2003年4月23日，針對印度總理瓦傑帕伊在視察印控克什米爾地區時說印願意就包括克什米爾在內的所有問題進行對話，但巴在克什米爾地區必須徹底停止越界滲透和恐怖活動，穆沙拉夫再次在伊斯蘭堡發表講話，表示巴準備與印度就克什米爾和其他懸而未決的問題進行全麵對話。穆沙拉夫還在講話中指責印度推行的地區政策，稱印度炫耀武力的“不明智的”政策及其拒絕對話的做法破壞了地區安全。穆沙拉夫在談及巴印關係時雖然言語謹慎，但思維相當敏捷，還經常來點黑色幽默。一次，一位印度記者采訪穆沙拉夫時，提問“你能為南亞地區做一些事情嗎？”穆沙拉夫笑著回答說，“當然，我很願意。那將是一個很大的成就。但是，一隻巴掌拍不響，我需要印度方麵的幫助啊。”
在穆沙拉夫努力下，美國為了反恐鬥爭的需要，也逐步將其南亞政策由“重印輕巴”調整為“印巴並重”，全麵取消了對巴的經濟和軍事製裁，從而使美巴關係得以迅速升溫。
“9·11”事件後，美國實施以反恐為主的全球戰略，將目標對準了拉登領導的“基地”組織和阿富汗塔利班政權。巴基斯坦是阿富汗的鄰國，長期對阿富汗塔利班政權實行“友好政策”，兩國關係非常密切。因此，巴基斯坦成為國際反恐戰爭的前線國家。美國要求巴基斯坦協助其攻打阿富汗，遭到巴國內不少人的強烈反對。穆沙拉夫受到來自國內外的強大壓力，稱當時的巴基斯坦正麵臨著自1971年東巴基斯坦獨立成為孟加拉國以來最危急的時刻。
在這種情況下，穆沙拉夫一方麵做國內人民的工作，呼籲全國人民團結一致，與政府共同渡過麵臨的危機；另一方麵果斷地調整外交戰略，完全放棄了對塔利班政權的“友好政策”，積極支持美反恐和對阿動武。激起了巴國內伊斯蘭極端勢力和國際恐怖分子的不滿和仇恨，為此，穆沙拉夫險遭暗殺，其人身安全問題引起國際社會的極大關注。由於對塔利班政策的轉變以及對國內宗教極端勢力的打壓，穆沙拉夫失去了許多支持者和追隨者。
為了改善與美國的關係，爭取美國的支持和援助，穆沙拉夫還注意與布什總統建立和發展私人關係。2002年1月13日，布什總統在看電視時突然暈倒。聽到這一消息後，穆沙拉夫總統在第一時間給白宮打去電話：“總統先生，我很關心你的身體情況。”據報道，穆沙拉夫是第一個慰問布什的外國領導人。
巴基斯坦媒體指出，穆沙拉夫在關鍵時刻鎮定自若，沉著應對，及時做出決策，果斷改變對阿富汗塔利班政權的政策，積極配合美反恐，雖然導致國內不滿，但也使巴順利渡過了難關，並為巴經濟、外交帶來轉機，不僅緩解了巴國內經濟窘況，而且為巴爭取西方外援、改變國際形象贏得了寶貴時機。