本問世，較上海右文社版新增《齊物論釋》重定本、《太炎文錄初編》、《補編》、《菿漢微言》三種，校勘頗精，改正了右文社版不少錯誤。
1920年1月至3月，身患黃疸，病臥。章炳麟由反對軍閥割據逐漸演變為讚成軍閥割據，提出“聯省自治，虛置政府議”。
1921年7月1日，中國共產黨成立。夏，主張“武力統一”的吳佩孚率軍南下，打敗主張“聯省自治”的湘鄂川軍，“聯省自治”運動遭到打擊。《太炎學說》上下卷由四川觀鑒廬出版。上卷為章氏1918年在四川講演記錄，下卷為一批書劄。《章炳麟的白話文》出版，吳齊仁編，泰東圖書館鉛字排印本。