20世紀20年代，特別是非基督教運動和收回教育權運動之後，教會學校開始受到中國政府的控製。學校強烈的宗教色彩日益淡化，招生對象也由教徒轉向富家子弟和知識分子階層，課程設置日益係統化、科學化，教育、教學質量、學校水平與國外大學逐漸接近。
教會學校學製上不同於國家正規的教育體係，管理上不受國家教育主管部門的直接控製，經費主要來源是傳教士所在國的教會和董事會，還有部分屬於私人財團的捐助，後來學校另一項來源是學費。教會學校逐漸成為獨立於我國正規學校係統之外的一支私立教育係統。
國立新式學堂
為了改造早已僵死的傳統教育，培養具有禦侮圖強的近代新式人才，國人中有識之士，先後仿照教會學校，設立具有新教育意義的新式學堂。如1878年張煥倫於上海設立正蒙書院，1904年留日學生創中國公學，1906年邵章、孫智敏創杭州女塾，1907年創立的南開女校等，成為近代中國最早的新教育機構。
近現代我國自辦私立學校發展可分為以下四個階段：
（一）清末初建時期
1903年，清廷頒布《秦定學堂章程》。我國近代第一個新教育製度產生，為私人創辦新式學堂創造了良好條件。科舉製被廢除，各地傳統紳士、秀才、童生、富商紛紛設立學堂，以初等教育發展最快，其中以1878年正蒙書院為最早。高等學校僅有1904年創辦的中國公學和1905年創辦的為數不多的政法學堂。
（二）1912年至1926年盲目發展期
1912年民國建立，新教育獲得較快發展。1917年以後，全國陷入長達十年的軍閥混戰時期，國辦教育受損，但正值一戰前後，帝國主義無暇東顧，中國民族資本主義發展迅猛，為私立學校發展創造了一個繁榮期。
民國初年，私人辦學以大學和政法學堂居多。當時公立大學僅有清末建立的北京大學、直隸北洋大學、山西大學3所，私立大學則有朝陽大學、明德大學、北京中華大學、北京中國公學大學部、武昌中華大學、吳淞中國公學、江蘇大同書院等7所。此外未立案尚有1917年的複旦大學、1919年成立的南開大學、1912年創辦的廈門大學。而且，民初私立專科以上的學校占整個私立高等教育的75%以上。1922年新學製製定，公辦高等教育才超過私立大學教育。
（三）1928年至1937年穩定發展時期1925年國民政府成立，中國結束長達十幾年軍閥混戰局麵，出現少有的穩定形勢。1927年4月，國民政府頒布三民主義教育宗旨，開始整頓教育，遏製了1922年以來專科高校盲目發展、質量欠佳狀況，私立高校在學校數、學生數、教職員數、學生占經費數等諸方麵均有明顯提高。
中、初等私立學校也得到相當發展，私立中學最多時達1200所（1936年），學生也高達274801人，占學校總數的36.7%、學生總數的43.8%。
（四）1937年至1949年衰落時期
1937年，日本帝國主義侵略中國，私立學校受戰爭破壞慘重，如私立中學由1936年的1200所銳減到1938年的618所。高校財產損失慘重，學生、教師也大量散失，達到無法統計的程度。
抗戰結束後，私立學校由於受損過於嚴重，加上經濟凋弊，一時難以恢複元氣。國民黨政府開始將殘存私立高校國有化，以期給予經濟上扶持。1946年後，南開、廈大、複旦、北京中法大學、焦作工學院因財政問題被迫改為國立。由於政局動蕩，私校已很難恢複到1936年水平。
新中國建立初期，私立學校無論從數量還是質量上都難以維持。1951年至1952年，我國實施院係調整，私立高校在1952年底全部改為國立、私立中小學也全部改為公立，教會學校全部收歸國有。至此，在中國維持近一個世紀的近現代私立學校存在告一段落。