鹽城人胡益生，在大港時相當活躍，他從西安去延安聯係上組織關係，又回到西安隨團到天水。高郵人吳曾樣經胡介紹，得劉百川同意並資助，約了幾個團員回西安轉赴延安。事經右派渲染，驚動了重慶教育部。次長婉轉到天水，責問服務團內有多少進步分子？劉百川答：“落後者多，進步的一個也沒有。”次長懷疑劉百川與延安有聯係，1939年2月，劉百川被迫去職。甘肅教育廳廳長鄭通和素知劉百川的為人，隨即委任其為該廳義務教育視導主任。但為時不長，又因“共嫌”去職。他在此期間所著的《義務教育視導》很受歡迎。
1957年“反右”中，劉百川被錯劃為“右派分子”（極右），後又加上“曆史反革命”的帽子，被撤銷一切行政職務和教授職稱。他所著《教育學》已成清樣，亦宣告劈版。隨遷徐州後，隻派他管理圖書，幫助麵授，為職工子弟補補課。但他並不自暴自棄，仍然刻苦研讀，認真做事。
1963年，他重返講壇，講授教育學，指導學生實習，所撰《教育學講義》（徐州師院l964年出版）和《教育實習指導手冊》被該院長期使用。他還到徐州八中辦初三實驗班，自任班主任。他說：“但願立功能補過，決心改選學紅專。”1965年，所謂的“右派分子”和“反革命分子”帽子被摘掉。
正當劉百川抖擻精神重整舊業之際，“文化大革命”爆發了。在“學術權威必反動”的口號煽動下，造反派批鬥他，折磨他，嚴重摧殘了他的身心。盡管如此，後來他在“牛棚”裏還是醉心著述，以出於古籍中的名言，如《禮記》的“教學相長”、《管子》的“百年樹人”、《荀子》的“青勝於藍”、《論語》的“因材施教”和自己的“勞者多能”為題，寫成20篇小論文，彙為《傳統教育經驗述略》。其最後一篇《任重道遠》中，引用了《韓詩外傳》的一句話“教育不已，闔棺乃止”。劉百川正是這樣的一位教育家。
1971年10月，“造反派”命令劉百川看守所謂“五·一六”分子，10月8日夜間上廁所，患有高血壓症的老人暈倒在地，延到13日，“學而不厭，誨人不倦”“雄心不已，壯誌未酬”的劉百川，與世長辭了。
劉百川至交朱智賢教授，早在《一個小學校長的日記》中寫道“百川具毅力、育才幹，每有眾人不決之事，百川以一言決之。……而其戮才事業之精神，尤為常人所不及。百川居常無憂色，無怒容，不消沉，不欺憫。其對事也，無論其如何困難，從無畏慮退縮之表示；其對人也，無論其如何不肖，均存責己恕人之胸懷。百川健談能文，所至之處，則談笑風生，座中為之樂而忘倦。”這是對劉百川的道德、才幹和風采最中肯的評價，適合他的一生，包括坎坷的後半世。晚年身處逆境，他仍不改素性，曾自豪自勉地說：“能受天磨稱鐵漢，不遭人忌是庸才。”
1979年3月和1986年12月，中共徐州市委兩次行文為劉百川徹底平反、恢複職務和職稱。1987年清明節，徐州師院部分師生和家人為劉百川補行葬禮，骨灰葬於徐州泉山東麓。