1926年3月，因學生翁少勤在室內作物理實驗引起火災，勤、謙村大樓被焚。計燒毀大小房屋二百餘間，學生書籍衣服行李及教職員著作，俱化灰燼。慈幼院將該兩村學生全行移人來青軒所建避暑房屋居住。後來又建起“勤村”，為平房宿舍。
香山慈幼院在建設過程中曾遇到重重困難。一是基建中的偷工減料。起初男女兩校的房屋圖樣，是由工程師何生榮打樣。熊希齡嫌他的估價太高，交送政府的工程師馬榮去審度。馬說可以減省，做個說明書，去招人投標。中標的是桐發公，當即請馬榮做工程的監督。哪知他們營造時偷工減料，被熊希齡派人查出，扣罰一萬數千元，桐不遵辦。後來得知桐發公與馬榮是親戚。最後，各項工程改招德國羅克格公司承辦。
二是水道工程問題。慈幼院需解決一兩千人的飲水用水問題，因此，建好水道工程是一件極重要的事。香山地方泉水清潔，引用泉水極其便利。男校所用之水，引自碧雲寺所出的泉源。女校所用之水，引自雙清所出的泉源。在水道建設中，起初用缸管從山上弓冰。哪知經辦者不曉得缸管需埋入地下三尺多深。結果缸管埋淺了，到冬天全行凍裂。後來改請德國工程師換用鐵管，過冬才沒有凍壞。
三是電燈照明問題。20年代初，北京的電力不足，香山慈幼院是由自辦的電燈廠發電的。起初買了三四部煤油小電機，光亮不足，照明度不夠。因怕影響兒童視力，改用36馬力的煤氣引擎電機，孰知裝得不合適，隻能發揮28馬力的作用。屢經與承辦公司交涉，雙方共同試驗，查出是某處的螺釘不好，才加以矯正。但一部發電機難免有停頓的時候，於是加添水河機一部，才算有備無患。
慈幼院的性質
慈幼院的性質是學校兼家庭。舊社會一般學校對於學生，縱的方麵，隻顧學製年限；橫的方麵，隻顧及教學的範圍及學業程度，對其他一切問題則不負責。慈幼院對於學生，不僅負與其他學校同樣的責任，還兼顧畢業後的出路與在校的衣食住行醫藥等等。
西方人士把“慈幼院”三字譯成Children’s Home（兒童們的家庭），這足以表現慈幼院的教育精神。但是也有人把“慈幼院”三字譯成Orphanage，即孤兒院的意思，從這裏可以看出有很多人不了解慈幼院的性質。實際上，慈幼院的宗旨不僅專為救濟孤兒（Orphans），對於窮苦兒童、受災難的兒童，也統統救濟；而且並不僅僅救濟其生活，還施以新式的教育。
1929年，有一位戴應觀先生銜國民政府教育部之命，到慈幼院進行調查。他有一段演說詞：“……貴校不是學校，不是家庭，也不是社會，簡直是學校、家庭與社會三位一體的組織機關。”慈幼院對這種評價表示同意。
慈幼院創辦之初，純屬慈善機關。它對孤貧兒童予以相當的養育，並教以謀生的工藝，這與各教會團體的辦法相同。創立一年以後，院方察覺兒童的資稟不齊，家族的遺傳各異，遂有了設教施學之打算。並根據個性的調查，智慧的測量，設蒙養、國民小學、高等小學、中等學校以至大學。職工有各項手工、機械作業。入院兒童在院學習積18年之久，足以供教育家進行次第試驗。因此，慈幼院便由慈善性質的機關，進而成為教育試驗的學校。
教育方針
慈幼院創辦六年以後，經過選次討論，確定了實施教育的方針。
第一條方針，注重農業。熊希齡認為中國自古以來以農立國，農無進步，則生產日衰，何以富強？慈幼院地處鄉村，自應以農業教育為本位。一方麵使兒童在幼稚時代養成農事觀念與興趣；一方麵使慈幼院附近各村農民受到感化，以改良種植。慈幼院注重農業教育的措施是：一、設動物園、植物園；二、設家畜飼育場及養蜂場、養蠶場、養雞場；三、設中等農科（即第四校學農班）；四、設農事展覽會；五、設香山農工銀行。
慈幼院有個關於農業的規劃。為解決農科畢業生或初中畢業生的生計問題，除把他們分送各農場外，慈幼院在邊遠省份，還有大量荒地可供種植屯墾之用。地點是：江蘇泰州墾地五千畝；綏遠包頭荒地四萬畝；黑龍江嫩江荒地八萬六千餘畝。以上各處墾地，可以作畢業生屯墾的場所，又可作為慈幼院基金的產業。慈幼院可以將農科試驗有效的畜牧穀種，在各墾區推廣；小學畢業的兒童，長到可以工作的年齡，都可以移往各墾區。慈幼院想把學生培養成善良社會的國民，唯恐他們將來分散到各處去，會受到社會不良習氣的影響。因此，熊希齡有成立新村的計劃。他說：“第一計劃，我想在香山附近設一個新村。我們的孩子長大後，願做村民的，就在此成家。第二個計劃，我想在江蘇的北邊或吉、黑兩省與綏遠特別區的地方，多領些土地，我們的孩子學成後，一班一班地遷往那邊，組織一個新村。”實際上，由於時局變化，這些計劃到最後都落空了。